More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0377 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
486 aa  978    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.04 
 
 
481 aa  485  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.48 
 
 
487 aa  488  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.66 
 
 
475 aa  482  1e-135  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.19 
 
 
483 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.42 
 
 
478 aa  475  1e-133  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.21 
 
 
487 aa  475  1e-133  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.77 
 
 
474 aa  478  1e-133  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.84 
 
 
482 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.73 
 
 
500 aa  472  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.47 
 
 
483 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.27 
 
 
518 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.65 
 
 
483 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.8 
 
 
505 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.04 
 
 
483 aa  464  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.56 
 
 
519 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.56 
 
 
519 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.59 
 
 
519 aa  455  1e-127  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.72 
 
 
475 aa  455  1e-127  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.4 
 
 
500 aa  457  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  50.95 
 
 
483 aa  453  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.99 
 
 
525 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  48.55 
 
 
474 aa  450  1e-125  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.07 
 
 
486 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.64 
 
 
499 aa  433  1e-120  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.4 
 
 
478 aa  432  1e-120  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.36 
 
 
484 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.66 
 
 
486 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.87 
 
 
486 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.87 
 
 
486 aa  431  1e-119  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  52.66 
 
 
486 aa  429  1e-119  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.44 
 
 
473 aa  426  1e-118  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.44 
 
 
497 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.44 
 
 
534 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.22 
 
 
463 aa  418  1e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  45.95 
 
 
471 aa  419  1e-116  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  45.95 
 
 
471 aa  418  9.999999999999999e-116  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.89 
 
 
501 aa  417  9.999999999999999e-116  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.27 
 
 
469 aa  417  9.999999999999999e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.65 
 
 
490 aa  413  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.1 
 
 
486 aa  410  1e-113  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.49 
 
 
477 aa  408  1.0000000000000001e-112  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.06 
 
 
479 aa  408  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.77 
 
 
471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.19 
 
 
483 aa  405  1e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.7 
 
 
452 aa  402  1e-111  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.94 
 
 
476 aa  400  9.999999999999999e-111  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  46.57 
 
 
472 aa  396  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.12 
 
 
476 aa  397  1e-109  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.95 
 
 
476 aa  395  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.95 
 
 
476 aa  395  1e-109  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.95 
 
 
476 aa  395  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.12 
 
 
476 aa  394  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.08 
 
 
476 aa  391  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.71 
 
 
469 aa  389  1e-107  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.66 
 
 
471 aa  385  1e-105  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.97 
 
 
476 aa  385  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.12 
 
 
476 aa  379  1e-104  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.69 
 
 
477 aa  362  7.0000000000000005e-99  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.64 
 
 
486 aa  353  2.9999999999999997e-96  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.57 
 
 
454 aa  352  8e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.39 
 
 
486 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.12 
 
 
471 aa  330  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.03 
 
 
476 aa  328  2.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.53 
 
 
479 aa  323  5e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.68 
 
 
471 aa  319  6e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.49 
 
 
474 aa  315  9e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.31 
 
 
487 aa  306  6e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.4 
 
 
468 aa  300  5e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.66 
 
 
470 aa  299  7e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.18 
 
 
457 aa  292  8e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.35 
 
 
470 aa  292  9e-78  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.37 
 
 
491 aa  291  2e-77  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.78 
 
 
477 aa  288  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.73 
 
 
486 aa  287  2e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.5 
 
 
499 aa  286  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  35.34 
 
 
514 aa  284  3.0000000000000004e-75  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.71 
 
 
499 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
468 aa  283  5.000000000000001e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.96 
 
 
488 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.36 
 
 
511 aa  280  4e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  39.63 
 
 
468 aa  279  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.76 
 
 
488 aa  278  2e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.22 
 
 
450 aa  276  9e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.65 
 
 
513 aa  273  6e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.01 
 
 
490 aa  273  7e-72  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.15 
 
 
479 aa  272  8.000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.94 
 
 
482 aa  272  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.77 
 
 
497 aa  271  2e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.68 
 
 
476 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.53 
 
 
493 aa  270  4e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.66 
 
 
525 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.36 
 
 
493 aa  269  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.77 
 
 
431 aa  269  1e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.88 
 
 
477 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.46 
 
 
481 aa  268  2e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.6 
 
 
481 aa  268  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.5 
 
 
500 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.59 
 
 
505 aa  267  4e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.96 
 
 
482 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>