145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2341 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2341  DNA photolyase domain-containing protein  100 
 
 
214 aa  420  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.153796  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.14 
 
 
514 aa  148  7e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.19 
 
 
507 aa  145  7.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.03 
 
 
493 aa  142  4e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.21 
 
 
496 aa  134  9.999999999999999e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.21 
 
 
505 aa  127  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.03 
 
 
493 aa  127  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.24 
 
 
498 aa  120  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34.69 
 
 
503 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.45 
 
 
526 aa  117  9e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.14 
 
 
498 aa  117  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.93 
 
 
517 aa  105  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.56 
 
 
517 aa  100  2e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  38.1 
 
 
493 aa  99  4e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.3 
 
 
493 aa  94  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.26 
 
 
495 aa  91.7  7e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.67 
 
 
561 aa  77.8  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.22 
 
 
504 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  31.08 
 
 
504 aa  73.6  0.000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.97 
 
 
455 aa  71.6  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  31.97 
 
 
515 aa  70.1  0.00000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.85 
 
 
454 aa  67.8  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0691  DNA photolyase domain-containing protein  50.6 
 
 
454 aa  66.6  0.0000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.21 
 
 
454 aa  59.7  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  29.45 
 
 
478 aa  59.7  0.00000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.75 
 
 
476 aa  57.8  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.23 
 
 
474 aa  54.7  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.47 
 
 
453 aa  54.3  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 
487 aa  54.3  0.000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.97 
 
 
484 aa  53.5  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.06 
 
 
491 aa  53.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.07 
 
 
473 aa  53.5  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.77 
 
 
471 aa  53.1  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.65 
 
 
470 aa  53.5  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.66 
 
 
473 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.66 
 
 
473 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.66 
 
 
473 aa  52.4  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.18 
 
 
434 aa  52  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.51 
 
 
477 aa  51.6  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.95 
 
 
482 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.5 
 
 
471 aa  51.2  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.91 
 
 
450 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.97 
 
 
434 aa  51.2  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.1 
 
 
470 aa  50.4  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.1 
 
 
481 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.66 
 
 
473 aa  50.1  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.8 
 
 
482 aa  50.1  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.11 
 
 
518 aa  49.7  0.00004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.7 
 
 
483 aa  48.9  0.00005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0152  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.03 
 
 
445 aa  48.9  0.00006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.05 
 
 
421 aa  48.9  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.58 
 
 
475 aa  48.9  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.63 
 
 
435 aa  48.9  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.83 
 
 
477 aa  48.5  0.00007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.11 
 
 
518 aa  48.5  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.01 
 
 
471 aa  48.5  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.34 
 
 
434 aa  48.1  0.00009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.33 
 
 
479 aa  48.1  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1548  DNA photolyase FAD-binding subunit  25.29 
 
 
448 aa  47.8  0.0001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  0.384798 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.7 
 
 
471 aa  48.1  0.0001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.91 
 
 
438 aa  47.8  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.16 
 
 
468 aa  47.8  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.72 
 
 
431 aa  47.4  0.0002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.62 
 
 
487 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.96 
 
 
483 aa  47.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.61 
 
 
493 aa  47.4  0.0002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6186  cryptochrome, DASH family  30.56 
 
 
487 aa  47  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.83 
 
 
473 aa  47  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  25.93 
 
 
488 aa  46.2  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  27.13 
 
 
433 aa  46.6  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5903  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.71 
 
 
436 aa  46.2  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.08 
 
 
477 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.06 
 
 
476 aa  46.2  0.0004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  40 
 
 
470 aa  46.2  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.2 
 
 
479 aa  45.8  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.78 
 
 
488 aa  45.8  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.82 
 
 
469 aa  45.8  0.0005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
409 aa  45.8  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.48 
 
 
526 aa  45.4  0.0006  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  38.03 
 
 
473 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.03 
 
 
472 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.03 
 
 
472 aa  45.1  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.03 
 
 
472 aa  45.1  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  38.03 
 
 
456 aa  45.1  0.0009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.03 
 
 
472 aa  45.1  0.0009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.03 
 
 
472 aa  45.1  0.0009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.65 
 
 
451 aa  45.1  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.75 
 
 
481 aa  44.7  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.25 
 
 
487 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.58 
 
 
479 aa  44.7  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.8 
 
 
453 aa  44.3  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.7 
 
 
493 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.56 
 
 
450 aa  44.3  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.33 
 
 
483 aa  44.3  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.2 
 
 
462 aa  44.7  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.81 
 
 
476 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.96 
 
 
457 aa  44.3  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.65 
 
 
486 aa  44.3  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0534  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.84 
 
 
419 aa  43.9  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0776453  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.15 
 
 
498 aa  44.3  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>