56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2438 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009380  Strop_2438  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 323 aa  645    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2593  LuxR family transcriptional regulator  87.31 
 
 		 328 aa  522  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.183797  normal  0.0575455 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1382  LuxR family transcriptional regulator  42.51 
 
 		 323 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.341345  normal  0.0711224 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1421  transcriptional regulator, LuxR family  32.72 
 
 		 365 aa  155  9e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.1221 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7639  transcriptional regulator, LuxR family  35.69 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6227  transcriptional regulator, TrmB  33.44 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0764257  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2388  LuxR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 332 aa  120  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.978656  normal  0.976658 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5045  transcriptional regulator, TrmB  28.87 
 
 		 340 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6940  response regulator receiver protein  28.96 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288002  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5215  hypothetical protein  30.29 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.122381  normal  0.240976 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2856  regulatory protein, LuxR  31.66 
 
 		 331 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3503  transcriptional regulator, TrmB  27.96 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.894769  hitchhiker  0.00285748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5682  transcriptional regulator, LuxR family  29.75 
 
 		 341 aa  98.6  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.362244  normal  0.868486 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0476  transcriptional regulator, LuxR family  27.19 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00422983 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4313  response regulator receiver protein  28.93 
 
 		 317 aa  93.6  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0223249  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4452  transcriptional regulator, LuxR family  26.67 
 
 		 385 aa  92  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4574  transcriptional regulator, TrmB  30.09 
 
 		 328 aa  90.9  3e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.524309  normal  0.732921 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0189  LuxR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 340 aa  87.4  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3593  transcriptional regulator, LuxR family  29.91 
 
 		 338 aa  85.5  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32970  predicted transcriptional regulator  30 
 
 		 321 aa  85.1  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4346  helix-turn-helix, type 11 domain-containing protein  38.99 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3886  transcriptional regulator, LuxR family  27.61 
 
 		 326 aa  79.3  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.661499  normal  0.356923 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0082  transcriptional regulator, TrmB  28.18 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8191  response regulator receiver protein  31.9 
 
 		 332 aa  75.1  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6990  transcriptional regulator, LuxR family  25.53 
 
 		 339 aa  73.9  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.458104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1464  transcriptional regulator TrmB  28.95 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.862849  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1159  response regulator receiver protein  44.21 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0315  transcriptional regulator, LuxR family  32.35 
 
 		 337 aa  67.8  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.33784 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00630  response regulator containing a CheY-like receiver domain and an HTH DNA-binding domain  31.63 
 
 		 251 aa  66.2  0.0000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.110321 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5791  transcriptional regulator protein-like protein  35.29 
 
 		 333 aa  65.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0418126  normal  0.0683499 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0220  response regulator receiver protein  29.58 
 
 		 241 aa  62.4  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3448  transcriptional regulator, LuxR family  32.67 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0548579  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2745  transcriptional regulator, TrmB  27.12 
 
 		 270 aa  58.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2763  transcriptional regulator, TrmB  23.62 
 
 		 269 aa  56.6  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6752  response regulator receiver protein  30.2 
 
 		 211 aa  53.5  0.000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.843865  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0426  response regulator receiver protein  31.06 
 
 		 219 aa  53.1  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3950  LuxR family DNA-binding response regulator  39.44 
 
 		 210 aa  50.8  0.00003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.331441  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0794  transcriptional regulator, TrmB  24.93 
 
 		 337 aa  50.1  0.00005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.245158  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0692  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.82 
 
 		 213 aa  49.7  0.00006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46360  putative two-component response regulator  39.44 
 
 		 210 aa  49.7  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.016821 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4211  response regulator receiver protein  32.94 
 
 		 260 aa  47.8  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.941878  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0388  LuxR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 477 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.423385  normal  0.332303 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0418  transcriptional regulator, LuxR family  46.3 
 
 		 112 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3668  response regulator receiver protein  40 
 
 		 541 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.563914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 208 aa  45.1  0.002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1299  two component LuxR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 273 aa  45.1  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0170327 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.62 
 
 		 228 aa  44.7  0.002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.61 
 
 		 211 aa  44.3  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  26.92 
 
 		 216 aa  43.9  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1738  response regulator receiver protein  25.71 
 
 		 251 aa  43.5  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2696  transcriptional regulator, LuxR family  36.67 
 
 		 535 aa  43.5  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1275  regulatory protein, LuxR  38.71 
 
 		 318 aa  43.5  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720232  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2299  transcriptional regulator NarL  34.85 
 
 		 221 aa  43.1  0.006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.590018  normal  0.644367 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2223  transcriptional regulator NarL  34.85 
 
 		 221 aa  43.1  0.006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.134159  normal  0.207388 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3089  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 219 aa  42.7  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1932  two component LuxR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 236 aa  42.4  0.01  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>