More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Saro_1759 on replicon NC_007794
Organism: Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
454 aa  919    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.45 
 
 
457 aa  451  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.89 
 
 
474 aa  421  1e-116  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.98 
 
 
487 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  47.79 
 
 
483 aa  407  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.43 
 
 
483 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.39 
 
 
475 aa  401  9.999999999999999e-111  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.64 
 
 
475 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.61 
 
 
487 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.9 
 
 
478 aa  391  1e-107  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.89 
 
 
481 aa  387  1e-106  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.01 
 
 
483 aa  383  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 
463 aa  382  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.48 
 
 
478 aa  382  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.82 
 
 
482 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.57 
 
 
486 aa  381  1e-104  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  43.1 
 
 
474 aa  379  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.51 
 
 
499 aa  380  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.19 
 
 
483 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.92 
 
 
469 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  42.77 
 
 
471 aa  368  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  43.28 
 
 
471 aa  368  1e-100  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.18 
 
 
452 aa  362  7.0000000000000005e-99  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.95 
 
 
518 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.71 
 
 
471 aa  360  3e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.42 
 
 
519 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.42 
 
 
519 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47 
 
 
519 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.17 
 
 
483 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.69 
 
 
500 aa  353  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.47 
 
 
473 aa  352  8.999999999999999e-96  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.83 
 
 
505 aa  352  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.49 
 
 
477 aa  347  3e-94  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.35 
 
 
486 aa  347  4e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.35 
 
 
486 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.35 
 
 
486 aa  345  1e-93  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.52 
 
 
501 aa  344  2e-93  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.51 
 
 
500 aa  344  2e-93  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.07 
 
 
525 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.93 
 
 
534 aa  341  1e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.93 
 
 
497 aa  341  2e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.93 
 
 
486 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.93 
 
 
486 aa  340  2e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.85 
 
 
476 aa  340  4e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.08 
 
 
476 aa  339  5e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.65 
 
 
476 aa  338  8e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  44.23 
 
 
472 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.84 
 
 
469 aa  333  5e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.04 
 
 
476 aa  331  1e-89  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.04 
 
 
476 aa  330  3e-89  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.74 
 
 
490 aa  330  4e-89  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.62 
 
 
476 aa  330  5.0000000000000004e-89  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  36.46 
 
 
476 aa  329  7e-89  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.96 
 
 
476 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.53 
 
 
486 aa  325  9e-88  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.61 
 
 
471 aa  322  9.999999999999999e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.86 
 
 
477 aa  315  8e-85  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.83 
 
 
486 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.42 
 
 
479 aa  313  2.9999999999999996e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39 
 
 
483 aa  311  1e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.32 
 
 
479 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.54 
 
 
487 aa  301  2e-80  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.56 
 
 
471 aa  293  4e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.08 
 
 
484 aa  290  4e-77  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.95 
 
 
476 aa  286  4e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.74 
 
 
471 aa  285  9e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.4 
 
 
470 aa  281  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.93 
 
 
491 aa  280  3e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.54 
 
 
468 aa  278  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.59 
 
 
476 aa  278  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.47 
 
 
484 aa  275  2.0000000000000002e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  38.05 
 
 
468 aa  272  8.000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.53 
 
 
481 aa  271  2e-71  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.1 
 
 
477 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.13 
 
 
474 aa  271  2.9999999999999997e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.08 
 
 
482 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.8 
 
 
477 aa  269  8.999999999999999e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.66 
 
 
482 aa  268  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.79 
 
 
450 aa  266  7e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.65 
 
 
470 aa  265  8.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.39 
 
 
472 aa  264  2e-69  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.63 
 
 
488 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  33.68 
 
 
486 aa  263  6e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.14 
 
 
472 aa  262  8.999999999999999e-69  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.09 
 
 
486 aa  262  1e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.74 
 
 
449 aa  262  1e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  37.14 
 
 
473 aa  260  3e-68  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.14 
 
 
472 aa  260  3e-68  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.24 
 
 
476 aa  260  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.66 
 
 
475 aa  260  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.53 
 
 
472 aa  260  4e-68  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38 
 
 
472 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.04 
 
 
431 aa  259  5.0000000000000005e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  38 
 
 
472 aa  259  5.0000000000000005e-68  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.33 
 
 
477 aa  258  1e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.63 
 
 
511 aa  257  3e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.76 
 
 
472 aa  257  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.09 
 
 
434 aa  257  4e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.66 
 
 
453 aa  256  5e-67  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.25 
 
 
421 aa  256  6e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>