More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1604 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 		 486 aa  971    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.69 
 
 		 483 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.57 
 
 		 469 aa  405  1e-111  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  47.97 
 
 		 472 aa  394  1e-108  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  43.51 
 
 		 471 aa  386  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  43.31 
 
 		 471 aa  384  1e-105  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  43.36 
 
 		 474 aa  382  1e-104  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.53 
 
 		 476 aa  377  1e-103  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.56 
 
 		 499 aa  377  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.94 
 
 		 476 aa  377  1e-103  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.74 
 
 		 476 aa  374  1e-102  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.53 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.53 
 
 		 476 aa  372  1e-102  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.53 
 
 		 476 aa  375  1e-102  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.89 
 
 		 476 aa  375  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.42 
 
 		 501 aa  373  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.57 
 
 		 471 aa  372  1e-101  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  42.28 
 
 		 469 aa  370  1e-101  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.53 
 
 		 476 aa  371  1e-101  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.21 
 
 		 452 aa  371  1e-101  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.76 
 
 		 490 aa  367  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.72 
 
 		 474 aa  368  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  44.7 
 
 		 483 aa  364  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.05 
 
 		 482 aa  364  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.8 
 
 		 483 aa  360  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.11 
 
 		 475 aa  356  5e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.41 
 
 		 483 aa  354  2e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.95 
 
 		 487 aa  353  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.58 
 
 		 478 aa  351  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.99 
 
 		 471 aa  349  6e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.43 
 
 		 481 aa  345  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.18 
 
 		 483 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.33 
 
 		 475 aa  344  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.79 
 
 		 487 aa  342  1e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.7 
 
 		 484 aa  342  1e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.96 
 
 		 477 aa  342  1e-92  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.39 
 
 		 486 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.1 
 
 		 519 aa  336  7e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.1 
 
 		 519 aa  336  7e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.7 
 
 		 477 aa  332  7.000000000000001e-90  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.49 
 
 		 473 aa  330  2e-89  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.77 
 
 		 479 aa  330  3e-89  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.96 
 
 		 478 aa  330  5.0000000000000004e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.67 
 
 		 518 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.89 
 
 		 519 aa  327  3e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.62 
 
 		 500 aa  325  1e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.84 
 
 		 468 aa  324  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.8 
 
 		 471 aa  322  9.000000000000001e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.67 
 
 		 483 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.95 
 
 		 471 aa  318  1e-85  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.04 
 
 		 474 aa  316  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.52 
 
 		 500 aa  311  1e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.1 
 
 		 486 aa  311  2e-83  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.75 
 
 		 505 aa  311  2e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.56 
 
 		 476 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.6 
 
 		 476 aa  306  7e-82  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.24 
 
 		 525 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.28 
 
 		 463 aa  300  4e-80  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.2 
 
 		 479 aa  298  1e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.52 
 
 		 454 aa  296  4e-79  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.09 
 
 		 470 aa  295  9e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.89 
 
 		 487 aa  294  3e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.89 
 
 		 491 aa  288  2e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.2 
 
 		 463 aa  285  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.79 
 
 		 486 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.98 
 
 		 486 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.21 
 
 		 486 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.21 
 
 		 486 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.57 
 
 		 497 aa  282  8.000000000000001e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.13 
 
 		 534 aa  282  1e-74  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.21 
 
 		 486 aa  282  1e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.21 
 
 		 486 aa  281  2e-74  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.25 
 
 		 479 aa  276  7e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.96 
 
 		 457 aa  271  2e-71  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.08 
 
 		 477 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.08 
 
 		 459 aa  264  3e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.29 
 
 		 488 aa  264  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  38.99 
 
 		 468 aa  262  1e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.02 
 
 		 481 aa  259  9e-68  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.24 
 
 		 480 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.17 
 
 		 470 aa  258  2e-67  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.88 
 
 		 481 aa  258  2e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.13 
 
 		 481 aa  257  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.03 
 
 		 475 aa  257  4e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.5 
 
 		 482 aa  256  5e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.44 
 
 		 482 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.6 
 
 		 475 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.9 
 
 		 484 aa  254  3e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.99 
 
 		 474 aa  253  5.000000000000001e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.53 
 
 		 453 aa  252  1e-65  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.21 
 
 		 477 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1651  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.61 
 
 		 493 aa  248  2e-64  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.309463  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  32.62 
 
 		 478 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  35.15 
 
 		 473 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.15 
 
 		 472 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.19 
 
 		 454 aa  246  8e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.15 
 
 		 472 aa  246  8e-64  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.63 
 
 		 450 aa  246  9e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.26 
 
 		 480 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.23 
 
 		 475 aa  245  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>