More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_10630 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
450 aa  904    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  63.68 
 
 
457 aa  538  9.999999999999999e-153  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.61 
 
 
454 aa  469  1.0000000000000001e-131  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.76 
 
 
459 aa  444  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  53.39 
 
 
450 aa  421  1e-116  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.65 
 
 
421 aa  417  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  54.57 
 
 
453 aa  404  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.67 
 
 
451 aa  397  1e-109  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.86 
 
 
449 aa  397  1e-109  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.1 
 
 
445 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.1 
 
 
445 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.1 
 
 
445 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49 
 
 
434 aa  384  1e-105  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.77 
 
 
442 aa  375  1e-102  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7233  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.02 
 
 
409 aa  329  7e-89  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.172483  normal  0.496846 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.25 
 
 
487 aa  308  2.0000000000000002e-82  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.52 
 
 
479 aa  308  2.0000000000000002e-82  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.05 
 
 
491 aa  305  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.21 
 
 
471 aa  299  7e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.83 
 
 
482 aa  299  9e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.83 
 
 
456 aa  296  6e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.42 
 
 
475 aa  295  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.82 
 
 
474 aa  294  2e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.97 
 
 
483 aa  292  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  39.79 
 
 
473 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.58 
 
 
472 aa  291  1e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.79 
 
 
472 aa  292  1e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.92 
 
 
472 aa  290  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.13 
 
 
468 aa  290  4e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.72 
 
 
469 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.63 
 
 
483 aa  290  5.0000000000000004e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.67 
 
 
478 aa  288  1e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.93 
 
 
501 aa  287  2.9999999999999996e-76  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.46 
 
 
474 aa  286  4e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0151  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.07 
 
 
497 aa  286  5e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0953516  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  36.5 
 
 
471 aa  285  9e-76  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.09 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.09 
 
 
472 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  40.17 
 
 
456 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.67 
 
 
472 aa  285  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.21 
 
 
473 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.29 
 
 
471 aa  281  1e-74  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.14 
 
 
475 aa  281  1e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.32 
 
 
492 aa  281  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.96 
 
 
474 aa  280  5e-74  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  38.95 
 
 
483 aa  279  8e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.04 
 
 
487 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.25 
 
 
472 aa  277  2e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.61 
 
 
477 aa  276  4e-73  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.75 
 
 
479 aa  276  5e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.21 
 
 
493 aa  276  5e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.08 
 
 
470 aa  276  6e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.22 
 
 
486 aa  276  8e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.36 
 
 
481 aa  275  9e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.4 
 
 
483 aa  275  1.0000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.08 
 
 
476 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2541  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.74 
 
 
466 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.272644 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.85 
 
 
475 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.96 
 
 
476 aa  273  6e-72  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.17 
 
 
525 aa  271  1e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.56 
 
 
481 aa  272  1e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.76 
 
 
490 aa  271  1e-71  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.62 
 
 
499 aa  271  1e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.3 
 
 
452 aa  272  1e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.5 
 
 
478 aa  271  2e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.76 
 
 
476 aa  271  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.03 
 
 
476 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.45 
 
 
476 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.45 
 
 
469 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0817  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.75 
 
 
473 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.8 
 
 
463 aa  270  2.9999999999999997e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0756  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.33 
 
 
473 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.645703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0831  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.54 
 
 
473 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.31293  hitchhiker  0.0019608 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.53 
 
 
477 aa  270  5.9999999999999995e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.45 
 
 
476 aa  269  8e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.05 
 
 
487 aa  269  8e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.61 
 
 
476 aa  268  1e-70  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0866  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.33 
 
 
473 aa  268  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.55052 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.24 
 
 
476 aa  268  2e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.36 
 
 
481 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
476 aa  266  4e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.62 
 
 
511 aa  266  5e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.18 
 
 
499 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.7 
 
 
488 aa  266  5.999999999999999e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.38 
 
 
462 aa  266  8e-70  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 
500 aa  265  8.999999999999999e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00387  DNA photolyase (Eurofung)  34.97 
 
 
567 aa  265  1e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.892479  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.13 
 
 
470 aa  265  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  33.82 
 
 
476 aa  265  1e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.9 
 
 
484 aa  265  1e-69  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0769  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.33 
 
 
473 aa  264  2e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.568717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.54 
 
 
483 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.11 
 
 
492 aa  264  2e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.79 
 
 
499 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.31 
 
 
488 aa  265  2e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  36.35 
 
 
514 aa  264  3e-69  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.45 
 
 
477 aa  263  4e-69  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  31.87 
 
 
486 aa  262  6.999999999999999e-69  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.44 
 
 
487 aa  262  1e-68  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.73 
 
 
513 aa  262  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>