More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2364 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  67.15 
 
 
481 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
487 aa  965    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  83.13 
 
 
487 aa  815    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  76.25 
 
 
483 aa  721    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  70.36 
 
 
483 aa  627  1e-178  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.29 
 
 
486 aa  480  1e-134  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  54.43 
 
 
478 aa  481  1e-134  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.47 
 
 
500 aa  464  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.98 
 
 
474 aa  464  1e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.22 
 
 
475 aa  452  1.0000000000000001e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.39 
 
 
482 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.35 
 
 
486 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.03 
 
 
475 aa  445  1e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.15 
 
 
486 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.28 
 
 
483 aa  443  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.15 
 
 
486 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.03 
 
 
497 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.75 
 
 
486 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.03 
 
 
534 aa  438  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.75 
 
 
486 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.31 
 
 
505 aa  436  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  50.31 
 
 
483 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.16 
 
 
499 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  45.82 
 
 
471 aa  426  1e-118  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  46.25 
 
 
471 aa  427  1e-118  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.72 
 
 
518 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.03 
 
 
486 aa  427  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.65 
 
 
519 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.65 
 
 
519 aa  427  1e-118  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.65 
 
 
519 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.23 
 
 
500 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.4 
 
 
525 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.16 
 
 
478 aa  419  1e-116  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.45 
 
 
452 aa  406  1.0000000000000001e-112  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.04 
 
 
471 aa  408  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  46.5 
 
 
474 aa  406  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.33 
 
 
484 aa  404  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.01 
 
 
477 aa  404  1e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.9 
 
 
479 aa  399  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.25 
 
 
463 aa  398  1e-109  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.9 
 
 
501 aa  394  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.27 
 
 
476 aa  391  1e-107  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.29 
 
 
476 aa  390  1e-107  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.09 
 
 
469 aa  391  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.85 
 
 
476 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.53 
 
 
476 aa  387  1e-106  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.33 
 
 
476 aa  387  1e-106  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.33 
 
 
476 aa  385  1e-106  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.93 
 
 
483 aa  387  1e-106  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.25 
 
 
473 aa  382  1e-105  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.12 
 
 
476 aa  384  1e-105  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.58 
 
 
469 aa  382  1e-105  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.66 
 
 
483 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.81 
 
 
490 aa  374  1e-102  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  39.46 
 
 
486 aa  373  1e-102  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  46.89 
 
 
472 aa  366  1e-100  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.4 
 
 
471 aa  368  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.33 
 
 
477 aa  363  3e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.82 
 
 
454 aa  363  4e-99  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.35 
 
 
476 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.01 
 
 
476 aa  354  2e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.9 
 
 
486 aa  347  3e-94  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.98 
 
 
471 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.78 
 
 
471 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.72 
 
 
470 aa  331  2e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.26 
 
 
457 aa  319  6e-86  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.15 
 
 
474 aa  318  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.49 
 
 
487 aa  317  2e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.24 
 
 
479 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.6 
 
 
491 aa  303  7.000000000000001e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.71 
 
 
468 aa  301  1e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.77 
 
 
493 aa  298  1e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.99 
 
 
470 aa  290  6e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.53 
 
 
481 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.71 
 
 
486 aa  286  4e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.37 
 
 
513 aa  286  7e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.49 
 
 
477 aa  286  8e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.52 
 
 
488 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.7 
 
 
488 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.35 
 
 
471 aa  283  6.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.82 
 
 
476 aa  282  8.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  40.04 
 
 
468 aa  282  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.05 
 
 
492 aa  280  5e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
463 aa  280  5e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.34 
 
 
511 aa  279  8e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.85 
 
 
525 aa  278  1e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.98 
 
 
476 aa  278  2e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.21 
 
 
480 aa  277  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.34 
 
 
475 aa  277  4e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.03 
 
 
479 aa  276  6e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.75 
 
 
481 aa  276  7e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.29 
 
 
487 aa  275  1.0000000000000001e-72  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  33.94 
 
 
478 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.29 
 
 
487 aa  275  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.96 
 
 
480 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.7 
 
 
487 aa  274  2.0000000000000002e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.43 
 
 
490 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.15 
 
 
457 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.79 
 
 
488 aa  274  3e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.77 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>