55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4346 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4346  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  100 
 
 		 330 aa  635    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5682  transcriptional regulator, LuxR family  44.79 
 
 		 341 aa  111  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.362244  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6227  transcriptional regulator, TrmB  42.01 
 
 		 335 aa  105  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0764257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1159  response regulator receiver protein  30.92 
 
 		 336 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7639  transcriptional regulator, LuxR family  40.88 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5045  transcriptional regulator, TrmB  39.02 
 
 		 340 aa  92.4  8e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0476  transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 323 aa  89.4  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422983 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  36.97 
 
 		 365 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2438  regulatory protein, LuxR  38.99 
 
 		 323 aa  80.1  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2593  LuxR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183797  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32970  predicted transcriptional regulator  33.62 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4574  transcriptional regulator, TrmB  37.76 
 
 		 328 aa  79.3  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.524309  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0315  transcriptional regulator, LuxR family  37.84 
 
 		 337 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.33784 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1382  LuxR family transcriptional regulator  36.42 
 
 		 323 aa  79  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.341345  normal  0.0711224 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3503  transcriptional regulator, TrmB  35.23 
 
 		 324 aa  78.6  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.894769  hitchhiker  0.00285748 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0082  transcriptional regulator, TrmB  39.71 
 
 		 321 aa  78.6  0.0000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4313  response regulator receiver protein  28.65 
 
 		 317 aa  77.8  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0223249  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5215  hypothetical protein  35.48 
 
 		 332 aa  77  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.240976 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6940  response regulator receiver protein  33.54 
 
 		 328 aa  76.6  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6990  transcriptional regulator, LuxR family  36.42 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.458104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3886  transcriptional regulator, LuxR family  39.52 
 
 		 326 aa  73.2  0.000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3448  transcriptional regulator, LuxR family  38.06 
 
 		 236 aa  72.8  0.000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0548579  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1738  response regulator receiver protein  36.5 
 
 		 251 aa  72  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2388  LuxR family transcriptional regulator  45.54 
 
 		 332 aa  70.1  0.00000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.978656  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5791  transcriptional regulator protein-like protein  36.94 
 
 		 333 aa  69.7  0.00000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.0683499 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4452  transcriptional regulator, LuxR family  34.81 
 
 		 385 aa  69.3  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3593  transcriptional regulator, LuxR family  35.58 
 
 		 338 aa  68.2  0.0000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0426  response regulator receiver protein  32.91 
 
 		 219 aa  67  0.0000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2856  regulatory protein, LuxR  36.88 
 
 		 331 aa  66.6  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00630  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  36.07 
 
 		 251 aa  63.5  0.000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.110321 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8191  response regulator receiver protein  34.75 
 
 		 332 aa  62  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1464  transcriptional regulator TrmB  39.42 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.862849  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4211  response regulator receiver protein  27.36 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.941878  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0794  transcriptional regulator, TrmB  24.72 
 
 		 337 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.245158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0388  LuxR family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 477 aa  57  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.423385  normal  0.332303 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6752  response regulator receiver protein  40.62 
 
 		 211 aa  56.6  0.0000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.843865  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0189  LuxR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 340 aa  55.1  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0418  transcriptional regulator, LuxR family  51.79 
 
 		 112 aa  50.8  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1053  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.12 
 
 		 236 aa  47.4  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.295708  normal  0.0294181 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0763  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  49.06 
 
 		 919 aa  47  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.422144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02200  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.39 
 
 		 208 aa  46.6  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 257 aa  46.2  0.0007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.781509  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2359  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 		 247 aa  45.8  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0990205  decreased coverage  0.00133027 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1633  two component LuxR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 254 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1032  LuxR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 201 aa  44.7  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4854  putative two component LuxR family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 211 aa  44.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133138  normal  0.31096 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3486  hypothetical protein  40.74 
 
 		 206 aa  44.3  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 246 aa  43.9  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.239635  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 254 aa  43.9  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0555  two component LuxR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 228 aa  43.9  0.004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2569  transcriptional regulator, LuxR family  33.85 
 
 		 508 aa  43.9  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0889  LuxR family DNA-binding response regulator  29.23 
 
 		 200 aa  42.7  0.007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000916195  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4428  two component LuxR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 231 aa  42.7  0.008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.48 
 
 		 226 aa  42.7  0.008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3342  LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 461 aa  42.7  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.7323  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>