More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0778 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
453 aa  890    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.78 
 
 
450 aa  469  1.0000000000000001e-131  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.37 
 
 
454 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  54.57 
 
 
450 aa  435  1e-121  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.11 
 
 
459 aa  436  1e-121  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.56 
 
 
449 aa  433  1e-120  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.41 
 
 
421 aa  425  1e-118  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.12 
 
 
445 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.12 
 
 
445 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.12 
 
 
445 aa  426  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.67 
 
 
434 aa  420  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.58 
 
 
442 aa  419  1e-116  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.77 
 
 
457 aa  405  1e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.78 
 
 
451 aa  399  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.72 
 
 
409 aa  332  1e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.52 
 
 
468 aa  324  2e-87  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
475 aa  313  3.9999999999999997e-84  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.55 
 
 
479 aa  312  5.999999999999999e-84  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.58 
 
 
476 aa  311  1e-83  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.87 
 
 
463 aa  309  6.999999999999999e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.5 
 
 
487 aa  306  3e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.57 
 
 
501 aa  305  1.0000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.13 
 
 
481 aa  304  2.0000000000000002e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.92 
 
 
481 aa  304  3.0000000000000004e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.29 
 
 
483 aa  303  6.000000000000001e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.72 
 
 
466 aa  298  2e-79  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.24 
 
 
491 aa  297  2e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.58 
 
 
475 aa  296  4e-79  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.63 
 
 
479 aa  296  5e-79  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.42 
 
 
474 aa  295  9e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.89 
 
 
471 aa  295  1e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.98 
 
 
497 aa  293  3e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  41.15 
 
 
468 aa  291  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.63 
 
 
483 aa  290  3e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.51 
 
 
477 aa  289  7e-77  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.66 
 
 
486 aa  288  9e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.58 
 
 
471 aa  288  2e-76  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.17 
 
 
470 aa  287  2.9999999999999996e-76  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.04 
 
 
478 aa  286  5.999999999999999e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.3 
 
 
474 aa  286  5.999999999999999e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.87 
 
 
479 aa  285  9e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.53 
 
 
456 aa  285  9e-76  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  36.15 
 
 
471 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.39 
 
 
487 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.18 
 
 
482 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.48 
 
 
487 aa  280  4e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.32 
 
 
476 aa  280  4e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.66 
 
 
476 aa  279  9e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.88 
 
 
511 aa  279  1e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.39 
 
 
488 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.53 
 
 
499 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.45 
 
 
469 aa  277  2e-73  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.7 
 
 
477 aa  278  2e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.5 
 
 
505 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  37.48 
 
 
514 aa  277  3e-73  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.87 
 
 
476 aa  276  4e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.6 
 
 
481 aa  276  5e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.63 
 
 
472 aa  276  7e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.63 
 
 
472 aa  276  7e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.97 
 
 
482 aa  276  8e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.79 
 
 
467 aa  275  9e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.53 
 
 
477 aa  275  1.0000000000000001e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.42 
 
 
500 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.19 
 
 
431 aa  275  1.0000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.18 
 
 
484 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.18 
 
 
484 aa  274  2.0000000000000002e-72  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.9 
 
 
499 aa  274  3e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.63 
 
 
472 aa  273  4.0000000000000004e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.84 
 
 
472 aa  273  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.47 
 
 
481 aa  272  8.000000000000001e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.1 
 
 
475 aa  272  9e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  36.65 
 
 
473 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42 
 
 
473 aa  271  1e-71  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.79 
 
 
483 aa  271  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.06 
 
 
480 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.71 
 
 
478 aa  272  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.65 
 
 
472 aa  271  1e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.75 
 
 
452 aa  271  2e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.72 
 
 
476 aa  271  2e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.58 
 
 
500 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.11 
 
 
477 aa  271  2e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.21 
 
 
493 aa  271  2e-71  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.78 
 
 
482 aa  271  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.23 
 
 
475 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  32.97 
 
 
477 aa  270  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.91 
 
 
488 aa  270  4e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.84 
 
 
473 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.05 
 
 
473 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.63 
 
 
473 aa  270  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.44 
 
 
472 aa  269  5.9999999999999995e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.17 
 
 
474 aa  268  1e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.42 
 
 
473 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.53 
 
 
487 aa  268  2e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.06 
 
 
462 aa  268  2e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.25 
 
 
499 aa  267  2e-70  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.01 
 
 
480 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.63 
 
 
473 aa  267  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  36.98 
 
 
456 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.45 
 
 
475 aa  266  4e-70  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.28 
 
 
486 aa  266  5e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>