More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_4704 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
459 aa  917    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.21 
 
 
454 aa  474  1e-132  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.39 
 
 
421 aa  446  1.0000000000000001e-124  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  52.76 
 
 
450 aa  444  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.12 
 
 
457 aa  441  9.999999999999999e-123  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.83 
 
 
449 aa  433  1e-120  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.7 
 
 
442 aa  431  1e-119  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.66 
 
 
434 aa  423  1e-117  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.1 
 
 
445 aa  423  1e-117  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.1 
 
 
445 aa  423  1e-117  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.1 
 
 
445 aa  423  1e-117  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  54.11 
 
 
453 aa  412  1e-114  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.9 
 
 
450 aa  403  1e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.12 
 
 
451 aa  390  1e-107  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.23 
 
 
409 aa  321  9.999999999999999e-87  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.79 
 
 
456 aa  301  1e-80  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.04 
 
 
497 aa  301  1e-80  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.05 
 
 
518 aa  296  6e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.3 
 
 
487 aa  295  1e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.38 
 
 
479 aa  293  4e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.34 
 
 
481 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.34 
 
 
481 aa  290  3e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.01 
 
 
518 aa  290  4e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  38.27 
 
 
469 aa  286  4e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.03 
 
 
476 aa  286  5e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.24 
 
 
476 aa  286  7e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.85 
 
 
468 aa  285  2.0000000000000002e-75  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.08 
 
 
475 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.29 
 
 
472 aa  283  4.0000000000000003e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.26 
 
 
477 aa  283  4.0000000000000003e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.8 
 
 
488 aa  282  7.000000000000001e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.16 
 
 
463 aa  282  9e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.8 
 
 
472 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.8 
 
 
488 aa  282  1e-74  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.37 
 
 
499 aa  281  1e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.21 
 
 
472 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  39.29 
 
 
473 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.02 
 
 
499 aa  281  2e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  37.72 
 
 
514 aa  281  2e-74  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.29 
 
 
472 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.42 
 
 
483 aa  281  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.2 
 
 
472 aa  280  3e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.2 
 
 
472 aa  280  3e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.99 
 
 
472 aa  280  4e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.61 
 
 
476 aa  280  5e-74  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.18 
 
 
478 aa  279  7e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.05 
 
 
467 aa  278  1e-73  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.51 
 
 
474 aa  278  1e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.19 
 
 
476 aa  278  2e-73  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  39.79 
 
 
456 aa  278  2e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.93 
 
 
484 aa  278  2e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.79 
 
 
482 aa  278  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.98 
 
 
491 aa  278  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.68 
 
 
476 aa  276  6e-73  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.89 
 
 
492 aa  276  6e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.91 
 
 
471 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.68 
 
 
476 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.8 
 
 
497 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.05 
 
 
469 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.47 
 
 
476 aa  274  3e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.58 
 
 
476 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.74 
 
 
497 aa  273  5.000000000000001e-72  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.28 
 
 
504 aa  273  6e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.95 
 
 
470 aa  271  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.48 
 
 
484 aa  270  2.9999999999999997e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.5 
 
 
490 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.06 
 
 
473 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.53 
 
 
471 aa  270  5e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.61 
 
 
515 aa  270  5e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.4 
 
 
470 aa  269  5.9999999999999995e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.58 
 
 
471 aa  270  5.9999999999999995e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.19 
 
 
477 aa  269  7e-71  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.09 
 
 
492 aa  269  7e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.97 
 
 
475 aa  269  8e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.03 
 
 
477 aa  269  8.999999999999999e-71  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.06 
 
 
473 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.06 
 
 
486 aa  268  2e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.15 
 
 
479 aa  267  2.9999999999999995e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  34.23 
 
 
474 aa  267  2.9999999999999995e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.95 
 
 
511 aa  266  4e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.27 
 
 
473 aa  266  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.32 
 
 
477 aa  266  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.06 
 
 
473 aa  267  4e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.64 
 
 
471 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  31.55 
 
 
486 aa  266  5.999999999999999e-70  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.91 
 
 
487 aa  266  7e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.03 
 
 
483 aa  266  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.1 
 
 
493 aa  266  7e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.61 
 
 
473 aa  266  8e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.34 
 
 
484 aa  264  2e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.79 
 
 
473 aa  264  2e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.5 
 
 
476 aa  264  2e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.08 
 
 
486 aa  264  3e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.7 
 
 
487 aa  263  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.32 
 
 
481 aa  264  3e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.7 
 
 
487 aa  264  3e-69  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  33.97 
 
 
471 aa  263  4e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  33.97 
 
 
471 aa  263  6.999999999999999e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.28 
 
 
475 aa  262  8e-69  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.94 
 
 
466 aa  262  8.999999999999999e-69  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>