More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_3030 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
451 aa  900    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.65 
 
 
450 aa  429  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.38 
 
 
454 aa  428  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.89 
 
 
450 aa  402  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.56 
 
 
421 aa  397  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.12 
 
 
459 aa  395  1e-108  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.3 
 
 
457 aa  390  1e-107  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.23 
 
 
449 aa  382  1e-105  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.22 
 
 
445 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.22 
 
 
445 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.78 
 
 
453 aa  380  1e-104  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.22 
 
 
445 aa  380  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 
434 aa  376  1e-103  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.45 
 
 
442 aa  372  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.49 
 
 
409 aa  333  3e-90  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.9 
 
 
456 aa  308  9e-83  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
479 aa  303  5.000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.81 
 
 
468 aa  300  4e-80  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.53 
 
 
487 aa  299  6e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.93 
 
 
482 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.51 
 
 
463 aa  295  1e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.59 
 
 
483 aa  290  4e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.58 
 
 
497 aa  289  7e-77  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.02 
 
 
499 aa  288  1e-76  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.28 
 
 
491 aa  281  1e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.18 
 
 
476 aa  280  3e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.39 
 
 
476 aa  279  7e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.74 
 
 
477 aa  279  8e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.39 
 
 
476 aa  279  9e-74  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 
501 aa  278  1e-73  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.39 
 
 
476 aa  278  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.72 
 
 
470 aa  278  2e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.1 
 
 
476 aa  277  3e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.24 
 
 
469 aa  276  4e-73  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.02 
 
 
469 aa  276  5e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.1 
 
 
476 aa  276  6e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.67 
 
 
475 aa  276  7e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  36.15 
 
 
514 aa  275  9e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.89 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  40.47 
 
 
472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  36.11 
 
 
471 aa  274  2.0000000000000002e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.86 
 
 
466 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 
483 aa  273  3e-72  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.11 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.32 
 
 
473 aa  271  2e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2244  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.1 
 
 
433 aa  271  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.590626 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.68 
 
 
471 aa  271  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.95 
 
 
519 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.57 
 
 
487 aa  268  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  38.69 
 
 
483 aa  268  2e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.33 
 
 
484 aa  267  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.52 
 
 
519 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.52 
 
 
519 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.54 
 
 
478 aa  267  4e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  37.1 
 
 
469 aa  266  5.999999999999999e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  38.88 
 
 
468 aa  265  1e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.87 
 
 
518 aa  264  2e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.79 
 
 
475 aa  263  3e-69  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.41 
 
 
431 aa  263  4.999999999999999e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.63 
 
 
435 aa  261  2e-68  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.63 
 
 
476 aa  261  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.88 
 
 
486 aa  259  6e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.53 
 
 
486 aa  259  9e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  32.99 
 
 
486 aa  258  1e-67  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.76 
 
 
470 aa  258  1e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.45 
 
 
463 aa  257  2e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
500 aa  258  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.17 
 
 
471 aa  257  3e-67  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.2 
 
 
525 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.76 
 
 
474 aa  257  4e-67  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.46 
 
 
478 aa  256  5e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.62 
 
 
480 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.62 
 
 
475 aa  256  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.48 
 
 
471 aa  256  7e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
476 aa  255  9e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  32.53 
 
 
434 aa  254  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.53 
 
 
475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.85 
 
 
462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.22 
 
 
474 aa  254  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  37 
 
 
481 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.09 
 
 
500 aa  253  6e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.31 
 
 
476 aa  252  1e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.84 
 
 
481 aa  251  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.59 
 
 
484 aa  251  2e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.63 
 
 
490 aa  251  2e-65  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.64 
 
 
497 aa  251  3e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.32 
 
 
511 aa  250  3e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.84 
 
 
505 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.61 
 
 
474 aa  250  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.24 
 
 
481 aa  250  4e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.64 
 
 
481 aa  250  4e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.92 
 
 
492 aa  249  6e-65  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.79 
 
 
487 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.95 
 
 
477 aa  249  8e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.91 
 
 
471 aa  249  8e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.37 
 
 
483 aa  249  8e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.06 
 
 
467 aa  249  9e-65  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.42 
 
 
472 aa  249  9e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.21 
 
 
476 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.36 
 
 
478 aa  248  1e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>