More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECD_00668 on replicon CP001509
Organism: Escherichia coli BL21(DE3)



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  100 
 
 
473 aa  988    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  97.03 
 
 
472 aa  958    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  99.36 
 
 
472 aa  979    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  100 
 
 
456 aa  956    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  74.68 
 
 
470 aa  753    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  97.03 
 
 
472 aa  958    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  78.86 
 
 
473 aa  795    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.07 
 
 
473 aa  799    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  78.86 
 
 
473 aa  796    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  99.36 
 
 
472 aa  982    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.28 
 
 
473 aa  800    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
472 aa  985    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  96.39 
 
 
472 aa  957    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.7 
 
 
473 aa  805    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  95.13 
 
 
472 aa  942    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.73 
 
 
492 aa  604  9.999999999999999e-173  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.57 
 
 
497 aa  599  1e-170  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.64 
 
 
476 aa  598  1e-170  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  60.17 
 
 
487 aa  595  1e-169  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  60.38 
 
 
487 aa  597  1e-169  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  62.32 
 
 
476 aa  592  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  59.96 
 
 
487 aa  593  1e-168  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  59.96 
 
 
477 aa  569  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.8 
 
 
471 aa  451  1e-125  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  49.58 
 
 
469 aa  446  1.0000000000000001e-124  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.26 
 
 
471 aa  441  9.999999999999999e-123  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.13 
 
 
478 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  45.26 
 
 
479 aa  405  1.0000000000000001e-112  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.01 
 
 
482 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.01 
 
 
482 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.11 
 
 
469 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.47 
 
 
475 aa  405  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.07 
 
 
453 aa  405  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.98 
 
 
477 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.42 
 
 
481 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.84 
 
 
477 aa  397  1e-109  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.67 
 
 
480 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.07 
 
 
463 aa  396  1e-109  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.26 
 
 
488 aa  395  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.91 
 
 
505 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.67 
 
 
493 aa  393  1e-108  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.27 
 
 
493 aa  393  1e-108  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.25 
 
 
512 aa  390  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.38 
 
 
499 aa  391  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.46 
 
 
493 aa  392  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.89 
 
 
475 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.22 
 
 
475 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.58 
 
 
500 aa  388  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.26 
 
 
499 aa  387  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.95 
 
 
477 aa  385  1e-106  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.09 
 
 
493 aa  386  1e-106  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.13 
 
 
480 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  43.79 
 
 
468 aa  382  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.32 
 
 
473 aa  382  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.29 
 
 
497 aa  379  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.8 
 
 
470 aa  377  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.85 
 
 
541 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.08 
 
 
470 aa  368  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.32 
 
 
481 aa  364  2e-99  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.81 
 
 
541 aa  361  1e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.34 
 
 
550 aa  358  9e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.27 
 
 
479 aa  354  2e-96  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  39.39 
 
 
567 aa  338  1.9999999999999998e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.22 
 
 
470 aa  332  1e-89  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.7 
 
 
487 aa  330  4e-89  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.71 
 
 
499 aa  329  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.92 
 
 
484 aa  326  7e-88  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.08 
 
 
492 aa  324  2e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.13 
 
 
497 aa  321  1.9999999999999998e-86  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.28 
 
 
499 aa  319  7e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.29 
 
 
481 aa  319  7.999999999999999e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.08 
 
 
490 aa  318  1e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.36 
 
 
493 aa  318  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.95 
 
 
477 aa  316  6e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.54 
 
 
511 aa  316  7e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.73 
 
 
504 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.04 
 
 
513 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  39.34 
 
 
471 aa  312  1e-83  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  39.13 
 
 
471 aa  310  2.9999999999999997e-83  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.57 
 
 
492 aa  306  8.000000000000001e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.78 
 
 
491 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.26 
 
 
475 aa  303  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
518 aa  303  5.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.34 
 
 
518 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40 
 
 
493 aa  301  1e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.84 
 
 
488 aa  301  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.78 
 
 
488 aa  301  2e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.76 
 
 
470 aa  300  4e-80  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.61 
 
 
477 aa  299  9e-80  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.53 
 
 
475 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
481 aa  298  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.29 
 
 
484 aa  297  3e-79  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.92 
 
 
499 aa  297  3e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.08 
 
 
454 aa  296  4e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
481 aa  296  7e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.84 
 
 
525 aa  296  8e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.76 
 
 
475 aa  295  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.45 
 
 
479 aa  294  2e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.97 
 
 
442 aa  293  3e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.74 
 
 
476 aa  293  6e-78  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>