More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0815 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  82.55 
 
 
471 aa  774    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  82.77 
 
 
471 aa  757    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
470 aa  929    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.46 
 
 
476 aa  564  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.71 
 
 
468 aa  544  1e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.71 
 
 
474 aa  526  1e-148  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.64 
 
 
475 aa  383  1e-105  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.74 
 
 
474 aa  381  1e-104  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  44.89 
 
 
483 aa  377  1e-103  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.94 
 
 
482 aa  369  1e-101  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.09 
 
 
483 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.12 
 
 
478 aa  365  1e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.21 
 
 
487 aa  358  9e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.17 
 
 
481 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.67 
 
 
483 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  40.13 
 
 
471 aa  351  1e-95  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  40.13 
 
 
471 aa  351  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.11 
 
 
487 aa  350  4e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.86 
 
 
477 aa  349  5e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.76 
 
 
473 aa  347  3e-94  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.04 
 
 
469 aa  345  1e-93  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.54 
 
 
499 aa  343  2.9999999999999997e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.66 
 
 
475 aa  342  5.999999999999999e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.06 
 
 
519 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.06 
 
 
519 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.3 
 
 
519 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  43.28 
 
 
472 aa  333  3e-90  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.78 
 
 
483 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.66 
 
 
452 aa  330  3e-89  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.53 
 
 
518 aa  329  7e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.28 
 
 
471 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.37 
 
 
478 aa  327  3e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.74 
 
 
486 aa  326  7e-88  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.35 
 
 
483 aa  324  2e-87  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.23 
 
 
471 aa  320  3.9999999999999996e-86  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.37 
 
 
486 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.12 
 
 
500 aa  319  6e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.67 
 
 
476 aa  319  7e-86  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  37.16 
 
 
486 aa  319  7e-86  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.67 
 
 
476 aa  318  1e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.67 
 
 
476 aa  317  2e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.46 
 
 
476 aa  317  3e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.03 
 
 
476 aa  316  4e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.99 
 
 
469 aa  317  4e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.29 
 
 
476 aa  316  5e-85  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.24 
 
 
476 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.65 
 
 
479 aa  314  1.9999999999999998e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.06 
 
 
525 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  38.89 
 
 
474 aa  312  5.999999999999999e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.77 
 
 
476 aa  311  1e-83  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.3 
 
 
463 aa  311  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.71 
 
 
500 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
484 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.05 
 
 
486 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.39 
 
 
505 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.7 
 
 
501 aa  303  4.0000000000000003e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.84 
 
 
486 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.84 
 
 
486 aa  302  9e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.63 
 
 
497 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.63 
 
 
534 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.63 
 
 
486 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.63 
 
 
486 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.6 
 
 
490 aa  298  1e-79  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.7 
 
 
476 aa  295  1e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.51 
 
 
486 aa  294  2e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.34 
 
 
477 aa  285  8e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.43 
 
 
487 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.4 
 
 
454 aa  281  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.22 
 
 
491 aa  281  2e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.95 
 
 
479 aa  279  8e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.9 
 
 
470 aa  275  9e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.84 
 
 
468 aa  271  2e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.8 
 
 
486 aa  270  4e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  33.11 
 
 
477 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.12 
 
 
481 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  33.85 
 
 
478 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.62 
 
 
481 aa  256  4e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.98 
 
 
457 aa  257  4e-67  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  37.06 
 
 
514 aa  256  7e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.63 
 
 
478 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03181  putative DNA photolyase  33.63 
 
 
478 aa  253  5.000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.09 
 
 
451 aa  252  8.000000000000001e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.77 
 
 
481 aa  251  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.32 
 
 
479 aa  251  3e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.58 
 
 
475 aa  250  3e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.7 
 
 
484 aa  250  4e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.96 
 
 
474 aa  249  6e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.49 
 
 
438 aa  249  7e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  31.73 
 
 
434 aa  249  1e-64  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.37 
 
 
434 aa  248  2e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.19 
 
 
442 aa  247  3e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.99 
 
 
477 aa  246  4.9999999999999997e-64  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.79 
 
 
434 aa  243  5e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.56 
 
 
470 aa  243  6e-63  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.4 
 
 
450 aa  243  7.999999999999999e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.17 
 
 
480 aa  242  9e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.1 
 
 
477 aa  241  1e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.13 
 
 
477 aa  240  4e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.29 
 
 
475 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.7 
 
 
481 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>