More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3554 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
450 aa  892    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.02 
 
 
454 aa  488  1e-136  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  59.78 
 
 
453 aa  470  1.0000000000000001e-131  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.87 
 
 
451 aa  456  1e-127  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.93 
 
 
457 aa  455  1e-127  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.21 
 
 
459 aa  450  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  53.38 
 
 
450 aa  447  1.0000000000000001e-124  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.45 
 
 
421 aa  422  1e-117  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.08 
 
 
449 aa  394  1e-108  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.78 
 
 
445 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.78 
 
 
445 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.78 
 
 
445 aa  379  1e-104  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.89 
 
 
442 aa  378  1e-103  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.13 
 
 
434 aa  371  1e-101  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.37 
 
 
409 aa  353  4e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.04 
 
 
475 aa  319  7e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.96 
 
 
487 aa  317  3e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.57 
 
 
471 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.28 
 
 
497 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.79 
 
 
468 aa  304  2.0000000000000002e-81  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.37 
 
 
456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.69 
 
 
479 aa  301  1e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.85 
 
 
482 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.93 
 
 
501 aa  301  2e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.69 
 
 
463 aa  298  9e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.33 
 
 
477 aa  298  1e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  42.41 
 
 
472 aa  298  2e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.41 
 
 
491 aa  297  3e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  37.96 
 
 
514 aa  295  1e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
483 aa  293  3e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.87 
 
 
469 aa  292  8e-78  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
470 aa  290  2e-77  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.28 
 
 
499 aa  291  2e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.98 
 
 
476 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.13 
 
 
483 aa  287  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.96 
 
 
487 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.13 
 
 
474 aa  287  2.9999999999999996e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.44 
 
 
452 aa  286  7e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.8 
 
 
478 aa  285  9e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  35.81 
 
 
471 aa  284  2.0000000000000002e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  35.59 
 
 
471 aa  283  4.0000000000000003e-75  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  39.92 
 
 
483 aa  283  4.0000000000000003e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.88 
 
 
476 aa  281  2e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.77 
 
 
481 aa  281  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.47 
 
 
500 aa  280  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.21 
 
 
483 aa  280  3e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  36.83 
 
 
469 aa  280  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.19 
 
 
476 aa  280  5e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.59 
 
 
476 aa  278  1e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.62 
 
 
487 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  40.76 
 
 
468 aa  278  1e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.74 
 
 
481 aa  278  2e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.05 
 
 
483 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.95 
 
 
476 aa  276  4e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.38 
 
 
472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.48 
 
 
474 aa  275  1.0000000000000001e-72  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  36.38 
 
 
473 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.38 
 
 
476 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.94 
 
 
475 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38 
 
 
484 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.18 
 
 
472 aa  274  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.09 
 
 
476 aa  273  3e-72  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  34.03 
 
 
474 aa  274  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.46 
 
 
472 aa  274  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.89 
 
 
478 aa  273  4.0000000000000004e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.58 
 
 
469 aa  273  4.0000000000000004e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.56 
 
 
513 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.5 
 
 
467 aa  273  6e-72  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.12 
 
 
477 aa  273  7e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.38 
 
 
476 aa  272  8.000000000000001e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.34 
 
 
466 aa  272  8.000000000000001e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.87 
 
 
481 aa  272  9e-72  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.38 
 
 
482 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.17 
 
 
476 aa  272  1e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.05 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.05 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.64 
 
 
472 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.31 
 
 
481 aa  270  4e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.24 
 
 
477 aa  270  5e-71  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.69 
 
 
478 aa  270  5e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.87 
 
 
480 aa  269  7e-71  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  36.48 
 
 
456 aa  269  8.999999999999999e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  30.75 
 
 
476 aa  268  1e-70  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.89 
 
 
493 aa  268  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.9 
 
 
470 aa  268  1e-70  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.81 
 
 
479 aa  267  2e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.99 
 
 
504 aa  267  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.77 
 
 
486 aa  267  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.88 
 
 
487 aa  266  4e-70  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.51 
 
 
473 aa  266  4e-70  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.38 
 
 
470 aa  266  5e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.19 
 
 
475 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.88 
 
 
487 aa  266  5.999999999999999e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.83 
 
 
493 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.95 
 
 
475 aa  266  8e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.3 
 
 
481 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.65 
 
 
477 aa  265  1e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.02 
 
 
475 aa  265  2e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.45 
 
 
471 aa  265  2e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.1 
 
 
475 aa  264  2e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>