149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1353 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1283  extracellular solute-binding protein  76.5 
 
 		 450 aa  679    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  unclonable  0.0000000346676  normal  0.943264 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1353  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 434 aa  874    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.621342 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0306  extracellular solute-binding protein family 1  38.14 
 
 		 473 aa  256  6e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0074  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 		 429 aa  164  4.0000000000000004e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1524  extracellular solute-binding protein family 1  27.15 
 
 		 439 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2164  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 430 aa  114  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0845615 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01287  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  24.59 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01298  hypothetical protein  24.59 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1425  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.59 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2315  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 		 430 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.62001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1520  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.59 
 
 		 430 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2336  extracellular solute-binding protein family 1  24.36 
 
 		 430 aa  107  6e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.193691  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1812  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  24.7 
 
 		 430 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  25.92 
 
 		 459 aa  83.2  0.000000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6665  extracellular solute-binding protein  22.22 
 
 		 423 aa  67  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.99524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1179  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  24.57 
 
 		 423 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0916647  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0361  extracellular solute-binding protein  26.41 
 
 		 444 aa  65.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.678366  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2172  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.22 
 
 		 422 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00849198  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2082  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  25.22 
 
 		 422 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.890991  normal  0.0137332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2280  extracellular solute-binding protein  25.22 
 
 		 422 aa  64.7  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  24.32 
 
 		 421 aa  63.9  0.000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1073  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.7 
 
 		 399 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0230  putative transporter periplasmic binding protein  22.74 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0065  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.21 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0354  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.21 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.824168  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1650  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.21 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.572617  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1232  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.21 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.715088  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3065  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.18 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4379  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5060  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.299118  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5800  extracellular solute-binding protein  23.17 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.307701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1739  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.41 
 
 		 426 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5468  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 442 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.303073 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1604  extracellular solute-binding protein  22.42 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  24.56 
 
 		 458 aa  58.5  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5198  extracellular solute-binding protein family 1  25.13 
 
 		 442 aa  57.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.06332 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0698  extracellular solute-binding protein family 1  24.07 
 
 		 428 aa  58.2  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0317884  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4016  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.02 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  25.81 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3575  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  24.02 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3709  extracellular solute-binding protein  24.02 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3337  extracellular solute-binding protein family 1  32.31 
 
 		 427 aa  56.2  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.806542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  23.9 
 
 		 403 aa  53.9  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 433 aa  53.5  0.000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4889  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.36 
 
 		 429 aa  53.5  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.278868  normal  0.377169 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5698  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 		 412 aa  53.5  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145305  normal  0.141272 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  29.1 
 
 		 443 aa  52.8  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  22.47 
 
 		 414 aa  52.8  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  30.85 
 
 		 433 aa  52.4  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0068  extracellular solute-binding protein family 1  21.47 
 
 		 486 aa  52.8  0.00001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0954  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 397 aa  51.6  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.233769  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 424 aa  52  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4989  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 		 436 aa  51.6  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.192631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 423 aa  51.2  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 		 410 aa  51.6  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0712  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 397 aa  51.2  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.518168  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.44 
 
 		 438 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0405  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.41 
 
 		 438 aa  50.8  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2696  extracellular solute-binding protein  24.08 
 
 		 498 aa  50.8  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2553  extracellular solute-binding protein family 1  22.26 
 
 		 432 aa  50.8  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.964139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 		 439 aa  50.8  0.00005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2821  extracellular solute-binding protein  23.05 
 
 		 428 aa  50.8  0.00005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.858803  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 411 aa  50.8  0.00005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3703  extracellular solute-binding protein family 1  28.5 
 
 		 466 aa  50.8  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0104923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 411 aa  50.4  0.00005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 407 aa  50.4  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.24 
 
 		 420 aa  50.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  24.6 
 
 		 425 aa  50.4  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  22.55 
 
 		 411 aa  50.1  0.00007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4940  extracellular solute-binding protein family 1  21.81 
 
 		 484 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  22.82 
 
 		 450 aa  49.7  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 		 401 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  23.71 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  26.36 
 
 		 442 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  25.17 
 
 		 407 aa  49.7  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  28.97 
 
 		 466 aa  49.7  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0804  extracellular solute-binding protein  26.16 
 
 		 434 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.793174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1371  extracellular solute-binding protein family 1  25.59 
 
 		 438 aa  48.5  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2901  extracellular solute-binding protein family 1  24.67 
 
 		 425 aa  48.9  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  33.61 
 
 		 437 aa  47.8  0.0003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0253  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.13 
 
 		 424 aa  47.4  0.0005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 		 457 aa  47.4  0.0005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5858  extracellular solute-binding protein  22.96 
 
 		 435 aa  47  0.0006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.437643  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 427 aa  47.4  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1619  extracellular solute-binding protein  27.03 
 
 		 450 aa  47  0.0007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.91 
 
 		 422 aa  47  0.0007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  28.67 
 
 		 423 aa  47  0.0007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  22.98 
 
 		 432 aa  46.2  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 513 aa  46.6  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2420  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 		 420 aa  45.8  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.228974 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  24.38 
 
 		 430 aa  46.2  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 430 aa  46.6  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 		 425 aa  45.8  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3306  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 431 aa  45.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  21.63 
 
 		 432 aa  45.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  23.65 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>