More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_0529 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
421 aa  845    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.39 
 
 
459 aa  458  9.999999999999999e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.1 
 
 
454 aa  457  1e-127  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.32 
 
 
434 aa  431  1e-119  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.03 
 
 
445 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.03 
 
 
445 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.03 
 
 
445 aa  430  1e-119  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.3 
 
 
442 aa  429  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.57 
 
 
449 aa  425  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.88 
 
 
450 aa  426  1e-118  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.07 
 
 
453 aa  414  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.53 
 
 
457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.56 
 
 
450 aa  404  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50 
 
 
451 aa  401  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.78 
 
 
409 aa  328  1.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46 
 
 
497 aa  323  5e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.7 
 
 
487 aa  307  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.22 
 
 
479 aa  300  5e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.92 
 
 
462 aa  293  4e-78  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.26 
 
 
474 aa  290  3e-77  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  38.19 
 
 
474 aa  285  8e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.58 
 
 
467 aa  285  9e-76  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.29 
 
 
479 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.22 
 
 
475 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.93 
 
 
431 aa  285  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.89 
 
 
456 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.32 
 
 
491 aa  283  5.000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.85 
 
 
482 aa  282  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.08 
 
 
453 aa  280  4e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.72 
 
 
488 aa  280  5e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.99 
 
 
481 aa  279  6e-74  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.72 
 
 
488 aa  279  6e-74  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.59 
 
 
476 aa  276  4e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.4 
 
 
481 aa  276  4e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.7 
 
 
481 aa  276  5e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.05 
 
 
483 aa  274  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.3 
 
 
471 aa  273  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  36.58 
 
 
469 aa  272  8.000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.93 
 
 
469 aa  272  9e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.69 
 
 
475 aa  271  2e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.09 
 
 
434 aa  271  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.76 
 
 
473 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.84 
 
 
477 aa  269  5.9999999999999995e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.4 
 
 
479 aa  269  5.9999999999999995e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.58 
 
 
492 aa  269  5.9999999999999995e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
484 aa  269  8.999999999999999e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.16 
 
 
477 aa  268  1e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.77 
 
 
468 aa  268  1e-70  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.67 
 
 
477 aa  267  2.9999999999999995e-70  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.46 
 
 
472 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.21 
 
 
472 aa  266  4e-70  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.45 
 
 
438 aa  266  4e-70  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.56 
 
 
474 aa  266  4e-70  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  34.88 
 
 
471 aa  266  5e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.16 
 
 
490 aa  266  5.999999999999999e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.82 
 
 
476 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.11 
 
 
471 aa  266  5.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.64 
 
 
511 aa  265  8e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  34.89 
 
 
471 aa  265  8.999999999999999e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  38.24 
 
 
473 aa  265  1e-69  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.29 
 
 
472 aa  265  1e-69  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.29 
 
 
472 aa  265  1e-69  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.24 
 
 
472 aa  265  1e-69  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.17 
 
 
463 aa  265  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.94 
 
 
477 aa  265  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.65 
 
 
505 aa  263  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.03 
 
 
475 aa  263  3e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  34.02 
 
 
434 aa  264  3e-69  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  38.36 
 
 
456 aa  263  4e-69  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.21 
 
 
470 aa  263  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.17 
 
 
476 aa  263  4.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  32.84 
 
 
486 aa  263  6e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.62 
 
 
470 aa  263  6e-69  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.36 
 
 
499 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.87 
 
 
476 aa  262  8.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.72 
 
 
484 aa  262  8.999999999999999e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.1 
 
 
452 aa  262  8.999999999999999e-69  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.16 
 
 
484 aa  261  1e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.59 
 
 
499 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.67 
 
 
493 aa  261  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
480 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.78 
 
 
483 aa  261  2e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.68 
 
 
499 aa  260  3e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.59 
 
 
500 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.89 
 
 
472 aa  260  3e-68  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.91 
 
 
481 aa  260  4e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.29 
 
 
475 aa  259  9e-68  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.69 
 
 
473 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0866  deoxyribodipyrimidine photo-lyase (photoreactivating enzyme)  33.05 
 
 
479 aa  258  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.58 
 
 
501 aa  258  1e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.09 
 
 
472 aa  258  1e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.54 
 
 
473 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.54 
 
 
493 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.54 
 
 
493 aa  257  2e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.76 
 
 
475 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.93 
 
 
476 aa  257  3e-67  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.82 
 
 
482 aa  257  3e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.88 
 
 
477 aa  257  3e-67  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.36 
 
 
476 aa  257  3e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.45 
 
 
476 aa  256  4e-67  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>