More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpe_A0704 on replicon NC_008825
Organism: Methylibium petroleiphilum PM1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  72.34 
 
 
511 aa  714    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
497 aa  1008    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  69.94 
 
 
493 aa  651    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  65.24 
 
 
492 aa  631  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  63.62 
 
 
477 aa  622  1e-177  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.34 
 
 
493 aa  612  9.999999999999999e-175  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.55 
 
 
484 aa  604  1.0000000000000001e-171  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  63.38 
 
 
515 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.32 
 
 
513 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.09 
 
 
488 aa  579  1e-164  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.29 
 
 
481 aa  578  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.63 
 
 
470 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.91 
 
 
525 aa  570  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.55 
 
 
499 aa  568  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.48 
 
 
488 aa  570  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.35 
 
 
499 aa  566  1e-160  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.45 
 
 
490 aa  565  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.06 
 
 
492 aa  566  1e-160  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.43 
 
 
504 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.75 
 
 
518 aa  551  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.95 
 
 
518 aa  550  1e-155  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.04 
 
 
438 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.58 
 
 
434 aa  389  1e-107  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.29 
 
 
434 aa  384  1e-105  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.97 
 
 
442 aa  382  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  41.39 
 
 
433 aa  377  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.21 
 
 
431 aa  371  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.38 
 
 
487 aa  366  1e-100  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.21 
 
 
479 aa  366  1e-100  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.28 
 
 
491 aa  345  2e-93  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  37.97 
 
 
434 aa  339  5e-92  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.09 
 
 
486 aa  324  2e-87  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.65 
 
 
481 aa  322  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  41.13 
 
 
473 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.45 
 
 
481 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.93 
 
 
475 aa  320  3e-86  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.98 
 
 
472 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.68 
 
 
472 aa  320  5e-86  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.98 
 
 
472 aa  320  5e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.68 
 
 
472 aa  320  5e-86  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.88 
 
 
478 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.78 
 
 
472 aa  318  2e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  40.57 
 
 
469 aa  317  4e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.39 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.99 
 
 
462 aa  315  9.999999999999999e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
471 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.65 
 
 
472 aa  315  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.4 
 
 
488 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.95 
 
 
471 aa  310  5e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  40.38 
 
 
456 aa  310  5.9999999999999995e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.83 
 
 
484 aa  309  9e-83  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.42 
 
 
476 aa  307  3e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.04 
 
 
470 aa  305  1.0000000000000001e-81  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  36.81 
 
 
474 aa  302  1e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.97 
 
 
479 aa  299  8e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.01 
 
 
474 aa  298  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.07 
 
 
479 aa  298  2e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.45 
 
 
478 aa  296  5e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.55 
 
 
473 aa  294  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.68 
 
 
482 aa  293  5e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.81 
 
 
475 aa  293  5e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.37 
 
 
473 aa  292  7e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.55 
 
 
473 aa  292  8e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.2 
 
 
467 aa  292  8e-78  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.99 
 
 
475 aa  292  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.55 
 
 
473 aa  291  1e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.22 
 
 
505 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.78 
 
 
497 aa  291  2e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.59 
 
 
477 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.7 
 
 
499 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.1 
 
 
474 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.7 
 
 
499 aa  290  4e-77  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.27 
 
 
482 aa  290  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.55 
 
 
473 aa  289  7e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.77 
 
 
470 aa  289  8e-77  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  35.92 
 
 
479 aa  288  1e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.65 
 
 
493 aa  288  1e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  35.8 
 
 
471 aa  288  2e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.81 
 
 
469 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.58 
 
 
483 aa  286  7e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.43 
 
 
500 aa  286  7e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  35.87 
 
 
471 aa  286  8e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.9 
 
 
481 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.55 
 
 
463 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.77 
 
 
483 aa  283  4.0000000000000003e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.21 
 
 
484 aa  283  6.000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.35 
 
 
492 aa  283  7.000000000000001e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.68 
 
 
477 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.42 
 
 
487 aa  281  2e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.24 
 
 
452 aa  281  2e-74  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.17 
 
 
476 aa  281  3e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.2 
 
 
497 aa  280  3e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.42 
 
 
487 aa  280  3e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.71 
 
 
453 aa  280  3e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.09 
 
 
480 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.55 
 
 
478 aa  280  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.85 
 
 
479 aa  280  5e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.45 
 
 
477 aa  280  5e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  34.21 
 
 
477 aa  280  5e-74  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.35 
 
 
471 aa  280  6e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>