More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0513 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
475 aa  949    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.07 
 
 
482 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.58 
 
 
483 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  52.02 
 
 
471 aa  504  1e-141  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  52.02 
 
 
471 aa  503  1e-141  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  54.55 
 
 
483 aa  480  1e-134  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.94 
 
 
487 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.24 
 
 
481 aa  478  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.94 
 
 
478 aa  472  1e-132  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.2 
 
 
483 aa  473  1e-132  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  49.58 
 
 
474 aa  474  1e-132  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.12 
 
 
499 aa  466  9.999999999999999e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.55 
 
 
473 aa  465  9.999999999999999e-131  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.35 
 
 
486 aa  464  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.22 
 
 
487 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.72 
 
 
469 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.11 
 
 
505 aa  449  1e-125  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.77 
 
 
471 aa  448  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.28 
 
 
477 aa  449  1e-125  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.18 
 
 
500 aa  449  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.67 
 
 
483 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.46 
 
 
478 aa  442  1e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.43 
 
 
518 aa  442  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.4 
 
 
501 aa  439  9.999999999999999e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.13 
 
 
519 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.13 
 
 
519 aa  436  1e-121  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.13 
 
 
484 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.86 
 
 
500 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.27 
 
 
525 aa  432  1e-120  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.62 
 
 
474 aa  434  1e-120  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.13 
 
 
519 aa  429  1e-119  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  52.39 
 
 
472 aa  430  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.42 
 
 
479 aa  429  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.76 
 
 
483 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.96 
 
 
475 aa  427  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.58 
 
 
476 aa  422  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.43 
 
 
476 aa  422  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.43 
 
 
476 aa  423  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.16 
 
 
476 aa  424  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.16 
 
 
476 aa  423  1e-117  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.43 
 
 
476 aa  421  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.49 
 
 
469 aa  420  1e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.91 
 
 
483 aa  418  1e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.22 
 
 
476 aa  419  1e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.93 
 
 
452 aa  421  1e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.93 
 
 
476 aa  418  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.37 
 
 
471 aa  411  1e-113  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.16 
 
 
476 aa  409  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.77 
 
 
463 aa  409  1e-113  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.23 
 
 
490 aa  406  1.0000000000000001e-112  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.55 
 
 
486 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.35 
 
 
486 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.35 
 
 
486 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.93 
 
 
497 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.93 
 
 
534 aa  395  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.93 
 
 
486 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.93 
 
 
486 aa  396  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  39.67 
 
 
486 aa  390  1e-107  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.27 
 
 
486 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.43 
 
 
477 aa  384  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.64 
 
 
454 aa  382  1e-105  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.59 
 
 
476 aa  372  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.11 
 
 
486 aa  369  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.22 
 
 
471 aa  368  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.64 
 
 
470 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.67 
 
 
479 aa  362  6e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.51 
 
 
468 aa  361  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.77 
 
 
487 aa  361  2e-98  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.22 
 
 
471 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.35 
 
 
491 aa  353  4e-96  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.21 
 
 
486 aa  346  5e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.47 
 
 
474 aa  344  2e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 
475 aa  334  2e-90  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.08 
 
 
481 aa  325  8.000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.74 
 
 
481 aa  323  3e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.58 
 
 
457 aa  323  4e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.37 
 
 
493 aa  321  9.999999999999999e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.58 
 
 
484 aa  319  6e-86  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  37.74 
 
 
514 aa  318  9e-86  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.25 
 
 
468 aa  314  1.9999999999999998e-84  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.63 
 
 
470 aa  311  2e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.17 
 
 
477 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
504 aa  310  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.62 
 
 
484 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.88 
 
 
463 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.42 
 
 
450 aa  308  2.0000000000000002e-82  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
475 aa  308  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.47 
 
 
481 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.04 
 
 
450 aa  308  2.0000000000000002e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.79 
 
 
472 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.53 
 
 
480 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.83 
 
 
511 aa  305  8.000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  39.59 
 
 
473 aa  305  9.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.27 
 
 
480 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.75 
 
 
472 aa  305  9.000000000000001e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.81 
 
 
475 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.59 
 
 
472 aa  305  1.0000000000000001e-81  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.95 
 
 
434 aa  305  1.0000000000000001e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.91 
 
 
466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.36 
 
 
467 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>