More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2217 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  84.97 
 
 		 519 aa  769    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  86.34 
 
 		 518 aa  787    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  84.77 
 
 		 519 aa  792    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  96.6 
 
 		 500 aa  867    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 		 525 aa  1043    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  84.77 
 
 		 519 aa  792    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.88 
 
 		 505 aa  558  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.75 
 
 		 486 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.75 
 
 		 486 aa  528  1e-149  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.96 
 
 		 486 aa  531  1e-149  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.29 
 
 		 497 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.29 
 
 		 534 aa  527  1e-148  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.34 
 
 		 486 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.34 
 
 		 486 aa  524  1e-147  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  64.68 
 
 		 486 aa  514  1e-144  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.4 
 
 		 486 aa  499  1e-140  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.44 
 
 		 499 aa  486  1e-136  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.53 
 
 		 463 aa  483  1e-135  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.49 
 
 		 487 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.28 
 
 		 481 aa  476  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.79 
 
 		 483 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.48 
 
 		 475 aa  463  1e-129  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.87 
 
 		 478 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.34 
 
 		 483 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.56 
 
 		 482 aa  456  1e-127  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  50.1 
 
 		 474 aa  458  1e-127  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  48.76 
 
 		 471 aa  454  1.0000000000000001e-126  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  48.55 
 
 		 471 aa  452  1.0000000000000001e-126  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.1 
 
 		 487 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.05 
 
 		 483 aa  455  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.81 
 
 		 478 aa  442  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.55 
 
 		 500 aa  444  1e-123  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.41 
 
 		 474 aa  439  9.999999999999999e-123  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.07 
 
 		 501 aa  438  1e-121  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.41 
 
 		 475 aa  433  1e-120  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.58 
 
 		 483 aa  426  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  47.12 
 
 		 483 aa  425  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.37 
 
 		 473 aa  424  1e-117  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.67 
 
 		 484 aa  418  9.999999999999999e-116  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.03 
 
 		 469 aa  415  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.71 
 
 		 479 aa  417  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.7 
 
 		 452 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.17 
 
 		 476 aa  409  1e-113  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.17 
 
 		 476 aa  409  1e-113  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.96 
 
 		 476 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.17 
 
 		 476 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.23 
 
 		 469 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.29 
 
 		 476 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.76 
 
 		 476 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.75 
 
 		 476 aa  404  1e-111  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.04 
 
 		 477 aa  402  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.5 
 
 		 476 aa  401  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.21 
 
 		 476 aa  400  9.999999999999999e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.39 
 
 		 490 aa  398  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50 
 
 		 471 aa  390  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  47.39 
 
 		 472 aa  387  1e-106  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.49 
 
 		 483 aa  385  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.96 
 
 		 471 aa  385  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.91 
 
 		 486 aa  374  1e-102  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.57 
 
 		 477 aa  367  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.79 
 
 		 454 aa  356  5e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.47 
 
 		 479 aa  351  2e-95  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.83 
 
 		 487 aa  348  1e-94  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.74 
 
 		 486 aa  346  7e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.12 
 
 		 471 aa  343  4e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.6 
 
 		 471 aa  332  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.09 
 
 		 491 aa  330  3e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.9 
 
 		 476 aa  330  4e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.2 
 
 		 474 aa  324  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.61 
 
 		 470 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.25 
 
 		 468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.08 
 
 		 470 aa  313  5.999999999999999e-84  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.76 
 
 		 511 aa  312  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.11 
 
 		 481 aa  309  9e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.2 
 
 		 481 aa  308  2.0000000000000002e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.24 
 
 		 475 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.98 
 
 		 486 aa  303  4.0000000000000003e-81  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.27 
 
 		 480 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  41.26 
 
 		 468 aa  301  1e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.6 
 
 		 482 aa  300  5e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  38.86 
 
 		 514 aa  298  1e-79  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.95 
 
 		 480 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.91 
 
 		 525 aa  296  6e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.32 
 
 		 513 aa  295  1e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.78 
 
 		 477 aa  295  2e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.35 
 
 		 482 aa  295  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.03 
 
 		 488 aa  294  2e-78  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.7 
 
 		 488 aa  293  6e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.8 
 
 		 470 aa  292  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.64 
 
 		 477 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.55 
 
 		 488 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.64 
 
 		 499 aa  291  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.81 
 
 		 477 aa  291  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.81 
 
 		 479 aa  290  5.0000000000000004e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.42 
 
 		 497 aa  288  1e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.88 
 
 		 472 aa  288  2e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.15 
 
 		 484 aa  288  2e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.71 
 
 		 475 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.12 
 
 		 474 aa  287  2.9999999999999996e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.83 
 
 		 462 aa  287  2.9999999999999996e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>