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for query gene SO_3384 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



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Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
512 aa  1064    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  76.71 
 
 
505 aa  823    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  77.58 
 
 
499 aa  823    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  82.03 
 
 
493 aa  855    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  82.23 
 
 
493 aa  855    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  77.45 
 
 
493 aa  804    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  76.98 
 
 
499 aa  819    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  81.84 
 
 
493 aa  857    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  77.78 
 
 
500 aa  827    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.32 
 
 
477 aa  626  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.2 
 
 
497 aa  608  1e-173  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.64 
 
 
475 aa  560  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.3 
 
 
478 aa  469  1.0000000000000001e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.2 
 
 
453 aa  468  9.999999999999999e-131  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.91 
 
 
470 aa  446  1.0000000000000001e-124  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.36 
 
 
469 aa  429  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  46.72 
 
 
469 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.29 
 
 
476 aa  413  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.44 
 
 
487 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.44 
 
 
487 aa  405  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.93 
 
 
476 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.95 
 
 
471 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.44 
 
 
487 aa  404  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.11 
 
 
470 aa  401  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.91 
 
 
492 aa  396  1e-109  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.42 
 
 
472 aa  393  1e-108  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  44.25 
 
 
473 aa  390  1e-107  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.02 
 
 
472 aa  390  1e-107  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.25 
 
 
472 aa  390  1e-107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.8 
 
 
473 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.02 
 
 
472 aa  390  1e-107  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.05 
 
 
472 aa  389  1e-107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.32 
 
 
497 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  43 
 
 
473 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.82 
 
 
472 aa  390  1e-107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.8 
 
 
473 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.82 
 
 
472 aa  386  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  42.18 
 
 
468 aa  386  1e-106  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.8 
 
 
473 aa  388  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44 
 
 
477 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  44.67 
 
 
456 aa  383  1e-105  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.6 
 
 
473 aa  384  1e-105  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.23 
 
 
477 aa  385  1e-105  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.03 
 
 
482 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.63 
 
 
482 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.97 
 
 
477 aa  376  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.95 
 
 
463 aa  378  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.04 
 
 
480 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.23 
 
 
488 aa  374  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.76 
 
 
471 aa  374  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.89 
 
 
481 aa  375  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.35 
 
 
480 aa  371  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.84 
 
 
473 aa  367  1e-100  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.27 
 
 
475 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.15 
 
 
541 aa  362  7.0000000000000005e-99  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.76 
 
 
475 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.99 
 
 
550 aa  357  2.9999999999999997e-97  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.04 
 
 
541 aa  355  1e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  40.69 
 
 
479 aa  353  4e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.55 
 
 
470 aa  351  2e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.71 
 
 
481 aa  350  5e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.55 
 
 
479 aa  321  1.9999999999999998e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  35.61 
 
 
567 aa  315  1.9999999999999998e-84  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.39 
 
 
481 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.73 
 
 
475 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.74 
 
 
490 aa  304  3.0000000000000004e-81  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.95 
 
 
481 aa  303  7.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.87 
 
 
492 aa  299  7e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.21 
 
 
492 aa  298  1e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.43 
 
 
493 aa  295  2e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.28 
 
 
477 aa  295  2e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.19 
 
 
479 aa  294  3e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.76 
 
 
484 aa  293  4e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.8 
 
 
475 aa  293  5e-78  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.91 
 
 
482 aa  289  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  37.55 
 
 
471 aa  287  4e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  36.52 
 
 
471 aa  286  8e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.96 
 
 
483 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.08 
 
 
487 aa  284  2.0000000000000002e-75  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.52 
 
 
434 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.07 
 
 
479 aa  283  6.000000000000001e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.74 
 
 
481 aa  281  3e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.35 
 
 
499 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.52 
 
 
470 aa  279  7e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.26 
 
 
497 aa  279  9e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.94 
 
 
470 aa  279  9e-74  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.95 
 
 
474 aa  278  2e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.47 
 
 
518 aa  276  7e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.4 
 
 
488 aa  276  8e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.24 
 
 
511 aa  274  2.0000000000000002e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
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NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.27 
 
 
518 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
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NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.4 
 
 
488 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.58 
 
 
499 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
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NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.5 
 
 
493 aa  273  6e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.86 
 
 
475 aa  272  9e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
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NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.16 
 
 
434 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
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NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.24 
 
 
504 aa  271  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
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NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.2 
 
 
484 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.79 
 
 
513 aa  270  5.9999999999999995e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.04 
 
 
515 aa  268  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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