108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5045 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5045  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 340 aa  675    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6227  transcriptional regulator, TrmB  70.97 
 
 		 335 aa  456  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0764257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7639  transcriptional regulator, LuxR family  40.06 
 
 		 314 aa  207  3e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  34.93 
 
 		 365 aa  189  5e-47  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1382  LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 323 aa  184  1.0000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.341345  normal  0.0711224 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6940  response regulator receiver protein  32.31 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3593  transcriptional regulator, LuxR family  35.74 
 
 		 338 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2388  LuxR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.978656  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2438  regulatory protein, LuxR  29.7 
 
 		 323 aa  122  6e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230213  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2856  regulatory protein, LuxR  33.02 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0082  transcriptional regulator, TrmB  32.36 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4452  transcriptional regulator, LuxR family  29.74 
 
 		 385 aa  113  4.0000000000000004e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3503  transcriptional regulator, TrmB  30.56 
 
 		 324 aa  113  5e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.894769  hitchhiker  0.00285748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5215  hypothetical protein  30.03 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.240976 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0315  transcriptional regulator, LuxR family  37.34 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.33784 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3886  transcriptional regulator, LuxR family  34.58 
 
 		 326 aa  105  9e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5682  transcriptional regulator, LuxR family  29.77 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.362244  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2593  LuxR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 328 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183797  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4574  transcriptional regulator, TrmB  29.76 
 
 		 328 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.524309  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32970  predicted transcriptional regulator  36.81 
 
 		 321 aa  99  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4346  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  39.02 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0476  transcriptional regulator, LuxR family  31.7 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422983 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1159  response regulator receiver protein  30.4 
 
 		 336 aa  89.4  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0189  LuxR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 340 aa  87  4e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3448  transcriptional regulator, LuxR family  35.8 
 
 		 236 aa  87  4e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0548579  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6990  transcriptional regulator, LuxR family  27.3 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.458104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0794  transcriptional regulator, TrmB  27.4 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.245158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1464  transcriptional regulator TrmB  30.36 
 
 		 326 aa  79  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.862849  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00630  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.67 
 
 		 251 aa  78.6  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.110321 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0426  response regulator receiver protein  36.2 
 
 		 219 aa  72.4  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8191  response regulator receiver protein  26.47 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0388  LuxR family transcriptional regulator  26.2 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.423385  normal  0.332303 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5791  transcriptional regulator protein-like protein  36.36 
 
 		 333 aa  70.5  0.00000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.0683499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4313  response regulator receiver protein  32.64 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0223249  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6752  response regulator receiver protein  33.14 
 
 		 211 aa  66.6  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.843865  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2745  transcriptional regulator, TrmB  26.52 
 
 		 270 aa  62.4  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0418  transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 112 aa  62.4  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1738  response regulator receiver protein  32.09 
 
 		 251 aa  61.2  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4211  response regulator receiver protein  35.48 
 
 		 260 aa  58.2  0.0000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.941878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2763  transcriptional regulator, TrmB  26.02 
 
 		 269 aa  54.7  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3871  two component LuxR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 200 aa  50.1  0.00006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00685623  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  42.62 
 
 		 206 aa  48.5  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0220  response regulator receiver protein  28.57 
 
 		 241 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1387  DNA-binding response regulator  29.57 
 
 		 214 aa  48.5  0.0002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00141106  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0188  regulatory protein, LuxR  33.7 
 
 		 255 aa  48.1  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5531  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47.4  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 208 aa  47.8  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5482  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47.4  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 220 aa  47.4  0.0004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5200  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5034  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.617082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5050  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5597  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 246 aa  46.6  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5444  DNA-binding response regulator  31.86 
 
 		 200 aa  47  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3820  two component LuxR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 205 aa  46.6  0.0006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5150  two component LuxR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 200 aa  46.2  0.0008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 118 aa  46.2  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5477  DNA-binding response regulator  34.12 
 
 		 200 aa  46.2  0.0008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00156963  hitchhiker  0.00000000000102018 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3262  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 222 aa  46.2  0.0009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.764026 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06640  transcriptional regulator, TrmB  23.24 
 
 		 269 aa  46.2  0.0009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.22042e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 217 aa  45.8  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1864  two component LuxR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 205 aa  45.4  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 231 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.31 
 
 		 223 aa  45.4  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3254  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 201 aa  44.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.49762 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3846  two component LuxR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 249 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.525033  normal  0.770826 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5475  DNA-binding response regulator  30.97 
 
 		 200 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.132453  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  35.48 
 
 		 123 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1132  DNA-binding response regulator, LuxR family  27.55 
 
 		 225 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.893152  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 200 aa  45.1  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0357  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  39.34 
 
 		 202 aa  44.3  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0357  two-component response regulator  32.86 
 
 		 210 aa  44.3  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00848176  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0258  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 200 aa  44.7  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0749  transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 500 aa  44.7  0.003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.65 
 
 		 226 aa  44.3  0.003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0889  LuxR family DNA-binding response regulator  34.38 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000916195  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0183  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.541303  normal  0.654013 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 229 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.94 
 
 		 247 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3900  transcriptional regulator, LuxR family  38.24 
 
 		 592 aa  43.9  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.573736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 471 aa  43.5  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0799  response regulator receiver protein  33.77 
 
 		 204 aa  43.5  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.403434 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.99 
 
 		 218 aa  43.5  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2943  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 215 aa  43.1  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0347  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 198 aa  43.1  0.006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0441  regulatory protein LuxR  36.36 
 
 		 286 aa  43.5  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.923746  normal  0.0183899 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0345  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 198 aa  43.1  0.006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0352  two component LuxR family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 198 aa  43.5  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0355  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 198 aa  43.1  0.006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.881439  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6830  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.59 
 
 		 270 aa  43.5  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.72 
 
 		 225 aa  43.5  0.006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1154  transcriptional regulator, LuxR family  35.38 
 
 		 386 aa  43.1  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1373  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 238 aa  43.1  0.007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1576  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.893939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0617  LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0241474  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2024  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.36 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.896026  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2215  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  36.36 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2128  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  36.36 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.423434  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0702  autoinducer-binding transcriptional regulator BmpR  36.36 
 
 		 230 aa  42.7  0.008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.669136  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>