More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0853 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_3381  4-phytase  69.81 
 
 		 560 aa  754    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0832  4-phytase  65.37 
 
 		 553 aa  731    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0405616  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0225  extracellular solute-binding protein  65.8 
 
 		 553 aa  726    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1218  extracellular solute-binding protein  67.28 
 
 		 555 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0270957 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0380  extracellular solute-binding protein  90.7 
 
 		 566 aa  991    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0996826 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7150  putative oligopeptide ABC transporter (substrate binding protein)  66.01 
 
 		 557 aa  751    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.144912  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0853  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 		 552 aa  1122    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1932  extracellular solute-binding protein  75.6 
 
 		 586 aa  863    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.142751  normal  0.615683 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2065  extracellular solute-binding protein  91.19 
 
 		 605 aa  968    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.414534  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3376  extracellular solute-binding protein family 5  61.26 
 
 		 552 aa  679    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3792  extracellular solute-binding protein  67.11 
 
 		 551 aa  709    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.639455  normal  0.694676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0655  extracellular solute-binding protein  54.62 
 
 		 540 aa  585  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1277  extracellular solute-binding protein  52.88 
 
 		 598 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1439  extracellular solute-binding protein family 5  52.88 
 
 		 540 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3267  extracellular solute-binding protein family 5  51.19 
 
 		 534 aa  571  1e-161  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.485271  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2701  extracellular solute-binding protein  51.63 
 
 		 534 aa  561  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0290  extracellular solute-binding protein  47.88 
 
 		 531 aa  527  1e-148  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.752502  normal  0.021899 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0226  extracellular solute-binding protein  47.87 
 
 		 533 aa  523  1e-147  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0833  extracellular solute-binding protein family 5  48.46 
 
 		 532 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.54369  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7151  ABC transporter substrate-binding protein  48.26 
 
 		 531 aa  516  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1219  extracellular solute-binding protein  47.24 
 
 		 531 aa  514  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0111682 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0497  extracellular solute-binding protein  44.57 
 
 		 539 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00026016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3602  extracellular solute-binding protein  44.77 
 
 		 539 aa  478  1e-133  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.170805  hitchhiker  0.00309347 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1603  extracellular solute-binding protein family 5  42.78 
 
 		 539 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654936  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0900  4-phytase  42.94 
 
 		 533 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0202096 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4619  4-phytase  43.02 
 
 		 544 aa  426  1e-118  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.715554  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  30.74 
 
 		 509 aa  208  3e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  30.58 
 
 		 520 aa  207  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 		 528 aa  203  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.0000382125  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.88 
 
 		 535 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  26.88 
 
 		 534 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29 
 
 		 531 aa  161  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2870  periplasmic dipeptide transport protein  27.08 
 
 		 509 aa  147  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00619899  normal  0.837363 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0872  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 527 aa  145  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.625735 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3006  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 528 aa  138  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.165169  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  28.35 
 
 		 505 aa  139  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.25 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  27.74 
 
 		 524 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0626  extracellular solute-binding protein  26.06 
 
 		 510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.797506  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3551  extracellular solute-binding protein family 5  27.27 
 
 		 531 aa  136  9.999999999999999e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.186732  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  27.45 
 
 		 498 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3158  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 		 535 aa  135  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0062  extracellular solute-binding protein family 5  26.46 
 
 		 521 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 528 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  27.43 
 
 		 502 aa  134  5e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.91 
 
 		 516 aa  133  6.999999999999999e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2814  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.04 
 
 		 521 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.1277  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0817  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 549 aa  132  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22663  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 512 aa  131  3e-29  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2542  extracellular solute-binding protein  25.74 
 
 		 521 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0150221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1189  extracellular solute-binding protein family 5  26.8 
 
 		 497 aa  131  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0562  oligopeptide ABC transporter extracellular solute-binding family 5 protein  26.62 
 
 		 518 aa  131  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  26.79 
 
 		 502 aa  130  8.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1300  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 526 aa  129  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.901266 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5794  extracellular solute-binding protein  26.27 
 
 		 520 aa  127  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000436692  decreased coverage  0.000177852 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5067  extracellular solute-binding protein  31.18 
 
 		 495 aa  126  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.68424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1189  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 		 525 aa  126  9e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0440454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.33 
 
 		 495 aa  126  9e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  25.35 
 
 		 529 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3144  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 526 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.000116165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001974  peptide ABC transporter peptide-binding protein  28.31 
 
 		 517 aa  126  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00493  ABC-type dipeptide transporter periplasmic component  27.97 
 
 		 519 aa  125  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1764  extracellular solute-binding protein family 5  27.07 
 
 		 526 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.295464 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 500 aa  125  2e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.88 
 
 		 520 aa  125  2e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2532  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 535 aa  125  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00384928 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 512 aa  125  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4792  extracellular solute-binding protein  25.65 
 
 		 528 aa  125  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  25.36 
 
 		 541 aa  125  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  0.00000000666118  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  26.11 
 
 		 516 aa  124  4e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.000000000166548  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1240  extracellular solute-binding protein  30.23 
 
 		 530 aa  124  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1440  extracellular solute-binding protein family 5  28.74 
 
 		 514 aa  124  5e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.136539  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0139  extracellular solute-binding protein  27.1 
 
 		 520 aa  124  6e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.382397 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2619  extracellular solute-binding protein family 5  29.64 
 
 		 512 aa  124  6e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.181451  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2564  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.79 
 
 		 542 aa  123  8e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0172077  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  26.29 
 
 		 529 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1571  4-phytase  27.33 
 
 		 510 aa  123  9.999999999999999e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.624152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2087  extracellular solute-binding protein family 5  26.93 
 
 		 522 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.159106  normal  0.621098 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1886  periplasmic dipeptide transport protein precursor  26.62 
 
 		 525 aa  121  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.105927  normal  0.91526 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5796  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 526 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00815808  hitchhiker  0.00391201 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2113  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 527 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.142361  normal  0.0512396 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  25.5 
 
 		 529 aa  120  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3243  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 509 aa  120  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.649697  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  27.51 
 
 		 513 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  24.31 
 
 		 532 aa  119  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000184044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 490 aa  119  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3678  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  25.48 
 
 		 525 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0885273 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 519 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  25.37 
 
 		 519 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3842  extracellular solute-binding protein  25.67 
 
 		 568 aa  118  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0450891  normal  0.108057 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4139  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 528 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.414652 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  26.35 
 
 		 523 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0095  transport protein, extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 		 517 aa  117  3.9999999999999997e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0865281  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 515 aa  117  5e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1873  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 526 aa  117  5e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.021803  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5235  extracellular solute-binding protein family 5  25.24 
 
 		 522 aa  117  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 508 aa  116  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  26.71 
 
 		 527 aa  117  7.999999999999999e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>