More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0866 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  100 
 
 
479 aa  1003    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.83 
 
 
471 aa  465  9.999999999999999e-131  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  48.63 
 
 
469 aa  461  9.999999999999999e-129  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.13 
 
 
471 aa  451  1e-125  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  45.26 
 
 
473 aa  413  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.26 
 
 
472 aa  413  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.26 
 
 
472 aa  413  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.38 
 
 
472 aa  415  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.17 
 
 
472 aa  412  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.96 
 
 
472 aa  410  1e-113  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.96 
 
 
472 aa  410  1e-113  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.42 
 
 
473 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.21 
 
 
473 aa  406  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.21 
 
 
473 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  44 
 
 
473 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.17 
 
 
472 aa  408  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.21 
 
 
473 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.25 
 
 
463 aa  402  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  45.43 
 
 
456 aa  400  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.87 
 
 
476 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.79 
 
 
477 aa  398  1e-109  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.71 
 
 
470 aa  395  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.61 
 
 
476 aa  397  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.28 
 
 
487 aa  394  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.28 
 
 
487 aa  395  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.28 
 
 
487 aa  394  1e-108  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.19 
 
 
492 aa  392  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.3 
 
 
497 aa  391  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.12 
 
 
499 aa  389  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.92 
 
 
499 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43 
 
 
500 aa  386  1e-106  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.8 
 
 
505 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.28 
 
 
481 aa  383  1e-105  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.58 
 
 
477 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.62 
 
 
481 aa  380  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.31 
 
 
469 aa  376  1e-103  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.5 
 
 
493 aa  378  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.68 
 
 
478 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.7 
 
 
482 aa  374  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.97 
 
 
493 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.15 
 
 
493 aa  375  1e-102  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.65 
 
 
482 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41 
 
 
473 aa  369  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.49 
 
 
493 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.74 
 
 
497 aa  368  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.38 
 
 
477 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.03 
 
 
453 aa  366  1e-100  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.96 
 
 
475 aa  363  4e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.96 
 
 
488 aa  363  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.92 
 
 
477 aa  362  9e-99  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.69 
 
 
512 aa  360  4e-98  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.28 
 
 
480 aa  353  4e-96  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.87 
 
 
475 aa  350  3e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.22 
 
 
470 aa  350  4e-95  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  37.84 
 
 
468 aa  349  5e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.23 
 
 
480 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.03 
 
 
475 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.74 
 
 
470 aa  335  9e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.28 
 
 
541 aa  328  1.0000000000000001e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  36.55 
 
 
567 aa  326  5e-88  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.89 
 
 
541 aa  324  2e-87  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.42 
 
 
479 aa  315  9.999999999999999e-85  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.65 
 
 
481 aa  315  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.5 
 
 
525 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.43 
 
 
477 aa  314  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.52 
 
 
492 aa  312  9e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.3 
 
 
499 aa  307  3e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.73 
 
 
518 aa  307  3e-82  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.51 
 
 
499 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.56 
 
 
550 aa  303  6.000000000000001e-81  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.91 
 
 
518 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.46 
 
 
493 aa  300  6e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.92 
 
 
497 aa  300  6e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.91 
 
 
470 aa  296  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.81 
 
 
515 aa  293  5e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.69 
 
 
513 aa  293  6e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.71 
 
 
475 aa  292  7e-78  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.73 
 
 
481 aa  292  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.23 
 
 
511 aa  291  2e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.08 
 
 
462 aa  291  2e-77  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.52 
 
 
481 aa  290  4e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.12 
 
 
504 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.64 
 
 
484 aa  289  1e-76  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.71 
 
 
487 aa  281  2e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.08 
 
 
434 aa  279  9e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.54 
 
 
431 aa  278  2e-73  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.53 
 
 
492 aa  278  2e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.16 
 
 
484 aa  276  5e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.94 
 
 
490 aa  276  8e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.48 
 
 
484 aa  276  8e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.25 
 
 
434 aa  275  9e-73  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.22 
 
 
482 aa  275  2.0000000000000002e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.6 
 
 
488 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.6 
 
 
488 aa  275  2.0000000000000002e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.25 
 
 
470 aa  275  2.0000000000000002e-72  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  34.59 
 
 
434 aa  273  7e-72  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.49 
 
 
493 aa  273  7e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.05 
 
 
454 aa  272  1e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.97 
 
 
474 aa  271  2e-71  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.45 
 
 
479 aa  268  2e-70  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>