More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0351 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0351  LuxR family DNA-binding response regulator  100 
 
 		 198 aa  397  9.999999999999999e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3621  two component LuxR family transcriptional regulator  93.94 
 
 		 198 aa  353  1e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3818  two component LuxR family transcriptional regulator  93.94 
 
 		 198 aa  353  1e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0347  two component LuxR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 198 aa  352  2e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0345  two component LuxR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 198 aa  352  2e-96  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0322  two component LuxR family transcriptional regulator  93.94 
 
 		 198 aa  350  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0352  two component LuxR family transcriptional regulator  94.44 
 
 		 198 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0355  two component transcriptional regulator, LuxR family  93.94 
 
 		 198 aa  349  2e-95  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.881439  hitchhiker  0.0000000668977 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3506  two component LuxR family transcriptional regulator  80.3 
 
 		 198 aa  324  5e-88  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4591  two component LuxR family transcriptional regulator  77.27 
 
 		 198 aa  315  2e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000001788 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3475  response regulator receiver  77.29 
 
 		 207 aa  309  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0357  two component transcriptional regulator, LuxR family protein  77.23 
 
 		 202 aa  297  8e-80  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3820  two component LuxR family transcriptional regulator  60.78 
 
 		 205 aa  246  2e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.113202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0258  two component transcriptional regulator, LuxR family  55.28 
 
 		 200 aa  218  5e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03365  DNA-binding response regulator, LuxR family protein  54.04 
 
 		 205 aa  208  4e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3871  two component LuxR family transcriptional regulator  50.25 
 
 		 200 aa  202  2e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00685623  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1264  two component LuxR family transcriptional regulator  57.79 
 
 		 200 aa  202  2e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.86401 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2543  two component LuxR family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 202 aa  202  3e-51  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.446643  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5150  two component LuxR family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 200 aa  195  3e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5531  DNA-binding response regulator  49.75 
 
 		 200 aa  195  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5050  DNA-binding response regulator  49.25 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0183  two component LuxR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.541303  normal  0.654013 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5475  DNA-binding response regulator  48.74 
 
 		 200 aa  193  1e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.132453  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5482  DNA-binding response regulator  48.74 
 
 		 200 aa  192  2e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5200  DNA-binding response regulator  49.25 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5597  DNA-binding response regulator  49.25 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5477  DNA-binding response regulator  48.74 
 
 		 200 aa  193  2e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00156963  hitchhiker  0.00000000000102018 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5034  DNA-binding response regulator  49.25 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.617082  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5444  DNA-binding response regulator  49.25 
 
 		 200 aa  192  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0907  LuxR family two component transcriptional regulator  47.26 
 
 		 197 aa  180  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365102  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1290  DNA-binding response regulator  44.22 
 
 		 200 aa  180  1e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.29796  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3006  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.77 
 
 		 204 aa  178  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000248543  hitchhiker  0.000146029 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1720  LuxR family two component transcriptional regulator  47.5 
 
 		 201 aa  177  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.23 
 
 		 208 aa  176  2e-43  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1908  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.75 
 
 		 201 aa  176  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.264232 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4055  response regulator receiver protein  48 
 
 		 201 aa  174  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0367887 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0195  two component LuxR family transcriptional regulator  47.5 
 
 		 205 aa  174  6e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.116105 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1641  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.26 
 
 		 201 aa  174  6e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0286  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.27 
 
 		 203 aa  174  8e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.784033  normal  0.130384 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4753  two component transcriptional regulator, LuxR family  46 
 
 		 201 aa  173  9.999999999999999e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.226774 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0763  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.27 
 
 		 208 aa  172  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.313515 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5200  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.5 
 
 		 223 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0156716  normal  0.415255 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2610  two component transcriptional regulator, LuxR family  57.64 
 
 		 144 aa  170  1e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000438854  normal  0.0112001 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2068  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.78 
 
 		 212 aa  169  3e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.385073  normal  0.894995 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0655  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.23 
 
 		 200 aa  168  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0288  LuxR response regulator receiver  46.04 
 
 		 201 aa  164  5.9999999999999996e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0935286  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06340  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41.71 
 
 		 211 aa  162  2.0000000000000002e-39  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1680  response regulator receiver protein  45.54 
 
 		 197 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.516841 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8146  response regulator receiver protein  44.78 
 
 		 202 aa  162  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.524184 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2957  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.29 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00144362  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00990  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  42.21 
 
 		 201 aa  160  1e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.666199  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0118  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.5 
 
 		 205 aa  160  1e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.137239  normal  0.184056 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16250  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  44.78 
 
 		 224 aa  160  2e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.216822  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1588  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.5 
 
 		 201 aa  157  7e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.117504  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4572  two component transcriptional regulator, LuxR family  45 
 
 		 200 aa  157  1e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.318618  normal  0.115695 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0091  response regulator receiver protein  44.06 
 
 		 204 aa  157  1e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1937  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.5 
 
 		 201 aa  155  5.0000000000000005e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2770  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 201 aa  152  4e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.282039  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1383  two component LuxR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 200 aa  152  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000320378  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1410  response regulator receiver  40.1 
 
 		 200 aa  152  4e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000440417  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03860  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  41 
 
 		 204 aa  150  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0649288  normal  0.281143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0528  two component LuxR family transcriptional regulator  41.5 
 
 		 201 aa  150  1e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.653057  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6441  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 227 aa  149  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.176234  normal  0.0893652 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1897  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.21 
 
 		 200 aa  149  3e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.299419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0691  two component transcriptional regulator, LuxR family  46.6 
 
 		 190 aa  147  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40.5 
 
 		 203 aa  145  4.0000000000000006e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575058  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1808  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.71 
 
 		 201 aa  145  5e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.207018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5628  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.5 
 
 		 200 aa  144  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.946433  normal  0.876589 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1079  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.09 
 
 		 200 aa  141  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.782019  normal  0.0499592 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3654  two component transcriptional regulator, LuxR family  38 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0345388 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1624  two component transcriptional regulator, LuxR family  41 
 
 		 201 aa  140  9.999999999999999e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0305603  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4598  response regulator receiver protein  40 
 
 		 201 aa  138  3.9999999999999997e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.053163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06600  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  39 
 
 		 200 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.680692  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3534  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 206 aa  137  1e-31  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0889  LuxR family DNA-binding response regulator  32.16 
 
 		 200 aa  135  4e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000916195  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0503  two component transcriptional regulator, LuxR family  39 
 
 		 202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.900292 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 220 aa  129  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4258  two component LuxR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 216 aa  129  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4836  two component transcriptional regulator, LuxR family  41 
 
 		 201 aa  129  4.0000000000000003e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.16538  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2627  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.5 
 
 		 211 aa  126  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4334  response regulator receiver protein  38.5 
 
 		 200 aa  124  9e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.574495  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0236  LuxR family two component transcriptional regulator  36.36 
 
 		 218 aa  122  3e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4254  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.87 
 
 		 225 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.867992  normal  0.287586 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3055  response regulator receiver  34.18 
 
 		 219 aa  121  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0806  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 216 aa  120  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5262  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.11 
 
 		 219 aa  120  1.9999999999999998e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0945  two component LuxR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 232 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3262  two component LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 222 aa  119  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.764026 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0149  DNA-binding response regulator  36.27 
 
 		 201 aa  118  4.9999999999999996e-26  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 208 aa  118  4.9999999999999996e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_934  DNA-binding response regulator, LuxR family  33.02 
 
 		 232 aa  118  6e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.717523  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  33.49 
 
 		 222 aa  117  9.999999999999999e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1910  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.238062  normal  0.36963 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 207 aa  117  9.999999999999999e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0588  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.5 
 
 		 204 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.311075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2233  LuxR response regulator receiver  32.56 
 
 		 228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 220 aa  116  1.9999999999999998e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0516  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.75 
 
 		 231 aa  115  3.9999999999999997e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4896  response regulator receiver  32.55 
 
 		 215 aa  115  5e-25  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.446448  normal  0.220667 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1285  two component LuxR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 216 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000337392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>