65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2856 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2856  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 331 aa  641    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2388  LuxR family transcriptional regulator  68.86 
 
 		 332 aa  422  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.978656  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6227  transcriptional regulator, TrmB  37.25 
 
 		 335 aa  145  7.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0764257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6940  response regulator receiver protein  31.12 
 
 		 328 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7639  transcriptional regulator, LuxR family  33.53 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1382  LuxR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.341345  normal  0.0711224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5045  transcriptional regulator, TrmB  33.02 
 
 		 340 aa  121  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  31.07 
 
 		 365 aa  116  6e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2438  regulatory protein, LuxR  31.66 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230213  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5215  hypothetical protein  34.12 
 
 		 332 aa  96.3  6e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.240976 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2593  LuxR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 328 aa  95.5  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183797  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3886  transcriptional regulator, LuxR family  31.83 
 
 		 326 aa  95.1  2e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3503  transcriptional regulator, TrmB  34.17 
 
 		 324 aa  91.7  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.894769  hitchhiker  0.00285748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5682  transcriptional regulator, LuxR family  31.1 
 
 		 341 aa  92.4  1e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.362244  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4452  transcriptional regulator, LuxR family  27.96 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4313  response regulator receiver protein  31.44 
 
 		 317 aa  80.9  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0223249  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0315  transcriptional regulator, LuxR family  30.36 
 
 		 337 aa  80.1  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.33784 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3593  transcriptional regulator, LuxR family  38.97 
 
 		 338 aa  79.7  0.00000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1159  response regulator receiver protein  29.39 
 
 		 336 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4346  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  36.88 
 
 		 330 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0476  transcriptional regulator, LuxR family  32 
 
 		 323 aa  75.9  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422983 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6990  transcriptional regulator, LuxR family  26.1 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.458104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0189  LuxR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 340 aa  72.4  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3448  transcriptional regulator, LuxR family  43.88 
 
 		 236 aa  71.2  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0548579  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6752  response regulator receiver protein  34.5 
 
 		 211 aa  70.5  0.00000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.843865  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0418  transcriptional regulator, LuxR family  59.68 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5791  transcriptional regulator protein-like protein  37.58 
 
 		 333 aa  67.8  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.0683499 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1464  transcriptional regulator TrmB  42.06 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.862849  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1738  response regulator receiver protein  34.43 
 
 		 251 aa  63.2  0.000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32970  predicted transcriptional regulator  31.58 
 
 		 321 aa  61.2  0.00000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8191  response regulator receiver protein  35.96 
 
 		 332 aa  60.8  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0082  transcriptional regulator, TrmB  39 
 
 		 321 aa  58.2  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4574  transcriptional regulator, TrmB  44.94 
 
 		 328 aa  57.8  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.524309  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0426  response regulator receiver protein  34.15 
 
 		 219 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0794  transcriptional regulator, TrmB  39.62 
 
 		 337 aa  53.9  0.000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.245158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0352  two component LuxR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 198 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0347  two component LuxR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 198 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0345  two component LuxR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 198 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0355  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.83 
 
 		 198 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.881439  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0388  LuxR family transcriptional regulator  47.37 
 
 		 477 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.423385  normal  0.332303 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0357  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  31.93 
 
 		 202 aa  51.6  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00630  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  43.48 
 
 		 251 aa  51.6  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.110321 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0351  LuxR family DNA-binding response regulator  34.45 
 
 		 198 aa  51.2  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0322  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 198 aa  50.4  0.00004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4211  response regulator receiver protein  33.6 
 
 		 260 aa  50.4  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.941878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3820  two component LuxR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 205 aa  49.7  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3621  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 198 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3818  two component LuxR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 198 aa  48.9  0.0001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0228  LuxR family two component transcriptional regulator  34.57 
 
 		 206 aa  47.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2745  transcriptional regulator, TrmB  34.74 
 
 		 270 aa  46.6  0.0006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0188  regulatory protein, LuxR  44 
 
 		 255 aa  46.6  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 202 aa  45.4  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.446643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3506  two component LuxR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 198 aa  45.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0220  response regulator receiver protein  27.32 
 
 		 241 aa  45.4  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3475  response regulator receiver  37.04 
 
 		 207 aa  45.8  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.16 
 
 		 208 aa  45.1  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1908  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.73 
 
 		 201 aa  44.7  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.264232 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1851  two component LuxR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 262 aa  44.3  0.003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.467917  normal  0.53175 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0065  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 204 aa  43.9  0.004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2014  two component transcriptional regulator, LuxR family  28.87 
 
 		 212 aa  43.5  0.005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.172206  hitchhiker  0.00394331 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3871  two component LuxR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 200 aa  43.5  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00685623  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1932  two component LuxR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 236 aa  43.1  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0164  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 128 aa  43.1  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 230 aa  42.7  0.009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.149636  normal  0.0443917 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4511  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.84 
 
 		 226 aa  42.4  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.11054  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>