More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_11303 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  100 
 
 
434 aa  899    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.15 
 
 
431 aa  502  1e-141  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.71 
 
 
442 aa  484  1e-135  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.44 
 
 
434 aa  477  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.49 
 
 
438 aa  468  9.999999999999999e-131  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  51.89 
 
 
433 aa  462  1e-129  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.77 
 
 
434 aa  454  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.11 
 
 
481 aa  367  1e-100  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.39 
 
 
462 aa  351  1e-95  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.1 
 
 
477 aa  348  1e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.43 
 
 
470 aa  345  6e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.73 
 
 
492 aa  340  4e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.97 
 
 
497 aa  339  5e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.54 
 
 
515 aa  338  8e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.03 
 
 
511 aa  336  5e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.53 
 
 
479 aa  334  1e-90  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.7 
 
 
484 aa  334  2e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.89 
 
 
493 aa  331  2e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.63 
 
 
488 aa  330  3e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.49 
 
 
493 aa  329  5.0000000000000004e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
452 aa  329  6e-89  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.21 
 
 
488 aa  324  2e-87  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.29 
 
 
492 aa  321  9.999999999999999e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.52 
 
 
499 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.95 
 
 
518 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.95 
 
 
518 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.7 
 
 
499 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.09 
 
 
490 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.09 
 
 
504 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.75 
 
 
481 aa  311  1e-83  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.59 
 
 
525 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.05 
 
 
513 aa  310  2.9999999999999997e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.11 
 
 
491 aa  309  6.999999999999999e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.48 
 
 
487 aa  308  1.0000000000000001e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.81 
 
 
481 aa  308  2.0000000000000002e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.04 
 
 
475 aa  305  9.000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.12 
 
 
467 aa  302  9e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.46 
 
 
474 aa  300  4e-80  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.42 
 
 
479 aa  296  4e-79  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  33.53 
 
 
514 aa  295  1e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.31 
 
 
486 aa  295  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.07 
 
 
482 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.26 
 
 
466 aa  291  2e-77  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  35.65 
 
 
471 aa  289  5.0000000000000004e-77  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.7 
 
 
484 aa  290  5.0000000000000004e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.4 
 
 
474 aa  289  6e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1611  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.86 
 
 
445 aa  288  1e-76  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.06 
 
 
471 aa  287  2.9999999999999996e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.5 
 
 
479 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.69 
 
 
468 aa  284  2.0000000000000002e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.11 
 
 
475 aa  285  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.31 
 
 
483 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.25 
 
 
478 aa  283  4.0000000000000003e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.45 
 
 
470 aa  283  6.000000000000001e-75  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  32.84 
 
 
469 aa  278  9e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.48 
 
 
477 aa  277  3e-73  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.97 
 
 
477 aa  276  3e-73  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.79 
 
 
475 aa  273  6e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.79 
 
 
505 aa  272  9e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.43 
 
 
477 aa  270  4e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  36.53 
 
 
477 aa  270  4e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  33.82 
 
 
483 aa  270  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.82 
 
 
473 aa  270  5e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.41 
 
 
434 aa  268  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.13 
 
 
470 aa  268  1e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.83 
 
 
471 aa  268  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.9 
 
 
474 aa  268  2e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.68 
 
 
454 aa  267  4e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.62 
 
 
453 aa  266  4e-70  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  36.36 
 
 
478 aa  266  5e-70  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.43 
 
 
483 aa  266  7e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.9 
 
 
463 aa  266  8e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.51 
 
 
452 aa  265  8.999999999999999e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.48 
 
 
473 aa  263  4.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.82 
 
 
475 aa  262  6.999999999999999e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.26 
 
 
473 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.2 
 
 
473 aa  261  2e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.26 
 
 
473 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.26 
 
 
473 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.33 
 
 
471 aa  260  4e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.39 
 
 
499 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  34.59 
 
 
479 aa  259  8e-68  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.43 
 
 
435 aa  258  1e-67  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.79 
 
 
484 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.26 
 
 
473 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.96 
 
 
493 aa  258  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.67 
 
 
471 aa  258  1e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.19 
 
 
478 aa  258  2e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.02 
 
 
421 aa  257  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.36 
 
 
476 aa  258  2e-67  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.9 
 
 
486 aa  256  4e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.26 
 
 
463 aa  256  4e-67  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.85 
 
 
476 aa  256  5e-67  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.85 
 
 
476 aa  256  6e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.2 
 
 
505 aa  256  6e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.05 
 
 
472 aa  256  6e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.01 
 
 
475 aa  256  8e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  32.84 
 
 
469 aa  256  8e-67  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.08 
 
 
499 aa  255  8e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.64 
 
 
476 aa  255  9e-67  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>