More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1071 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  69.51 
 
 		 477 aa  667    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.59 
 
 		 480 aa  673    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  71.79 
 
 		 482 aa  729    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  67.3 
 
 		 480 aa  666    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  70.11 
 
 		 482 aa  716    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  73.99 
 
 		 488 aa  742    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 		 477 aa  983    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.16 
 
 		 475 aa  667    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.8 
 
 		 475 aa  670    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  70.94 
 
 		 481 aa  684    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  63.69 
 
 		 468 aa  614  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  50.75 
 
 		 473 aa  472  1e-132  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.37 
 
 		 463 aa  452  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.19 
 
 		 487 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.4 
 
 		 487 aa  443  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.4 
 
 		 487 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.64 
 
 		 497 aa  442  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.71 
 
 		 492 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.44 
 
 		 477 aa  416  9.999999999999999e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.12 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.29 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.85 
 
 		 499 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.38 
 
 		 500 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.96 
 
 		 505 aa  403  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.85 
 
 		 499 aa  404  1e-111  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.76 
 
 		 470 aa  400  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  44.84 
 
 		 473 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.92 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.05 
 
 		 472 aa  398  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.59 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.37 
 
 		 472 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.92 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.84 
 
 		 472 aa  397  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.01 
 
 		 472 aa  395  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.8 
 
 		 473 aa  392  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.99 
 
 		 477 aa  394  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.8 
 
 		 473 aa  394  1e-108  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.24 
 
 		 453 aa  392  1e-108  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.8 
 
 		 473 aa  390  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.59 
 
 		 473 aa  389  1e-107  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  44.37 
 
 		 456 aa  389  1e-107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.56 
 
 		 497 aa  390  1e-107  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.09 
 
 		 475 aa  391  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.58 
 
 		 471 aa  388  1e-106  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.95 
 
 		 471 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.85 
 
 		 493 aa  386  1e-106  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.49 
 
 		 473 aa  387  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  44 
 
 		 512 aa  383  1e-105  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  43.64 
 
 		 469 aa  379  1e-104  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.33 
 
 		 493 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.62 
 
 		 478 aa  373  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0430  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.5 
 
 		 541 aa  371  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.44 
 
 		 493 aa  372  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.41 
 
 		 493 aa  372  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0465  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.7 
 
 		 541 aa  367  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.68 
 
 		 469 aa  365  1e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.16 
 
 		 470 aa  354  2e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0753  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.15 
 
 		 550 aa  353  4e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0765877  normal  0.622658 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1152  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.62 
 
 		 470 aa  353  4e-96  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0172656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  39.92 
 
 		 479 aa  352  5.9999999999999994e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  39.67 
 
 		 567 aa  343  2.9999999999999997e-93  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.03 
 
 		 479 aa  330  2e-89  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.37 
 
 		 481 aa  324  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.12 
 
 		 511 aa  316  5e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.33 
 
 		 487 aa  315  9e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.22 
 
 		 484 aa  315  9.999999999999999e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.55 
 
 		 488 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.34 
 
 		 481 aa  311  2e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.72 
 
 		 488 aa  308  2.0000000000000002e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  38.3 
 
 		 471 aa  306  6e-82  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  38.64 
 
 		 471 aa  306  6e-82  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.71 
 
 		 469 aa  303  5.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 		 481 aa  303  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.59 
 
 		 484 aa  303  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.19 
 
 		 470 aa  302  7.000000000000001e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.4 
 
 		 481 aa  301  1e-80  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.8 
 
 		 490 aa  296  4e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.67 
 
 		 492 aa  296  4e-79  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.7 
 
 		 471 aa  295  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.15 
 
 		 483 aa  294  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.72 
 
 		 499 aa  292  7e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.99 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.59 
 
 		 497 aa  291  2e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.77 
 
 		 475 aa  291  2e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.76 
 
 		 474 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.17 
 
 		 475 aa  291  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.46 
 
 		 493 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.63 
 
 		 477 aa  287  2.9999999999999996e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.26 
 
 		 491 aa  286  4e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.11 
 
 		 499 aa  285  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.17 
 
 		 475 aa  285  9e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.25 
 
 		 518 aa  282  1e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39 
 
 		 500 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  36.07 
 
 		 474 aa  279  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.92 
 
 		 519 aa  278  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.31 
 
 		 484 aa  278  2e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.71 
 
 		 519 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.71 
 
 		 519 aa  276  4e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.15 
 
 		 493 aa  276  6e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.67 
 
 		 515 aa  275  1.0000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>