More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1880 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  100 
 
 		 483 aa  983    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  65.68 
 
 		 483 aa  638    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  65.55 
 
 		 482 aa  640    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.55 
 
 		 475 aa  478  1e-133  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  50.42 
 
 		 471 aa  462  1e-129  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  50.42 
 
 		 471 aa  464  1e-129  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.95 
 
 		 486 aa  462  1e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.92 
 
 		 487 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.79 
 
 		 474 aa  457  1e-127  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52 
 
 		 483 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.89 
 
 		 473 aa  444  1e-123  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.77 
 
 		 478 aa  445  1e-123  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52 
 
 		 478 aa  439  9.999999999999999e-123  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  50.31 
 
 		 487 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.46 
 
 		 483 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  49.79 
 
 		 499 aa  435  1e-121  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.64 
 
 		 481 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.16 
 
 		 500 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.37 
 
 		 475 aa  429  1e-119  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  47.89 
 
 		 474 aa  426  1e-118  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.41 
 
 		 469 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.33 
 
 		 476 aa  422  1e-117  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.92 
 
 		 477 aa  425  1e-117  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.33 
 
 		 476 aa  419  1e-116  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.83 
 
 		 518 aa  421  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.87 
 
 		 452 aa  419  1e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.58 
 
 		 483 aa  418  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.33 
 
 		 476 aa  418  1e-116  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.33 
 
 		 476 aa  419  1e-116  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  43.91 
 
 		 476 aa  421  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.33 
 
 		 476 aa  418  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.68 
 
 		 469 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.63 
 
 		 519 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.63 
 
 		 519 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  44.12 
 
 		 476 aa  417  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.42 
 
 		 519 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.95 
 
 		 471 aa  410  1e-113  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.38 
 
 		 471 aa  407  1.0000000000000001e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.64 
 
 		 505 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.36 
 
 		 479 aa  402  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.99 
 
 		 463 aa  404  1e-111  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  48.42 
 
 		 472 aa  399  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.3 
 
 		 484 aa  398  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.71 
 
 		 500 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  43.82 
 
 		 486 aa  394  1e-108  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.85 
 
 		 501 aa  394  1e-108  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.54 
 
 		 490 aa  395  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.71 
 
 		 525 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.79 
 
 		 454 aa  386  1e-106  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.92 
 
 		 476 aa  386  1e-106  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.12 
 
 		 477 aa  379  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.82 
 
 		 471 aa  376  1e-103  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.7 
 
 		 486 aa  373  1e-102  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.4 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.28 
 
 		 483 aa  372  1e-101  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.3 
 
 		 486 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.82 
 
 		 471 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.09 
 
 		 486 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.09 
 
 		 486 aa  369  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.17 
 
 		 474 aa  365  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.68 
 
 		 486 aa  364  2e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.68 
 
 		 486 aa  364  2e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.68 
 
 		 497 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.68 
 
 		 534 aa  363  3e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.95 
 
 		 486 aa  363  4e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.22 
 
 		 479 aa  362  9e-99  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.34 
 
 		 476 aa  360  4e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.66 
 
 		 487 aa  355  1e-96  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.89 
 
 		 470 aa  354  2e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.47 
 
 		 468 aa  344  2e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.97 
 
 		 457 aa  331  2e-89  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.16 
 
 		 491 aa  330  5.0000000000000004e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.79 
 
 		 481 aa  319  7e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.74 
 
 		 481 aa  318  2e-85  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 		 475 aa  316  7e-85  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.7 
 
 		 486 aa  309  8e-83  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.64 
 
 		 511 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.93 
 
 		 479 aa  306  5.0000000000000004e-82  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.19 
 
 		 484 aa  303  4.0000000000000003e-81  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.34 
 
 		 477 aa  301  3e-80  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.04 
 
 		 470 aa  299  6e-80  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.99 
 
 		 468 aa  299  8e-80  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  34.37 
 
 		 514 aa  293  4e-78  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  37 
 
 		 477 aa  293  4e-78  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  36.42 
 
 		 478 aa  293  5e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.18 
 
 		 478 aa  292  8e-78  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  38.53 
 
 		 468 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.1 
 
 		 472 aa  291  2e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.59 
 
 		 467 aa  291  2e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.7 
 
 		 479 aa  291  2e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.1 
 
 		 472 aa  291  2e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.17 
 
 		 472 aa  290  3e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.84 
 
 		 454 aa  290  6e-77  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.48 
 
 		 475 aa  289  9e-77  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.97 
 
 		 472 aa  288  1e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.82 
 
 		 493 aa  289  1e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.16 
 
 		 474 aa  288  1e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  37.97 
 
 		 473 aa  287  2e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.97 
 
 		 472 aa  288  2e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.04 
 
 		 477 aa  287  2.9999999999999996e-76  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>