More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1441 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 		 474 aa  967    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.2 
 
 		 476 aa  545  1e-154  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.28 
 
 		 468 aa  541  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.93 
 
 		 471 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.72 
 
 		 471 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.71 
 
 		 470 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.93 
 
 		 483 aa  375  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.62 
 
 		 482 aa  368  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  42.98 
 
 		 471 aa  363  4e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  42.98 
 
 		 471 aa  361  2e-98  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  44.17 
 
 		 483 aa  356  3.9999999999999996e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  45.11 
 
 		 472 aa  355  7.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.43 
 
 		 478 aa  352  7e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.35 
 
 		 471 aa  348  2e-94  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.62 
 
 		 479 aa  342  1e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.53 
 
 		 483 aa  341  2e-92  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.75 
 
 		 469 aa  338  9.999999999999999e-92  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.18 
 
 		 473 aa  336  3.9999999999999995e-91  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.86 
 
 		 475 aa  333  6e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 		 477 aa  328  2.0000000000000001e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.67 
 
 		 501 aa  325  9e-88  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.4 
 
 		 505 aa  325  1e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.56 
 
 		 487 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.06 
 
 		 499 aa  323  3e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.92 
 
 		 481 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.13 
 
 		 478 aa  323  5e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.62 
 
 		 519 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.4 
 
 		 519 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.4 
 
 		 519 aa  319  7e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.15 
 
 		 476 aa  318  2e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.42 
 
 		 476 aa  317  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.03 
 
 		 487 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.49 
 
 		 452 aa  317  3e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.3 
 
 		 474 aa  317  3e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.73 
 
 		 518 aa  317  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.04 
 
 		 486 aa  316  5e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.36 
 
 		 476 aa  316  5e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.49 
 
 		 486 aa  315  8e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.38 
 
 		 475 aa  315  8e-85  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.52 
 
 		 476 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.52 
 
 		 476 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.52 
 
 		 476 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.58 
 
 		 476 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.61 
 
 		 469 aa  313  3.9999999999999997e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.87 
 
 		 483 aa  312  7.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.94 
 
 		 476 aa  310  4e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  39.37 
 
 		 474 aa  310  4e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.74 
 
 		 463 aa  307  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.97 
 
 		 476 aa  305  1.0000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.02 
 
 		 500 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 		 490 aa  301  1e-80  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.19 
 
 		 484 aa  301  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.92 
 
 		 483 aa  297  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.2 
 
 		 479 aa  295  1e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.45 
 
 		 483 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.52 
 
 		 471 aa  293  6e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.86 
 
 		 525 aa  293  6e-78  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.17 
 
 		 486 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.96 
 
 		 486 aa  289  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.75 
 
 		 497 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.75 
 
 		 486 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.75 
 
 		 486 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.75 
 
 		 486 aa  286  5e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.75 
 
 		 534 aa  286  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.17 
 
 		 500 aa  282  8.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.51 
 
 		 477 aa  279  8e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.71 
 
 		 486 aa  279  9e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.14 
 
 		 487 aa  278  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  33.54 
 
 		 486 aa  276  4e-73  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.02 
 
 		 468 aa  276  7e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.2 
 
 		 491 aa  268  2e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  34.04 
 
 		 514 aa  267  2e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.29 
 
 		 431 aa  267  2.9999999999999995e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  38 
 
 		 472 aa  260  3e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  38 
 
 		 473 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  38 
 
 		 472 aa  260  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  38 
 
 		 472 aa  259  7e-68  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.32 
 
 		 486 aa  259  8e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  34.56 
 
 		 478 aa  259  9e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.52 
 
 		 470 aa  256  5e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.16 
 
 		 472 aa  255  9e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.16 
 
 		 472 aa  255  9e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.14 
 
 		 472 aa  255  1.0000000000000001e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  36.95 
 
 		 468 aa  255  1.0000000000000001e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.27 
 
 		 474 aa  253  4.0000000000000004e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.12 
 
 		 481 aa  253  5.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.64 
 
 		 475 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  34.17 
 
 		 477 aa  252  9.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.85 
 
 		 476 aa  252  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.88 
 
 		 481 aa  252  1e-65  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.01 
 
 		 480 aa  251  2e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.05 
 
 		 482 aa  251  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.1 
 
 		 478 aa  250  3e-65  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  39.34 
 
 		 456 aa  250  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.59 
 
 		 442 aa  251  3e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.7 
 
 		 454 aa  249  8e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.12 
 
 		 488 aa  247  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.08 
 
 		 475 aa  247  3e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.16 
 
 		 473 aa  246  4.9999999999999997e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.95 
 
 		 473 aa  246  6.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>