More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0998 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
457 aa  913    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56 
 
 
454 aa  460  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.57 
 
 
474 aa  380  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.53 
 
 
487 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.65 
 
 
478 aa  355  8.999999999999999e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  44.03 
 
 
483 aa  353  2.9999999999999997e-96  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.43 
 
 
483 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.51 
 
 
482 aa  349  6e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.3 
 
 
483 aa  348  8e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  41.84 
 
 
474 aa  347  2e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.6 
 
 
487 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  41.96 
 
 
471 aa  347  3e-94  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  41.75 
 
 
471 aa  345  7e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.11 
 
 
475 aa  343  4e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.58 
 
 
475 aa  342  1e-92  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.75 
 
 
478 aa  341  2e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.4 
 
 
483 aa  341  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.44 
 
 
452 aa  340  2.9999999999999998e-92  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.8 
 
 
501 aa  334  2e-90  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.83 
 
 
499 aa  333  3e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.56 
 
 
469 aa  332  6e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.28 
 
 
471 aa  332  7.000000000000001e-90  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.24 
 
 
486 aa  332  1e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.13 
 
 
477 aa  325  8.000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.18 
 
 
500 aa  323  3e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.3 
 
 
473 aa  313  2.9999999999999996e-84  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.98 
 
 
481 aa  312  6.999999999999999e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.12 
 
 
483 aa  310  2e-83  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.6 
 
 
483 aa  302  7.000000000000001e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.32 
 
 
471 aa  302  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.61 
 
 
490 aa  301  1e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.07 
 
 
486 aa  301  1e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.28 
 
 
463 aa  299  6e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.64 
 
 
476 aa  297  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.45 
 
 
476 aa  294  2e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.59 
 
 
476 aa  295  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.24 
 
 
476 aa  293  3e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.17 
 
 
476 aa  293  5e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.46 
 
 
469 aa  293  6e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.24 
 
 
476 aa  291  1e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.65 
 
 
476 aa  291  2e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.33 
 
 
477 aa  290  3e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  39.71 
 
 
472 aa  289  6e-77  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.03 
 
 
476 aa  289  6e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.53 
 
 
518 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.28 
 
 
519 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.28 
 
 
519 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.44 
 
 
519 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.92 
 
 
486 aa  281  1e-74  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.71 
 
 
486 aa  279  7e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.57 
 
 
505 aa  279  8e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.71 
 
 
486 aa  279  9e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.3 
 
 
497 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.3 
 
 
486 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.31 
 
 
479 aa  275  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.3 
 
 
486 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.3 
 
 
534 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.06 
 
 
525 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.24 
 
 
471 aa  274  3e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.3 
 
 
471 aa  272  9e-72  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.25 
 
 
500 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
484 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.06 
 
 
486 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.54 
 
 
470 aa  266  5.999999999999999e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.23 
 
 
450 aa  262  1e-68  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.63 
 
 
454 aa  255  1.0000000000000001e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.16 
 
 
479 aa  255  1.0000000000000001e-66  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.63 
 
 
459 aa  254  2.0000000000000002e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.13 
 
 
468 aa  254  3e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.95 
 
 
474 aa  253  5.000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.08 
 
 
476 aa  251  3e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.13 
 
 
453 aa  250  4e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  32.3 
 
 
486 aa  246  8e-64  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.05 
 
 
492 aa  245  9.999999999999999e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.44 
 
 
477 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.6 
 
 
476 aa  240  4e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.83 
 
 
497 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.25 
 
 
497 aa  237  3e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.49 
 
 
431 aa  236  6e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.23 
 
 
487 aa  236  8e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.29 
 
 
476 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.66 
 
 
511 aa  234  2.0000000000000002e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.59 
 
 
468 aa  233  5e-60  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.64 
 
 
449 aa  233  7.000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.82 
 
 
497 aa  232  1e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.99 
 
 
476 aa  230  3e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.34 
 
 
457 aa  230  3e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.27 
 
 
438 aa  229  6e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.35 
 
 
469 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  36.27 
 
 
468 aa  228  1e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.58 
 
 
450 aa  227  3e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.2 
 
 
487 aa  227  3e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.34 
 
 
488 aa  227  4e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.07 
 
 
487 aa  227  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.01 
 
 
421 aa  227  4e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.01 
 
 
476 aa  227  4e-58  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.2 
 
 
487 aa  226  5.0000000000000005e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.34 
 
 
475 aa  226  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.97 
 
 
434 aa  225  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.15 
 
 
505 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>