More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_3894 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
470 aa  968    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  64.38 
 
 
484 aa  594  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.63 
 
 
497 aa  585  1e-166  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.22 
 
 
493 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.16 
 
 
511 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.73 
 
 
481 aa  566  1e-160  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.51 
 
 
492 aa  559  1e-158  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.08 
 
 
490 aa  553  1e-156  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.54 
 
 
499 aa  549  1e-155  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.61 
 
 
499 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.49 
 
 
525 aa  539  9.999999999999999e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.79 
 
 
477 aa  537  1e-151  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.18 
 
 
493 aa  536  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.79 
 
 
488 aa  534  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.63 
 
 
504 aa  527  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.04 
 
 
488 aa  524  1e-147  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  58.14 
 
 
492 aa  522  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.14 
 
 
513 aa  520  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.44 
 
 
515 aa  516  1.0000000000000001e-145  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.52 
 
 
518 aa  513  1e-144  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.14 
 
 
518 aa  511  1e-143  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.27 
 
 
487 aa  404  1e-111  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.69 
 
 
438 aa  391  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.81 
 
 
479 aa  390  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.91 
 
 
434 aa  387  1e-106  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.97 
 
 
442 aa  384  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  41.7 
 
 
433 aa  376  1e-103  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.51 
 
 
434 aa  378  1e-103  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.74 
 
 
491 aa  372  1e-102  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.24 
 
 
431 aa  364  2e-99  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  40.43 
 
 
434 aa  352  8e-96  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.15 
 
 
486 aa  348  1e-94  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.02 
 
 
472 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  43.22 
 
 
473 aa  340  4e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.22 
 
 
472 aa  340  4e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.04 
 
 
472 aa  339  5.9999999999999996e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.01 
 
 
472 aa  338  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.91 
 
 
471 aa  337  3.9999999999999995e-91  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.17 
 
 
488 aa  336  5.999999999999999e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.84 
 
 
472 aa  334  2e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.39 
 
 
472 aa  334  2e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.39 
 
 
472 aa  334  2e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.13 
 
 
478 aa  332  1e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  43.17 
 
 
456 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  40.95 
 
 
469 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.28 
 
 
462 aa  327  3e-88  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.42 
 
 
473 aa  326  7e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
475 aa  325  8.000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.21 
 
 
473 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.19 
 
 
474 aa  323  5e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  41 
 
 
473 aa  322  7e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  41 
 
 
473 aa  321  9.999999999999999e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.12 
 
 
471 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.98 
 
 
468 aa  321  1.9999999999999998e-86  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  40 
 
 
487 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  41 
 
 
473 aa  320  3.9999999999999996e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.33 
 
 
476 aa  320  3.9999999999999996e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  40 
 
 
487 aa  319  5e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  40 
 
 
487 aa  320  5e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.46 
 
 
497 aa  317  3e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.71 
 
 
492 aa  317  3e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.41 
 
 
482 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.71 
 
 
482 aa  317  4e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.64 
 
 
470 aa  316  7e-85  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.91 
 
 
499 aa  314  1.9999999999999998e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.78 
 
 
497 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.19 
 
 
477 aa  312  9e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.04 
 
 
470 aa  311  1e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.55 
 
 
481 aa  310  4e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.55 
 
 
481 aa  309  5.9999999999999995e-83  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.66 
 
 
479 aa  309  8e-83  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.21 
 
 
463 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.84 
 
 
499 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 
505 aa  307  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.03 
 
 
471 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.71 
 
 
477 aa  306  6e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.43 
 
 
500 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.79 
 
 
479 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.79 
 
 
481 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.72 
 
 
484 aa  302  7.000000000000001e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.88 
 
 
483 aa  302  8.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  36.84 
 
 
471 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.24 
 
 
477 aa  301  1e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.85 
 
 
467 aa  302  1e-80  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.2 
 
 
476 aa  302  1e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
483 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.65 
 
 
483 aa  300  3e-80  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.02 
 
 
499 aa  299  6e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.63 
 
 
471 aa  299  7e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.42 
 
 
475 aa  299  8e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.24 
 
 
493 aa  299  8e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  37.91 
 
 
479 aa  298  1e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.59 
 
 
477 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.24 
 
 
466 aa  298  1e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.63 
 
 
476 aa  298  2e-79  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.28 
 
 
475 aa  297  3e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  37.19 
 
 
474 aa  296  4e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  37.91 
 
 
468 aa  296  4e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.34 
 
 
493 aa  296  5e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.75 
 
 
493 aa  296  6e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>