More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_3446 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
491 aa  987    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  81.02 
 
 
487 aa  806    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.55 
 
 
479 aa  523  1e-147  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.82 
 
 
486 aa  469  1.0000000000000001e-131  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.72 
 
 
481 aa  381  1e-104  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.48 
 
 
511 aa  375  1e-102  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.69 
 
 
484 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.74 
 
 
470 aa  369  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.68 
 
 
470 aa  368  1e-100  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.8 
 
 
475 aa  359  6e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.53 
 
 
488 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.09 
 
 
499 aa  356  5.999999999999999e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.27 
 
 
488 aa  355  1e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
492 aa  355  1e-96  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.28 
 
 
499 aa  353  4e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.91 
 
 
493 aa  352  7e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.91 
 
 
474 aa  351  2e-95  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.11 
 
 
493 aa  351  2e-95  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.28 
 
 
497 aa  350  3e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.44 
 
 
490 aa  350  4e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.67 
 
 
504 aa  349  6e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.49 
 
 
475 aa  345  1e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.13 
 
 
476 aa  343  2.9999999999999997e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.63 
 
 
481 aa  343  5e-93  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.04 
 
 
468 aa  342  7e-93  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.69 
 
 
477 aa  342  7e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  39.16 
 
 
471 aa  340  5e-92  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.1 
 
 
481 aa  339  5.9999999999999996e-92  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.31 
 
 
473 aa  339  5.9999999999999996e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  38.96 
 
 
471 aa  338  9.999999999999999e-92  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  39.51 
 
 
514 aa  338  9.999999999999999e-92  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.15 
 
 
492 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.97 
 
 
462 aa  338  9.999999999999999e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.6 
 
 
466 aa  337  2.9999999999999997e-91  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.44 
 
 
483 aa  336  5e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.18 
 
 
479 aa  335  2e-90  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.4 
 
 
482 aa  332  1e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  37.88 
 
 
474 aa  331  2e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.99 
 
 
454 aa  331  2e-89  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  39.76 
 
 
483 aa  331  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.64 
 
 
479 aa  330  3e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.65 
 
 
519 aa  329  8e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.65 
 
 
519 aa  329  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.71 
 
 
518 aa  328  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.86 
 
 
519 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.4 
 
 
484 aa  327  4.0000000000000003e-88  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.76 
 
 
463 aa  327  4.0000000000000003e-88  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.15 
 
 
483 aa  326  5e-88  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.55 
 
 
475 aa  326  6e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.26 
 
 
438 aa  325  1e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.86 
 
 
431 aa  325  1e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.2 
 
 
525 aa  325  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.76 
 
 
513 aa  323  6e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.44 
 
 
505 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  40.16 
 
 
469 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.2 
 
 
480 aa  321  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.09 
 
 
478 aa  318  9e-86  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.52 
 
 
483 aa  319  9e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.53 
 
 
481 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
434 aa  317  2e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.27 
 
 
477 aa  317  2e-85  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.58 
 
 
476 aa  317  3e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.96 
 
 
487 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  37.11 
 
 
434 aa  317  3e-85  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.77 
 
 
478 aa  316  5e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.03 
 
 
469 aa  316  5e-85  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.84 
 
 
477 aa  316  6e-85  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.97 
 
 
479 aa  316  7e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.05 
 
 
450 aa  315  9e-85  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  38.78 
 
 
473 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.16 
 
 
476 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.78 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.95 
 
 
476 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.36 
 
 
500 aa  315  9.999999999999999e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.41 
 
 
472 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.41 
 
 
472 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.16 
 
 
469 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.75 
 
 
525 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.78 
 
 
472 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.85 
 
 
477 aa  314  2.9999999999999996e-84  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.41 
 
 
472 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.57 
 
 
472 aa  313  4.999999999999999e-84  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.16 
 
 
476 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.57 
 
 
515 aa  313  5.999999999999999e-84  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.95 
 
 
476 aa  312  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.88 
 
 
476 aa  312  7.999999999999999e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.44 
 
 
499 aa  311  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  33.2 
 
 
486 aa  310  2.9999999999999997e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.63 
 
 
442 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.88 
 
 
518 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.15 
 
 
478 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
518 aa  310  4e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.96 
 
 
480 aa  310  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.08 
 
 
501 aa  309  5.9999999999999995e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.95 
 
 
482 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.68 
 
 
471 aa  309  6.999999999999999e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.6 
 
 
487 aa  309  8e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.45 
 
 
490 aa  309  8e-83  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.6 
 
 
475 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.02 
 
 
434 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>