85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_6227 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_6227  transcriptional regulator, TrmB  100 
 
 		 335 aa  655    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0764257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5045  transcriptional regulator, TrmB  70.97 
 
 		 340 aa  452  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7639  transcriptional regulator, LuxR family  43.61 
 
 		 314 aa  223  4.9999999999999996e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  38.53 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1382  LuxR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 323 aa  205  7e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.341345  normal  0.0711224 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2388  LuxR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 332 aa  152  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.978656  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2438  regulatory protein, LuxR  33.13 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6940  response regulator receiver protein  32.24 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288002  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3593  transcriptional regulator, LuxR family  36.64 
 
 		 338 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2856  regulatory protein, LuxR  37.25 
 
 		 331 aa  136  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2593  LuxR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 328 aa  125  1e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183797  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4452  transcriptional regulator, LuxR family  32.72 
 
 		 385 aa  119  7e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0082  transcriptional regulator, TrmB  33.04 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3886  transcriptional regulator, LuxR family  32.42 
 
 		 326 aa  106  7e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4346  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  42.01 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5682  transcriptional regulator, LuxR family  30.8 
 
 		 341 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.362244  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5215  hypothetical protein  29.91 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.240976 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4574  transcriptional regulator, TrmB  29.5 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.524309  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0476  transcriptional regulator, LuxR family  32.73 
 
 		 323 aa  99.4  8e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422983 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0315  transcriptional regulator, LuxR family  35.14 
 
 		 337 aa  98.2  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.33784 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3503  transcriptional regulator, TrmB  29.64 
 
 		 324 aa  95.9  8e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.894769  hitchhiker  0.00285748 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6990  transcriptional regulator, LuxR family  28.34 
 
 		 339 aa  93.2  5e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.458104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0189  LuxR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 340 aa  92.8  7e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32970  predicted transcriptional regulator  37.42 
 
 		 321 aa  92  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1159  response regulator receiver protein  41.13 
 
 		 336 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3448  transcriptional regulator, LuxR family  42.14 
 
 		 236 aa  83.6  0.000000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0548579  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00630  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  33.82 
 
 		 251 aa  81.6  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.110321 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0794  transcriptional regulator, TrmB  28.9 
 
 		 337 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.245158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8191  response regulator receiver protein  28.31 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1464  transcriptional regulator TrmB  28.57 
 
 		 326 aa  75.1  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.862849  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4313  response regulator receiver protein  27.54 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0223249  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0388  LuxR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 477 aa  71.6  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.423385  normal  0.332303 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5791  transcriptional regulator protein-like protein  35.06 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.0683499 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6752  response regulator receiver protein  31.06 
 
 		 211 aa  61.6  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.843865  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0426  response regulator receiver protein  34.53 
 
 		 219 aa  60.5  0.00000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1738  response regulator receiver protein  32.84 
 
 		 251 aa  60.1  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0418  transcriptional regulator, LuxR family  53.33 
 
 		 112 aa  59.3  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0220  response regulator receiver protein  27.33 
 
 		 241 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4211  response regulator receiver protein  32.91 
 
 		 260 aa  52.8  0.000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.941878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 246 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0475  transcriptional regulator, LuxR family  40.32 
 
 		 123 aa  48.1  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.282737  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.42 
 
 		 208 aa  47.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  40.98 
 
 		 206 aa  47.4  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1716  LuxR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 118 aa  47.8  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.18507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2437  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.73 
 
 		 218 aa  47  0.0005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2905  transcriptional regulator, LuxR family  26.84 
 
 		 335 aa  46.6  0.0006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1154  transcriptional regulator, LuxR family  38.46 
 
 		 386 aa  46.2  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4039  two component LuxR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 250 aa  46.2  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.512873  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  36.11 
 
 		 247 aa  45.8  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6830  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.29 
 
 		 270 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1290  DNA-binding response regulator  40.98 
 
 		 200 aa  45.4  0.001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.29796  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 257 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.781509  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 231 aa  45.8  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  34.43 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  34.43 
 
 		 224 aa  44.7  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 228 aa  45.1  0.002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.61 
 
 		 229 aa  44.7  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0188  regulatory protein, LuxR  37.33 
 
 		 255 aa  44.3  0.003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3326  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 223 aa  44.3  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.43 
 
 		 224 aa  44.3  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5531  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2610  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 144 aa  43.9  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000438854  normal  0.0112001 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5150  two component LuxR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3871  two component LuxR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 200 aa  43.5  0.004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00685623  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5482  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1132  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.12 
 
 		 214 aa  43.9  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5477  DNA-binding response regulator  31.76 
 
 		 200 aa  43.9  0.004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00156963  hitchhiker  0.00000000000102018 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5597  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1965  two component LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 217 aa  43.5  0.005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0474  response regulator receiver protein  36.36 
 
 		 471 aa  43.5  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.40168  normal  0.0487434 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1132  DNA-binding response regulator, LuxR family  30.3 
 
 		 225 aa  43.5  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.893152  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5200  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.5  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5034  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.5  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.617082  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5050  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5444  DNA-binding response regulator  31.48 
 
 		 200 aa  43.5  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 254 aa  43.1  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0454  two component LuxR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 208 aa  43.5  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.698939  hitchhiker  0.00367889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1633  two component LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 254 aa  43.5  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 224 aa  42.7  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1162  two component LuxR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 225 aa  42.7  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.130665  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5475  DNA-binding response regulator  37.7 
 
 		 200 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.132453  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2446  transcriptional regulator, LuxR family  39.34 
 
 		 188 aa  42.4  0.01  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1350  LuxR family DNA-binding response regulator  28.79 
 
 		 225 aa  42.4  0.01  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00111586  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 191 aa  42.7  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0351  LuxR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 195 aa  42.4  0.01  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.147651  normal  0.0771656 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>