More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0811 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
475 aa  981    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.42 
 
 
505 aa  586  1e-166  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.92 
 
 
499 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.92 
 
 
499 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.01 
 
 
500 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.76 
 
 
493 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  54.64 
 
 
512 aa  560  1e-158  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.67 
 
 
493 aa  554  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.62 
 
 
493 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  56.62 
 
 
493 aa  549  1e-155  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.88 
 
 
497 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.77 
 
 
477 aa  537  1e-151  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.27 
 
 
453 aa  464  1e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.86 
 
 
476 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  50 
 
 
476 aa  431  1e-119  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.29 
 
 
497 aa  424  1e-117  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.12 
 
 
478 aa  422  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.43 
 
 
487 aa  421  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.23 
 
 
487 aa  420  1e-116  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.43 
 
 
487 aa  421  1e-116  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.83 
 
 
492 aa  418  1e-116  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.4 
 
 
473 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.4 
 
 
473 aa  413  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.4 
 
 
473 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.4 
 
 
473 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.59 
 
 
470 aa  413  1e-114  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.15 
 
 
472 aa  409  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.19 
 
 
473 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.15 
 
 
472 aa  409  1e-113  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  46.15 
 
 
472 aa  409  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.49 
 
 
472 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.47 
 
 
472 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.75 
 
 
472 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.95 
 
 
472 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.11 
 
 
477 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  45.47 
 
 
473 aa  405  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.21 
 
 
470 aa  396  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  45.64 
 
 
456 aa  395  1e-108  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.04 
 
 
463 aa  395  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.09 
 
 
477 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  45.45 
 
 
469 aa  392  1e-107  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.42 
 
 
469 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.83 
 
 
473 aa  387  1e-106  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.71 
 
 
471 aa  376  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.54 
 
 
481 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.93 
 
 
480 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.93 
 
 
477 aa  374  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.93 
 
 
480 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  44.26 
 
 
468 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.43 
 
 
471 aa  369  1e-101  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.89 
 
 
482 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.93 
 
 
475 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.8 
 
 
482 aa  365  1e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.58 
 
 
475 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.05 
 
 
488 aa  364  2e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.83 
 
 
470 aa  364  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  39.96 
 
 
479 aa  355  8.999999999999999e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.87 
 
 
541 aa  346  4e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.73 
 
 
541 aa  345  1e-93  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.8 
 
 
481 aa  335  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.72 
 
 
479 aa  328  9e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.08 
 
 
487 aa  317  3e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.37 
 
 
493 aa  306  4.0000000000000004e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  37.4 
 
 
567 aa  300  4e-80  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.08 
 
 
477 aa  297  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.54 
 
 
469 aa  293  5e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.54 
 
 
481 aa  289  6e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.12 
 
 
481 aa  289  6e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.28 
 
 
470 aa  288  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.1 
 
 
492 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.54 
 
 
484 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  37.07 
 
 
471 aa  286  7e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.04 
 
 
525 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.48 
 
 
482 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.1 
 
 
491 aa  285  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  37.1 
 
 
471 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.46 
 
 
470 aa  283  6.000000000000001e-75  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.12 
 
 
483 aa  281  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.29 
 
 
475 aa  280  3e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.69 
 
 
492 aa  280  5e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.8 
 
 
490 aa  280  5e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.49 
 
 
481 aa  280  6e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.17 
 
 
486 aa  278  1e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.19 
 
 
431 aa  274  3e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.32 
 
 
499 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.86 
 
 
474 aa  274  3e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.1 
 
 
475 aa  273  4.0000000000000004e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.85 
 
 
434 aa  273  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.01 
 
 
488 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.09 
 
 
488 aa  273  7e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.08 
 
 
513 aa  272  9e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.65 
 
 
479 aa  271  1e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39 
 
 
484 aa  271  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.48 
 
 
493 aa  270  2.9999999999999997e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.32 
 
 
468 aa  270  2.9999999999999997e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.72 
 
 
499 aa  270  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.8 
 
 
518 aa  269  5.9999999999999995e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.97 
 
 
483 aa  269  7e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.06 
 
 
438 aa  269  8e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.27 
 
 
475 aa  269  8.999999999999999e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>