176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1238 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008261  CPF_1238  glycosy hydrolase family protein  100 
 
 
610 aa  1248    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.247532  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1051  glycosy hydrolase family protein  99.51 
 
 
610 aa  1241    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0315037  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0607  glycoside hydrolase family protein  41.11 
 
 
606 aa  498  1e-139  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0071  N-acetyl-beta-hexosaminidase  34.35 
 
 
711 aa  336  9e-91  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0488  glycoside hydrolase family protein  39.34 
 
 
626 aa  321  3e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1177  glycoside hydrolase family protein  36.08 
 
 
599 aa  300  7e-80  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3616  glycoside hydrolase family protein  35.93 
 
 
619 aa  292  1e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.748752  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0519  glycoside hydrolase family protein  35.58 
 
 
619 aa  286  5.999999999999999e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1226  glycoside hydrolase family protein  35.03 
 
 
641 aa  279  1e-73  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.459632  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3073  Glycoside hydrolase family 20, catalytic core  33.97 
 
 
591 aa  233  5e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.221724  normal  0.79825 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3733  glycoside hydrolase family 20  30.21 
 
 
595 aa  196  9e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0925128  decreased coverage  0.00246755 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3043  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  29.43 
 
 
589 aa  195  3e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805232 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3112  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  30.59 
 
 
843 aa  181  4e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.054438  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0607  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  24.39 
 
 
699 aa  149  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0569988  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0222  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  28.82 
 
 
571 aa  130  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1297  glycoside hydrolase family protein  24.63 
 
 
557 aa  124  4e-27  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  hitchhiker  0.00968279  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1661  glycoside hydrolase family protein  25.27 
 
 
556 aa  120  7.999999999999999e-26  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.0521911  hitchhiker  0.0032281 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1725  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  29.53 
 
 
758 aa  100  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0959  glycosyl hydrolase family 20 protein  24.29 
 
 
640 aa  97.8  5e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00497875  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1103  glycosy hydrolase family protein  24.56 
 
 
640 aa  95.9  2e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00087575  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3571  glycoside hydrolase family protein  23.23 
 
 
631 aa  96.3  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.475227  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0390  Glycoside hydrolase family 20, catalytic core  29.62 
 
 
503 aa  92  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.584277 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2417  Beta-N-acetylhexosaminidase  21.85 
 
 
821 aa  90.9  6e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3430  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.94 
 
 
584 aa  90.5  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0765311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5260  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.44 
 
 
609 aa  87  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0488918  hitchhiker  0.00217525 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0701  glycoside hydrolase family protein  22.71 
 
 
652 aa  86.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.308289  normal  0.494324 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0142  beta-N-acetylhexosaminidase  23.71 
 
 
637 aa  86.3  0.000000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2583  beta-hexosaminidase (beta-N-acetylglucosaminidase)  22.99 
 
 
602 aa  85.9  0.000000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0553  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.6 
 
 
857 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2718  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.75 
 
 
779 aa  84  0.000000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.954025  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3807  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.51 
 
 
593 aa  83.2  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0222239 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1915  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.19 
 
 
790 aa  82.8  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4994  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.48 
 
 
765 aa  82.4  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.00424832  normal  0.110436 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0578  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.76 
 
 
526 aa  81.6  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.385541  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1505  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  23.29 
 
 
816 aa  80.9  0.00000000000006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.869244  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2989  putative beta-N-acetylhexosaminidase  23.48 
 
 
807 aa  80.9  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1091  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.32 
 
 
515 aa  80.5  0.00000000000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1350  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.83 
 
 
775 aa  80.5  0.00000000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0201  Beta-N-acetylhexosaminidase  26.9 
 
 
481 aa  79.7  0.0000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3037  glycosyl hydrolase  21.14 
 
 
795 aa  79.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.542043  hitchhiker  0.0000668214 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1396  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.85 
 
 
913 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06345  N-acetyl-beta-hexosaminidase  25.51 
 
 
778 aa  79  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0556  glycosy hydrolase family protein  30.34 
 
 
833 aa  78.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3173  beta-N-acetylhexosaminidase, putative  30.34 
 
 
833 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0451  beta-N-acetylhexosaminidase, putative  29.21 
 
 
836 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.899024  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0143  putative beta-N-acetylhexosaminidase  30.34 
 
 
833 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1445  putative beta-N-acetylhexosaminidase  30.34 
 
 
833 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0540  glycosy hydrolase family protein  30.34 
 
 
833 aa  78.2  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152646  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2873  putative beta-N-acetylhexosaminidase  30.34 
 
 
833 aa  78.6  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0063  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.31 
 
 
779 aa  78.2  0.0000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0268197  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0725  chitinase  30.34 
 
 
856 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.540847  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1614  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.94 
 
 
634 aa  78.2  0.0000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7462  hypothetical protein  23.75 
 
 
449 aa  77.4  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.510583 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0072  beta-N-acetylhexosaminidase  23.25 
 
 
558 aa  76.6  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1614  glycosy hydrolase family protein  23.1 
 
 
1471 aa  75.9  0.000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32560  N-acetyl-beta-hexosaminidase  23.89 
 
 
525 aa  75.9  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0177898  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9002  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.14 
 
 
545 aa  75.5  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.5335  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2003  Beta-N-acetylhexosaminidase  25.16 
 
 
812 aa  75.5  0.000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00352357  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02424  beta-N-hexosaminidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G00640)  19.94 
 
 
773 aa  75.1  0.000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0398118 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3493  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.55 
 
 
683 aa  75.1  0.000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3192  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.91 
 
 
542 aa  75.1  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.106418 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2638  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.96 
 
 
613 aa  74.3  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.33846  normal  0.654187 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4327  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.1 
 
 
868 aa  73.9  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26320  N-acetyl-beta-hexosaminidase  22.59 
 
 
469 aa  73.9  0.000000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2031  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.25 
 
 
762 aa  73.9  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.250491  normal  0.492134 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03430  beta-N-hexosaminidase  21.27 
 
 
639 aa  73.6  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2949  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.05 
 
 
913 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0525073  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2880  Beta-N-acetylhexosaminidase  27.68 
 
 
827 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1293  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.53 
 
 
534 aa  73.6  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.788263  normal  0.441973 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3941  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.46 
 
 
811 aa  73.6  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2738  Beta-N-acetylhexosaminidase  27.68 
 
 
827 aa  73.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1927  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.19 
 
 
812 aa  73.2  0.00000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000016014  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0947  Beta-N-acetylhexosaminidase  25.66 
 
 
500 aa  73.2  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.376461 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2136  Glycoside hydrolase, family 20, catalytic core  23.45 
 
 
756 aa  73.2  0.00000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.386965  normal  0.21464 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3975  Beta-N-acetylhexosaminidase  21.39 
 
 
605 aa  73.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0128397  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4989  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.9 
 
 
534 aa  72.8  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.171054  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0686  glycoside hydrolase family protein  21.22 
 
 
673 aa  72.8  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.0317867 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2206  Beta-N-acetylhexosaminidase  25.2 
 
 
837 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.993622  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4251  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.4 
 
 
528 aa  72.8  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.115163  normal  0.185001 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2820  Beta-N-acetylhexosaminidase  25.2 
 
 
837 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2039  Beta-N-acetylhexosaminidase  21.59 
 
 
772 aa  72.8  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1432  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.31 
 
 
915 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2831  Beta-N-acetylhexosaminidase  25.47 
 
 
828 aa  72.8  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3399  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.91 
 
 
613 aa  72.8  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3353  beta-N-acetylhexosaminidase  23.26 
 
 
543 aa  71.6  0.00000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3427  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.19 
 
 
785 aa  71.6  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0258977 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6150  Beta-N-acetylhexosaminidase  38.2 
 
 
827 aa  71.2  0.00000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1405  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.05 
 
 
910 aa  71.2  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1005  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.75 
 
 
688 aa  70.9  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000159373 
 
 
-
 
NC_009045  PICST_32069  Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase  22.51 
 
 
614 aa  70.1  0.0000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.28283 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00650  N-acetyl-beta-hexosaminidase  22.22 
 
 
473 aa  70.1  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.735936  normal  0.194133 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3239  glycoside hydrolase family protein  21.57 
 
 
635 aa  69.7  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4556  Beta-N-acetylhexosaminidase  25.52 
 
 
688 aa  68.9  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8105  Beta-N-acetylhexosaminidase  24.66 
 
 
505 aa  68.9  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2279  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.31 
 
 
529 aa  68.6  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.962324  hitchhiker  0.00828921 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01641  beta-hexosaminidase  22.78 
 
 
736 aa  68.6  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.108006  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5877  Beta-N-acetylhexosaminidase  23.25 
 
 
546 aa  67.8  0.0000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3656  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.51 
 
 
655 aa  67.8  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.621281  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0674  Beta-N-acetylhexosaminidase  22.02 
 
 
766 aa  67.8  0.0000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2797  Beta-N-acetylhexosaminidase  19.81 
 
 
858 aa  67.8  0.0000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>