More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0769 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  79.07 
 
 		 473 aa  799    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  79.03 
 
 		 472 aa  800    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  98.73 
 
 		 473 aa  969    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.03 
 
 		 472 aa  800    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  98.94 
 
 		 473 aa  969    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.07 
 
 		 472 aa  798    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.87 
 
 		 472 aa  806    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 		 473 aa  981    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  78.22 
 
 		 472 aa  793    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  79.21 
 
 		 456 aa  775    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.07 
 
 		 472 aa  798    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  98.94 
 
 		 473 aa  971    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  99.15 
 
 		 473 aa  973    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  79.07 
 
 		 472 aa  797    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  74.1 
 
 		 470 aa  746    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  62.74 
 
 		 476 aa  606  9.999999999999999e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.01 
 
 		 487 aa  601  1.0000000000000001e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.22 
 
 		 487 aa  603  1.0000000000000001e-171  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.01 
 
 		 487 aa  601  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  61.44 
 
 		 497 aa  593  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  62.18 
 
 		 476 aa  589  1e-167  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  60.38 
 
 		 492 aa  585  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  59.45 
 
 		 477 aa  567  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.96 
 
 		 471 aa  444  1e-123  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.48 
 
 		 471 aa  438  1e-121  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  48.73 
 
 		 469 aa  432  1e-120  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.57 
 
 		 453 aa  422  1e-117  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.4 
 
 		 475 aa  412  1e-114  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.46 
 
 		 478 aa  402  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.01 
 
 		 469 aa  403  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.7 
 
 		 482 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  44.21 
 
 		 479 aa  399  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.96 
 
 		 499 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.7 
 
 		 505 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.17 
 
 		 500 aa  399  9.999999999999999e-111  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.19 
 
 		 480 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.22 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.76 
 
 		 499 aa  395  1e-109  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.19 
 
 		 477 aa  396  1e-109  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.15 
 
 		 481 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.4 
 
 		 493 aa  395  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.3 
 
 		 475 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  43 
 
 		 512 aa  389  1e-107  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.8 
 
 		 477 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.62 
 
 		 497 aa  389  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.64 
 
 		 482 aa  387  1e-106  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.78 
 
 		 493 aa  385  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.3 
 
 		 493 aa  386  1e-106  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.52 
 
 		 493 aa  383  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.77 
 
 		 475 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.72 
 
 		 477 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.35 
 
 		 480 aa  379  1e-104  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.74 
 
 		 488 aa  380  1e-104  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.37 
 
 		 473 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.53 
 
 		 470 aa  366  1e-100  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  43.25 
 
 		 468 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.28 
 
 		 470 aa  363  5.0000000000000005e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.77 
 
 		 541 aa  362  6e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.76 
 
 		 481 aa  362  1e-98  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.5 
 
 		 541 aa  361  2e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.59 
 
 		 550 aa  350  3e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.84 
 
 		 479 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  37.88 
 
 		 567 aa  320  3.9999999999999996e-86  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.78 
 
 		 499 aa  319  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.48 
 
 		 492 aa  316  7e-85  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.39 
 
 		 499 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41 
 
 		 470 aa  312  9e-84  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.9 
 
 		 513 aa  310  4e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.6 
 
 		 504 aa  310  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.29 
 
 		 477 aa  309  5.9999999999999995e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.57 
 
 		 490 aa  309  6.999999999999999e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.43 
 
 		 470 aa  306  5.0000000000000004e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.48 
 
 		 487 aa  306  7e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.52 
 
 		 475 aa  304  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.53 
 
 		 518 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.46 
 
 		 481 aa  301  2e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.52 
 
 		 484 aa  300  3e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.87 
 
 		 511 aa  298  1e-79  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.82 
 
 		 518 aa  297  3e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.59 
 
 		 475 aa  295  1e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.02 
 
 		 525 aa  294  2e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  37.7 
 
 		 471 aa  293  6e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.02 
 
 		 493 aa  293  7e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.55 
 
 		 497 aa  291  1e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.57 
 
 		 454 aa  291  2e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.31 
 
 		 493 aa  290  3e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.97 
 
 		 484 aa  290  4e-77  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  37.17 
 
 		 471 aa  289  6e-77  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.55 
 
 		 481 aa  289  8e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.77 
 
 		 481 aa  287  2e-76  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.92 
 
 		 468 aa  287  2e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.06 
 
 		 492 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.64 
 
 		 476 aa  286  5e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.2 
 
 		 479 aa  285  1.0000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.12 
 
 		 479 aa  284  2.0000000000000002e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.99 
 
 		 491 aa  283  7.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.88 
 
 		 477 aa  282  7.000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 		 470 aa  281  1e-74  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.48 
 
 		 476 aa  282  1e-74  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.47 
 
 		 442 aa  282  1e-74  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>