More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyc_0430 on replicon NC_007204
Organism: Psychrobacter arcticus 273-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
541 aa  1137    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  87.43 
 
 
541 aa  1009    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.72 
 
 
550 aa  574  1.0000000000000001e-162  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.58 
 
 
471 aa  383  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.75 
 
 
488 aa  377  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.73 
 
 
472 aa  373  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.12 
 
 
470 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.58 
 
 
471 aa  375  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.73 
 
 
472 aa  373  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  39.85 
 
 
473 aa  370  1e-101  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.92 
 
 
472 aa  371  1e-101  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.46 
 
 
472 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.5 
 
 
477 aa  371  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.85 
 
 
472 aa  370  1e-101  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.85 
 
 
472 aa  370  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.92 
 
 
487 aa  365  1e-100  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.26 
 
 
472 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.12 
 
 
487 aa  367  1e-100  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  40.2 
 
 
456 aa  365  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.92 
 
 
487 aa  365  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.77 
 
 
473 aa  363  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.77 
 
 
473 aa  363  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.95 
 
 
512 aa  363  6e-99  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.77 
 
 
473 aa  363  6e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.77 
 
 
473 aa  362  7.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.61 
 
 
482 aa  362  9e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.15 
 
 
476 aa  361  2e-98  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.58 
 
 
473 aa  360  5e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.53 
 
 
482 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.81 
 
 
499 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.9 
 
 
497 aa  355  1e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.62 
 
 
499 aa  355  1e-96  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.37 
 
 
476 aa  355  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.55 
 
 
505 aa  354  2.9999999999999997e-96  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.26 
 
 
475 aa  354  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.49 
 
 
492 aa  351  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.06 
 
 
493 aa  350  3e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.54 
 
 
463 aa  350  3e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.39 
 
 
481 aa  348  1e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.58 
 
 
500 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.29 
 
 
497 aa  347  2e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.18 
 
 
477 aa  348  2e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.35 
 
 
493 aa  347  3e-94  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.35 
 
 
493 aa  347  4e-94  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.73 
 
 
475 aa  345  1e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.88 
 
 
477 aa  345  2e-93  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.31 
 
 
493 aa  342  7e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.57 
 
 
480 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.22 
 
 
478 aa  341  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  38.1 
 
 
469 aa  341  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.19 
 
 
477 aa  341  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.18 
 
 
475 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.65 
 
 
473 aa  338  9.999999999999999e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.6 
 
 
453 aa  337  2.9999999999999997e-91  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 
480 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.06 
 
 
481 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  36.63 
 
 
567 aa  322  7e-87  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  36.35 
 
 
468 aa  322  9.000000000000001e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.57 
 
 
470 aa  322  9.999999999999999e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  36.89 
 
 
479 aa  313  4.999999999999999e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.4 
 
 
469 aa  297  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.74 
 
 
487 aa  297  4e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.17 
 
 
470 aa  293  4e-78  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.94 
 
 
475 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.62 
 
 
479 aa  289  7e-77  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.24 
 
 
490 aa  286  8e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.73 
 
 
492 aa  284  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35 
 
 
493 aa  282  9e-75  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.54 
 
 
491 aa  279  1e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.43 
 
 
499 aa  278  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03651  putative DNA photolyase  34.96 
 
 
504 aa  276  5e-73  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.305782  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.67 
 
 
481 aa  273  8.000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.42 
 
 
481 aa  271  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  32.95 
 
 
514 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.36 
 
 
497 aa  270  5e-71  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.29 
 
 
499 aa  270  7e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.3 
 
 
470 aa  268  1e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.27 
 
 
475 aa  266  8.999999999999999e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.27 
 
 
504 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.89 
 
 
479 aa  265  1e-69  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.23 
 
 
479 aa  262  1e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.75 
 
 
477 aa  260  4e-68  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.31 
 
 
470 aa  260  5.0000000000000005e-68  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.37 
 
 
481 aa  259  7e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.95 
 
 
438 aa  258  2e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.69 
 
 
470 aa  257  3e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.61 
 
 
488 aa  257  4e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.61 
 
 
488 aa  257  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.12 
 
 
468 aa  256  1.0000000000000001e-66  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.42 
 
 
484 aa  254  2.0000000000000002e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.49 
 
 
477 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.2 
 
 
492 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.87 
 
 
477 aa  252  1e-65  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.1 
 
 
486 aa  252  1e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.84 
 
 
474 aa  252  1e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.2 
 
 
511 aa  251  2e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  32.06 
 
 
474 aa  249  9e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.76 
 
 
483 aa  248  2e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.67 
 
 
467 aa  248  3e-64  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.66 
 
 
493 aa  248  3e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>