More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0225 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7150  putative oligopeptide ABC transporter (substrate binding protein)  84.98 
 
 		 557 aa  951    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.144912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0225  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 553 aa  1133    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  87.57 
 
 		 555 aa  1017    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0380  extracellular solute-binding protein  67.68 
 
 		 566 aa  730    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1932  extracellular solute-binding protein  64.31 
 
 		 586 aa  738    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142751  normal  0.615683 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3381  4-phytase  82.25 
 
 		 560 aa  929    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0853  extracellular solute-binding protein family 5  65.8 
 
 		 552 aa  743    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0832  4-phytase  90.06 
 
 		 553 aa  994    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0405616  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3376  extracellular solute-binding protein family 5  57.95 
 
 		 552 aa  644    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2065  extracellular solute-binding protein  65.07 
 
 		 605 aa  701    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414534  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3792  extracellular solute-binding protein  64.45 
 
 		 551 aa  671    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.639455  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  54.66 
 
 		 534 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0655  extracellular solute-binding protein  55.17 
 
 		 540 aa  592  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  54.13 
 
 		 534 aa  581  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1439  extracellular solute-binding protein family 5  52.87 
 
 		 540 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1277  extracellular solute-binding protein  52.68 
 
 		 598 aa  571  1e-161  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0833  extracellular solute-binding protein family 5  50.86 
 
 		 532 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0226  extracellular solute-binding protein  48.36 
 
 		 533 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1219  extracellular solute-binding protein  47.8 
 
 		 531 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0111682 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0290  extracellular solute-binding protein  49.52 
 
 		 531 aa  536  1e-151  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.752502  normal  0.021899 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7151  ABC transporter substrate-binding protein  50.38 
 
 		 531 aa  536  1e-151  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0497  extracellular solute-binding protein  44.51 
 
 		 539 aa  477  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00026016 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1603  extracellular solute-binding protein family 5  42.83 
 
 		 539 aa  472  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654936  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3602  extracellular solute-binding protein  44.49 
 
 		 539 aa  464  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.170805  hitchhiker  0.00309347 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0900  4-phytase  43.54 
 
 		 533 aa  432  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0202096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4619  4-phytase  41.6 
 
 		 544 aa  408  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.715554  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.59 
 
 		 520 aa  211  3e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 528 aa  196  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.19 
 
 		 509 aa  193  8e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 528 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  28.85 
 
 		 509 aa  164  4.0000000000000004e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  30.08 
 
 		 535 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.57 
 
 		 531 aa  160  5e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.45 
 
 		 520 aa  158  2e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1284  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  29.06 
 
 		 545 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.000669385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  27.29 
 
 		 534 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.75 
 
 		 535 aa  145  2e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  26.49 
 
 		 541 aa  143  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  27.12 
 
 		 535 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  28.39 
 
 		 510 aa  143  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  27.74 
 
 		 527 aa  142  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  27.25 
 
 		 497 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  27.18 
 
 		 526 aa  140  7e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 		 530 aa  140  7.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 490 aa  139  2e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 526 aa  138  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  30.59 
 
 		 527 aa  139  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0723  hypothetical protein  25.9 
 
 		 527 aa  139  2e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.703564  normal  0.46015 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  26.97 
 
 		 516 aa  137  4e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  27.43 
 
 		 521 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.05 
 
 		 512 aa  136  8e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  27.04 
 
 		 531 aa  136  8e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.49 
 
 		 525 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2648  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 524 aa  136  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0722  radical SAM domain-containing protein  26.97 
 
 		 522 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.597639 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 520 aa  135  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4690  extracellular solute-binding protein family 5  27.65 
 
 		 524 aa  134  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  27.24 
 
 		 503 aa  134  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  25.88 
 
 		 518 aa  135  3e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 526 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  27.73 
 
 		 522 aa  135  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 528 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  26.57 
 
 		 529 aa  134  6e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 526 aa  133  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.99 
 
 		 502 aa  133  9e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  28.57 
 
 		 525 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.54 
 
 		 521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0028  extracellular solute-binding protein family 5  27.84 
 
 		 520 aa  132  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0183012 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0062  extracellular solute-binding protein family 5  26.69 
 
 		 521 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2920  extracellular solute-binding protein family 5  29.16 
 
 		 515 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 549 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2496  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 		 538 aa  131  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0292957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  25.66 
 
 		 532 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  26.94 
 
 		 510 aa  130  9.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.45 
 
 		 522 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  25.31 
 
 		 505 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  26.99 
 
 		 502 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  27.22 
 
 		 526 aa  129  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 500 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 517 aa  129  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4426  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 556 aa  129  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.169116  normal  0.480332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0426  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 522 aa  128  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.133353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0936  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 		 526 aa  128  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 		 528 aa  127  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  25.3 
 
 		 495 aa  127  6e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  27.42 
 
 		 528 aa  127  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.07 
 
 		 542 aa  126  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  26.5 
 
 		 519 aa  126  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.17 
 
 		 524 aa  125  1e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  26.79 
 
 		 519 aa  126  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3541  extracellular solute-binding protein family 5  26.69 
 
 		 528 aa  126  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  25.86 
 
 		 519 aa  125  2e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 		 517 aa  125  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  25.59 
 
 		 529 aa  125  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  26.16 
 
 		 517 aa  125  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  25.65 
 
 		 565 aa  124  4e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  26.55 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  26.55 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2961  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 541 aa  124  5e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>