More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3963 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
511 aa  1035    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  72.34 
 
 
497 aa  714    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  63.92 
 
 
493 aa  615  1e-175  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.43 
 
 
477 aa  608  1e-173  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.96 
 
 
515 aa  604  1.0000000000000001e-171  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.75 
 
 
492 aa  601  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.18 
 
 
499 aa  598  1e-170  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  63.92 
 
 
493 aa  599  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.32 
 
 
490 aa  598  1e-169  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.16 
 
 
499 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  60.7 
 
 
492 aa  590  1e-167  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.76 
 
 
484 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  61.88 
 
 
488 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  59.06 
 
 
513 aa  572  1.0000000000000001e-162  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.18 
 
 
525 aa  569  1e-161  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  60.38 
 
 
481 aa  570  1e-161  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.75 
 
 
504 aa  565  1e-160  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.25 
 
 
488 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  61.16 
 
 
470 aa  558  1e-158  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.18 
 
 
518 aa  549  1e-155  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.48 
 
 
518 aa  537  1e-151  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.37 
 
 
434 aa  382  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.55 
 
 
487 aa  384  1e-105  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  43.01 
 
 
433 aa  380  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.34 
 
 
479 aa  377  1e-103  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.78 
 
 
438 aa  376  1e-103  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.07 
 
 
442 aa  374  1e-102  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.17 
 
 
491 aa  371  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.03 
 
 
434 aa  368  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.88 
 
 
431 aa  368  1e-100  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  38.03 
 
 
434 aa  337  3.9999999999999995e-91  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.34 
 
 
475 aa  328  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.13 
 
 
481 aa  322  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.58 
 
 
462 aa  318  1e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.74 
 
 
472 aa  318  1e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.17 
 
 
486 aa  318  2e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.37 
 
 
481 aa  317  2e-85  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.29 
 
 
482 aa  317  3e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.12 
 
 
477 aa  316  5e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.54 
 
 
472 aa  316  8e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  42.54 
 
 
473 aa  315  9e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.56 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  42.94 
 
 
469 aa  315  9.999999999999999e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.54 
 
 
472 aa  315  9.999999999999999e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.29 
 
 
482 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.57 
 
 
488 aa  312  7.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.79 
 
 
476 aa  311  2e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  37.32 
 
 
474 aa  311  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.77 
 
 
472 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.77 
 
 
472 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.08 
 
 
478 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.14 
 
 
479 aa  310  5e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.78 
 
 
471 aa  309  6.999999999999999e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.72 
 
 
474 aa  308  2.0000000000000002e-82  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  42.07 
 
 
456 aa  308  2.0000000000000002e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.29 
 
 
463 aa  308  2.0000000000000002e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  38.37 
 
 
471 aa  307  3e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  38.37 
 
 
471 aa  306  7e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.59 
 
 
518 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.21 
 
 
471 aa  304  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.11 
 
 
483 aa  305  2.0000000000000002e-81  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.19 
 
 
484 aa  303  4.0000000000000003e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.71 
 
 
519 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.31 
 
 
467 aa  303  6.000000000000001e-81  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.29 
 
 
519 aa  302  9e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.29 
 
 
519 aa  302  9e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.44 
 
 
479 aa  302  1e-80  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.15 
 
 
481 aa  302  1e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
470 aa  301  2e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.14 
 
 
501 aa  301  2e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.4 
 
 
474 aa  300  3e-80  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.4 
 
 
483 aa  300  4e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.21 
 
 
472 aa  300  5e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  38.64 
 
 
483 aa  299  7e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.83 
 
 
487 aa  298  1e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.12 
 
 
469 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.83 
 
 
475 aa  298  1e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.07 
 
 
473 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.56 
 
 
505 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.83 
 
 
487 aa  297  3e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.07 
 
 
473 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.67 
 
 
473 aa  297  3e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.34 
 
 
466 aa  297  4e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.87 
 
 
473 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.87 
 
 
473 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.63 
 
 
487 aa  295  1e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.12 
 
 
480 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.9 
 
 
477 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.22 
 
 
476 aa  295  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  42.51 
 
 
468 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.68 
 
 
499 aa  295  2e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.63 
 
 
483 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
468 aa  294  3e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.48 
 
 
470 aa  294  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.68 
 
 
499 aa  293  4e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35 
 
 
470 aa  293  5e-78  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.78 
 
 
490 aa  292  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.26 
 
 
471 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.97 
 
 
500 aa  291  3e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
500 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>