More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1275 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1275  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 318 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.720232  normal  0.462877 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21820  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.53 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1550  two component LuxR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 220 aa  62  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2789  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.86 
 
 		 212 aa  58.2  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.246733  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4064  two component transcriptional regulator, LuxR family  50 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1401  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.94 
 
 		 217 aa  57.4  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.482316 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1039  two component LuxR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.135118 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0186  response regulator receiver protein  46.77 
 
 		 213 aa  57.8  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000327076  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33010  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  42.67 
 
 		 223 aa  57.4  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.163463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2785  transcriptional regulator, LuxR family  33.11 
 
 		 1013 aa  57  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4227  two component LuxR family transcriptional regulator  50 
 
 		 213 aa  56.2  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.624898 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2136  two component LuxR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 254 aa  55.8  0.0000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0553154  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3240  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.33 
 
 		 224 aa  55.1  0.000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0975  two component LuxR family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 222 aa  55.5  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22850  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  40.58 
 
 		 239 aa  55.5  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.711047 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0799  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 226 aa  55.8  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0042  nitrate/nitrite response regulator protein  34 
 
 		 209 aa  55.5  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5916  transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 864 aa  55.5  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4179  hypothetical protein  43.28 
 
 		 232 aa  55.1  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365276 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2003  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.55 
 
 		 219 aa  55.5  0.000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.183245  hitchhiker  0.00373502 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06533  hypothetical protein  45.45 
 
 		 217 aa  55.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0180  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.11 
 
 		 216 aa  54.7  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.245465  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4738  two component transcriptional regulator, LuxR family  43.24 
 
 		 233 aa  54.7  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1936  response regulator receiver  42.37 
 
 		 207 aa  54.7  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0020  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.79 
 
 		 229 aa  54.7  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4126  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 220 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4201  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 215 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.180608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4357  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 215 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.171113 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3043  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.62 
 
 		 225 aa  54.7  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000652561  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3847  two component LuxR family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 216 aa  54.3  0.000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.118356  decreased coverage  0.00872558 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1902  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 207 aa  54.7  0.000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00000041006  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3277  transcriptional regulator, LuxR family  44.83 
 
 		 224 aa  54.7  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3421  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 223 aa  54.7  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556432 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5540  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5591  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.9  0.000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1417  response regulator receiver protein  43.48 
 
 		 234 aa  53.9  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0224272 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01100  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  47.46 
 
 		 214 aa  53.9  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5417  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  54.3  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19700  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.54 
 
 		 209 aa  54.3  0.000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1863  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 216 aa  53.9  0.000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000548978  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1384  LuxR family DNA-binding response regulator  42.62 
 
 		 207 aa  53.9  0.000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000639089  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3249  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.59 
 
 		 211 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.414819  normal  0.558116 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5535  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.9  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5263  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.24037  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5091  response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5108  response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00235048  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0116  two component LuxR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 209 aa  53.5  0.000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5661  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0967  DNA-binding response regulator  47.27 
 
 		 209 aa  53.5  0.000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.598364  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5506  DNA-binding response regulator  38.1 
 
 		 215 aa  53.5  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1267  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 216 aa  53.5  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2042  two component LuxR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 208 aa  53.5  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2073  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.68 
 
 		 226 aa  53.1  0.000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000764485 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1910  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.64 
 
 		 218 aa  53.1  0.000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4863  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.19 
 
 		 263 aa  53.1  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.937693  normal  0.105083 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1528  two component LuxR family transcriptional regulator  40 
 
 		 212 aa  53.1  0.000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.212037  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1633  two component LuxR family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 254 aa  53.1  0.000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0097  two component transcriptional regulator, LuxR family  48.08 
 
 		 209 aa  52.8  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.142871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3005  two component LuxR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 217 aa  53.1  0.000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00815247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4346  regulatory protein LuxR  40.54 
 
 		 253 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4715  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.54 
 
 		 253 aa  53.1  0.000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.525745 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  44.12 
 
 		 247 aa  52.8  0.000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2002  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 306 aa  52.8  0.000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2325  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 228 aa  52.8  0.000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4091  LuxR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 191 aa  52.4  0.000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0720604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2809  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 219 aa  52.8  0.000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1577  response regulator receiver  40 
 
 		 212 aa  52.4  0.000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.967001 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2109  LuxR family DNA-binding response regulator  45.45 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4749  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 223 aa  52  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1523  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  32.35 
 
 		 873 aa  52  0.00001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2048  response regulator  45.45 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.102554  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2046  response regulator  45.45 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2258  two component LuxR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 254 aa  52  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245701 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2290  DNA-binding response regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000736213 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0801  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 227 aa  52  0.00001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2028  two component LuxR family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 219 aa  52  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2265  LuxR family DNA-binding response regulator  45.45 
 
 		 209 aa  52  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.201191  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0765  two component LuxR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 237 aa  52  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.272345  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5788  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.31 
 
 		 214 aa  52  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.785726 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4038  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.98 
 
 		 253 aa  52.4  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2613  two component LuxR family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 207 aa  52.4  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0341  two component LuxR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 216 aa  52  0.00001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0214  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 220 aa  52  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1760  two component LuxR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 303 aa  52.4  0.00001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.887336 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2804  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.06 
 
 		 216 aa  52.4  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal  0.311692 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1427  two component LuxR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 212 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7589  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.89 
 
 		 225 aa  52  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438424  normal  0.37363 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3745  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 235 aa  52.4  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.627677  normal  0.255424 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3654  two component LuxR family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 221 aa  52  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000210563  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1248  transcriptional regulator, LuxR family  46.15 
 
 		 232 aa  52.4  0.00001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3579  regulatory protein LuxR  43.86 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0227422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6980  two component transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 213 aa  51.2  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.999676 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2950  LuxR response regulator receiver  39.68 
 
 		 221 aa  51.2  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1160  two component LuxR family transcriptional regulator  42.62 
 
 		 210 aa  51.6  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1000  two component LuxR family transcriptional regulator  50.91 
 
 		 177 aa  51.2  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00026015 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1104  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 218 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.348687  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2245  two component LuxR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 218 aa  51.6  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00227369  normal  0.0543921 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1346  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.7 
 
 		 236 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.361751  hitchhiker  0.00000337078 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4979  two component LuxR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 231 aa  51.2  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.889239  normal  0.507767 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1563  two component LuxR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 257 aa  51.6  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.781509  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>