More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4685 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1405  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  71.05 
 
 		 532 aa  811    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4685  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 532 aa  1096    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.192999  normal  0.292705 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0038  extracellular solute-binding protein  51.32 
 
 		 533 aa  547  1e-154  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.830083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3462  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 		 552 aa  522  1e-147  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0173201  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3812  extracellular solute-binding protein family 5  49.12 
 
 		 528 aa  523  1e-147  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0629305 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3599  extracellular solute-binding protein  50 
 
 		 525 aa  512  1e-144  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1646  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1481  ABC oligopeptide transporter, perplasmic substrate-binding protein OppA  49.05 
 
 		 529 aa  511  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.869658  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0132  extracellular solute-binding protein  48.67 
 
 		 529 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.229364  normal  0.957515 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0537  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  49.71 
 
 		 525 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.75807  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0467  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  49.71 
 
 		 525 aa  506  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2890  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 		 529 aa  508  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.271762  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5343  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 		 535 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220066  normal  0.0289508 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0538  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  48.12 
 
 		 525 aa  473  1e-132  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.461639  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3596  extracellular solute-binding protein  46.3 
 
 		 526 aa  472  1e-132  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4639  extracellular solute-binding protein family 5  44.92 
 
 		 532 aa  474  1e-132  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0468  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  48.32 
 
 		 525 aa  474  1e-132  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3598  extracellular solute-binding protein  46.95 
 
 		 525 aa  468  9.999999999999999e-131  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.000427863  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4787  extracellular solute-binding protein family 5  45.22 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.690041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4272  extracellular solute-binding protein  45.02 
 
 		 532 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0380913  normal  0.650765 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6093  extracellular solute-binding protein family 5  42.63 
 
 		 528 aa  449  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2885  extracellular solute-binding protein  42.5 
 
 		 528 aa  448  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.128734  normal  0.843476 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2834  extracellular solute-binding protein family 5  42.96 
 
 		 526 aa  437  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.360597 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3103  extracellular solute-binding protein family 5  43.02 
 
 		 526 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.529212  normal  0.177978 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0592  extracellular solute-binding protein  44.02 
 
 		 545 aa  429  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2999  extracellular solute-binding protein  42.47 
 
 		 549 aa  396  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.305947  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4404  extracellular solute-binding protein  40.93 
 
 		 536 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002959  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  40.91 
 
 		 558 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1946  oligopeptide transport system permease protein B  40.87 
 
 		 554 aa  368  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0865  extracellular solute-binding protein  38.26 
 
 		 544 aa  365  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0609  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  40.12 
 
 		 543 aa  362  1e-98  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02949  hypothetical protein  39.88 
 
 		 555 aa  359  8e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2405  extracellular solute-binding protein family 5  37.08 
 
 		 558 aa  353  5.9999999999999994e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000900492  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1897  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.08 
 
 		 558 aa  352  7e-96  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.340522  normal  0.197408 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01217  oligopeptide transporter subunit  37.08 
 
 		 543 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.584763  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2385  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 558 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.190524  hitchhiker  0.0000021243 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1391  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.08 
 
 		 543 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768286  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1729  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.08 
 
 		 558 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.654548  normal  0.238122 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1352  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  37.08 
 
 		 543 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0153639  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01227  hypothetical protein  37.08 
 
 		 543 aa  352  8.999999999999999e-96  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.595865  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2302  extracellular solute-binding protein  37.62 
 
 		 544 aa  350  3e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00365913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2601  extracellular solute-binding protein family 5  37.83 
 
 		 538 aa  349  9e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1412  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  36.7 
 
 		 543 aa  347  3e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.706367  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1803  periplasmic murein peptide-binding protein  36.88 
 
 		 537 aa  347  3e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00501366 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1865  periplasmic murein peptide-binding protein  36.88 
 
 		 537 aa  346  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  normal  0.987558 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1653  periplasmic murein peptide-binding protein  36.88 
 
 		 537 aa  346  7e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0552012 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1471  periplasmic murein peptide-binding protein  36.7 
 
 		 537 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.857837  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2611  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 544 aa  345  1e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.502409 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2372  extracellular solute-binding protein family 5  35.85 
 
 		 543 aa  343  4e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.220552  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1804  periplasmic murein peptide-binding protein  36.51 
 
 		 537 aa  343  5e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.048276  normal  0.542022 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1792  periplasmic murein peptide-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  343  5.999999999999999e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01307  murein tripeptide (L-ala-gamma-D-glutamyl-meso-DAP) transporter subunit  36.84 
 
 		 537 aa  342  8e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.466837  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2316  extracellular solute-binding protein family 5  36.84 
 
 		 537 aa  342  8e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.151568  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1542  periplasmic murein peptide-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  342  8e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2295  extracellular solute-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  342  8e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01317  hypothetical protein  36.84 
 
 		 537 aa  342  8e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.441272  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1446  periplasmic murein peptide-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  342  8e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1880  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.6 
 
 		 543 aa  342  1e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1569  periplasmic murein peptide-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  342  1e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1399  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.6 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.530492  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1937  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.6 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.26638 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1874  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.6 
 
 		 543 aa  341  2e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07058  hypothetical protein  37.86 
 
 		 559 aa  340  4e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1977  periplasmic murein peptide-binding protein  36.84 
 
 		 537 aa  340  4e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.526776 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1770  extracellular solute-binding protein family 5  37.02 
 
 		 560 aa  340  5e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1581  periplasmic oligopeptide-binding protein  38.4 
 
 		 543 aa  338  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.197291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1984  extracellular solute-binding protein family 5  38.06 
 
 		 556 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2070  extracellular solute-binding protein  36.48 
 
 		 545 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.174491  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1960  oligopeptide ABC transporter, periplasmic oligopeptide-binding protein  36.48 
 
 		 545 aa  337  3.9999999999999995e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.390049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2701  extracellular solute-binding protein  37.64 
 
 		 545 aa  337  3.9999999999999995e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.301975  hitchhiker  0.00251286 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2163  periplasmic oligopeptide-binding protein precursor  36.48 
 
 		 525 aa  337  5e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.037967  normal  0.0426294 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2285  extracellular solute-binding protein family 5  37.45 
 
 		 556 aa  336  5.999999999999999e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.946227  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1798  murein tripeptide ABC transporter, periplasmic murein peptide-binding protein  36.75 
 
 		 538 aa  336  7e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2389  murein tripeptide ABC transporter periplasmic murein peptide-binding protein  36.75 
 
 		 538 aa  336  7.999999999999999e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.536818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1906  extracellular solute-binding protein  36.75 
 
 		 538 aa  336  7.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001004  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  37.63 
 
 		 541 aa  335  1e-90  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2319  extracellular solute-binding protein family 5  38.03 
 
 		 538 aa  335  1e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2148  extracellular solute-binding protein  38.02 
 
 		 538 aa  335  1e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0021  extracellular solute-binding protein  37.52 
 
 		 561 aa  332  1e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0019  extracellular solute-binding protein  38.14 
 
 		 533 aa  330  3e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1985  extracellular solute-binding protein family 5  36.9 
 
 		 545 aa  329  7e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1954  extracellular solute-binding protein family 5  37.98 
 
 		 547 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1735  extracellular solute-binding protein family 5  37.22 
 
 		 538 aa  327  4.0000000000000003e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1913  extracellular solute-binding protein family 5  37.23 
 
 		 535 aa  324  2e-87  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.988615  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1483  extracellular solute-binding protein  35.43 
 
 		 542 aa  324  3e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2195  extracellular solute-binding protein family 5  36.81 
 
 		 547 aa  323  4e-87  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.337162  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4505  extracellular solute-binding protein  35.92 
 
 		 538 aa  323  4e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.347947 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2654  extracellular solute-binding protein family 5  35.7 
 
 		 544 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.411058  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0020  extracellular solute-binding protein  37 
 
 		 558 aa  318  1e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0587  extracellular solute-binding protein family 5  36.99 
 
 		 534 aa  317  3e-85  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003657  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein OppA  37.65 
 
 		 536 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2286  extracellular solute-binding protein family 5  35.77 
 
 		 545 aa  315  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.137787  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02892  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.922865  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0680  extracellular solute-binding protein family 5  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3198  putative binding protein  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02842  hypothetical protein  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.81173  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0677  putative binding protein  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.682272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3311  putative binding protein  35.42 
 
 		 535 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.43332  normal  0.120975 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4438  extracellular solute-binding protein family 5  35.14 
 
 		 538 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.454229  normal  0.829261 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4331  putative binding protein  36.15 
 
 		 535 aa  312  1e-83  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2028  oligopeptide ABC transporter periplasmic oligopeptide-binding protein  37.01 
 
 		 544 aa  311  2e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593092  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>