More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_3589 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
483 aa  962    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  76.25 
 
 
487 aa  719    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  75.1 
 
 
487 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  67.3 
 
 
481 aa  639    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  70.46 
 
 
483 aa  625  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.13 
 
 
478 aa  503  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.65 
 
 
486 aa  477  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.39 
 
 
500 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.17 
 
 
474 aa  456  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.5 
 
 
475 aa  452  1.0000000000000001e-126  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  52 
 
 
483 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.25 
 
 
475 aa  445  1.0000000000000001e-124  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56 
 
 
478 aa  446  1.0000000000000001e-124  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.1 
 
 
505 aa  444  1e-123  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  48.1 
 
 
471 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  47.69 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  54.26 
 
 
518 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.48 
 
 
482 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.94 
 
 
519 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.94 
 
 
519 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.37 
 
 
519 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.1 
 
 
486 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.9 
 
 
486 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.79 
 
 
499 aa  432  1e-119  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.9 
 
 
486 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.49 
 
 
486 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.49 
 
 
486 aa  426  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.62 
 
 
486 aa  426  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  47.02 
 
 
474 aa  427  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.72 
 
 
471 aa  423  1e-117  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.85 
 
 
497 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.85 
 
 
534 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.1 
 
 
500 aa  425  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.93 
 
 
525 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.15 
 
 
483 aa  425  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.68 
 
 
463 aa  421  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.02 
 
 
477 aa  416  9.999999999999999e-116  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.45 
 
 
473 aa  404  1e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.59 
 
 
452 aa  400  9.999999999999999e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.14 
 
 
476 aa  399  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.72 
 
 
476 aa  395  1e-109  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.58 
 
 
476 aa  393  1e-108  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.96 
 
 
476 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.96 
 
 
476 aa  389  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.06 
 
 
483 aa  390  1e-107  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.48 
 
 
501 aa  390  1e-107  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.96 
 
 
476 aa  390  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.54 
 
 
469 aa  385  1e-106  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.04 
 
 
484 aa  387  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50 
 
 
479 aa  388  1e-106  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.75 
 
 
476 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.67 
 
 
469 aa  384  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.88 
 
 
490 aa  379  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.43 
 
 
454 aa  379  1e-104  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.16 
 
 
477 aa  372  1e-102  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.88 
 
 
476 aa  372  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  48.11 
 
 
472 aa  369  1e-101  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.88 
 
 
486 aa  367  1e-100  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.72 
 
 
476 aa  358  8e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.21 
 
 
483 aa  357  1.9999999999999998e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.46 
 
 
471 aa  357  2.9999999999999997e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.18 
 
 
486 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.89 
 
 
471 aa  353  5e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.05 
 
 
471 aa  341  1e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.68 
 
 
470 aa  336  5e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.16 
 
 
468 aa  332  8e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.95 
 
 
479 aa  322  9.999999999999999e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.88 
 
 
487 aa  320  3e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.87 
 
 
474 aa  317  3e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.45 
 
 
493 aa  315  8e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.37 
 
 
457 aa  312  7.999999999999999e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.52 
 
 
491 aa  311  1e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.67 
 
 
488 aa  303  3.0000000000000004e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.47 
 
 
488 aa  303  4.0000000000000003e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.83 
 
 
476 aa  300  6e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.63 
 
 
511 aa  299  9e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.64 
 
 
477 aa  297  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.34 
 
 
486 aa  295  1e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.85 
 
 
481 aa  290  3e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.29 
 
 
479 aa  290  4e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.34 
 
 
493 aa  290  6e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  39.1 
 
 
468 aa  289  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.92 
 
 
470 aa  287  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.07 
 
 
525 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.33 
 
 
490 aa  284  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.41 
 
 
497 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.99 
 
 
470 aa  282  1e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.95 
 
 
463 aa  281  1e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.43 
 
 
488 aa  281  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.18 
 
 
504 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.24 
 
 
482 aa  278  2e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.62 
 
 
476 aa  278  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.53 
 
 
480 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.71 
 
 
477 aa  277  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.09 
 
 
475 aa  276  4e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.29 
 
 
492 aa  276  4e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.6 
 
 
492 aa  276  6e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.76 
 
 
499 aa  276  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.18 
 
 
513 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.65 
 
 
497 aa  276  7e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>