More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_2318 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 		 476 aa  962    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  63.52 
 
 		 468 aa  602  1.0000000000000001e-171  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.81 
 
 		 471 aa  578  1e-164  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  60.6 
 
 		 471 aa  570  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.2 
 
 		 474 aa  557  1e-157  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.46 
 
 		 470 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.78 
 
 		 469 aa  382  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.61 
 
 		 483 aa  373  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.59 
 
 		 475 aa  365  1e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.75 
 
 		 482 aa  362  9e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.08 
 
 		 478 aa  360  2e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  43.34 
 
 		 483 aa  358  9.999999999999999e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  42.04 
 
 		 471 aa  354  2e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.73 
 
 		 499 aa  354  2e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  41.83 
 
 		 471 aa  351  2e-95  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.42 
 
 		 474 aa  346  5e-94  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.61 
 
 		 471 aa  344  2e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.05 
 
 		 483 aa  343  2.9999999999999997e-93  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.03 
 
 		 475 aa  332  9e-90  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.03 
 
 		 486 aa  331  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.84 
 
 		 473 aa  330  4e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.4 
 
 		 518 aa  326  5e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.01 
 
 		 519 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.01 
 
 		 519 aa  326  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.34 
 
 		 501 aa  323  5e-87  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.98 
 
 		 479 aa  323  5e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 		 477 aa  322  6e-87  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.29 
 
 		 476 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.71 
 
 		 476 aa  321  1.9999999999999998e-86  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.56 
 
 		 486 aa  320  3e-86  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.01 
 
 		 519 aa  319  6e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.17 
 
 		 476 aa  319  7.999999999999999e-86  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.3 
 
 		 476 aa  319  7.999999999999999e-86  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.87 
 
 		 476 aa  318  1e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.05 
 
 		 452 aa  317  3e-85  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.04 
 
 		 471 aa  316  7e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.54 
 
 		 476 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  42.41 
 
 		 472 aa  313  3.9999999999999997e-84  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.35 
 
 		 500 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.66 
 
 		 476 aa  311  2e-83  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.66 
 
 		 476 aa  311  2e-83  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.51 
 
 		 484 aa  311  2e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  39.96 
 
 		 474 aa  310  2.9999999999999997e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.66 
 
 		 476 aa  310  4e-83  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.82 
 
 		 469 aa  310  4e-83  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.95 
 
 		 505 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.16 
 
 		 479 aa  305  9.000000000000001e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40 
 
 		 481 aa  304  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.24 
 
 		 463 aa  305  2.0000000000000002e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.32 
 
 		 487 aa  305  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.74 
 
 		 525 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.47 
 
 		 478 aa  303  5.000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.83 
 
 		 483 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.74 
 
 		 486 aa  300  5e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.1 
 
 		 490 aa  293  5e-78  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.42 
 
 		 486 aa  291  2e-77  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  33.54 
 
 		 486 aa  290  3e-77  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.22 
 
 		 486 aa  288  1e-76  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 		 468 aa  287  2e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.22 
 
 		 486 aa  288  2e-76  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.02 
 
 		 486 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.02 
 
 		 486 aa  286  4e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.21 
 
 		 487 aa  285  9e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.82 
 
 		 497 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.82 
 
 		 534 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.91 
 
 		 483 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.54 
 
 		 487 aa  283  7.000000000000001e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.17 
 
 		 500 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.25 
 
 		 470 aa  278  2e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.27 
 
 		 477 aa  274  3e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.85 
 
 		 483 aa  271  1e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.43 
 
 		 486 aa  271  2.9999999999999997e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  36.01 
 
 		 514 aa  270  5e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.74 
 
 		 454 aa  268  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.25 
 
 		 491 aa  266  8e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.53 
 
 		 487 aa  259  5.0000000000000005e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.53 
 
 		 487 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.33 
 
 		 487 aa  257  3e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.79 
 
 		 463 aa  257  4e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.86 
 
 		 480 aa  255  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  33.87 
 
 		 478 aa  255  1.0000000000000001e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.16 
 
 		 472 aa  254  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.16 
 
 		 472 aa  254  3e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.16 
 
 		 472 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  36.16 
 
 		 473 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.14 
 
 		 481 aa  253  8.000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.65 
 
 		 431 aa  251  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.28 
 
 		 472 aa  251  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.9 
 
 		 434 aa  251  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.74 
 
 		 476 aa  251  2e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.91 
 
 		 472 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.28 
 
 		 472 aa  251  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.42 
 
 		 475 aa  251  2e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  32.8 
 
 		 477 aa  250  4e-65  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.72 
 
 		 474 aa  250  4e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.1 
 
 		 481 aa  250  5e-65  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.91 
 
 		 488 aa  249  8e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.43 
 
 		 497 aa  249  9e-65  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.91 
 
 		 488 aa  247  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.62 
 
 		 434 aa  247  3e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>