More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_2143 on replicon NC_007493
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
471 aa  931    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  97.45 
 
 
471 aa  888    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  82.55 
 
 
470 aa  726    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  60.81 
 
 
476 aa  566  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.49 
 
 
468 aa  551  1e-155  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.93 
 
 
474 aa  521  1e-147  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  44.82 
 
 
483 aa  374  1e-102  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.62 
 
 
483 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.38 
 
 
482 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.25 
 
 
478 aa  362  7.0000000000000005e-99  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  46.85 
 
 
474 aa  362  9e-99  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.03 
 
 
487 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.22 
 
 
475 aa  356  5e-97  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.89 
 
 
483 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.33 
 
 
481 aa  342  5.999999999999999e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.36 
 
 
473 aa  341  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.72 
 
 
477 aa  338  9.999999999999999e-92  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  39.41 
 
 
471 aa  338  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  39.41 
 
 
471 aa  337  1.9999999999999998e-91  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.66 
 
 
475 aa  337  2.9999999999999997e-91  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.78 
 
 
471 aa  336  5e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.57 
 
 
487 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.65 
 
 
499 aa  333  4e-90  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.61 
 
 
469 aa  332  7.000000000000001e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.28 
 
 
452 aa  332  7.000000000000001e-90  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.33 
 
 
478 aa  332  1e-89  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.12 
 
 
486 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  44.07 
 
 
519 aa  329  6e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.07 
 
 
519 aa  329  6e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  43.07 
 
 
472 aa  328  9e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.35 
 
 
519 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.47 
 
 
479 aa  327  4.0000000000000003e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  44.35 
 
 
518 aa  320  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.95 
 
 
486 aa  318  1e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.18 
 
 
483 aa  317  3e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.15 
 
 
500 aa  317  4e-85  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.5 
 
 
483 aa  316  7e-85  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.47 
 
 
501 aa  314  1.9999999999999998e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.53 
 
 
471 aa  313  3.9999999999999997e-84  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.8 
 
 
525 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.92 
 
 
500 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.79 
 
 
476 aa  309  6.999999999999999e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  34.95 
 
 
486 aa  306  4.0000000000000004e-82  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.56 
 
 
463 aa  306  5.0000000000000004e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.04 
 
 
476 aa  304  2.0000000000000002e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  37.82 
 
 
474 aa  303  4.0000000000000003e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.02 
 
 
476 aa  303  5.000000000000001e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.38 
 
 
476 aa  302  7.000000000000001e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  43.15 
 
 
486 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.64 
 
 
484 aa  302  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.37 
 
 
476 aa  301  2e-80  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.11 
 
 
486 aa  301  2e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.38 
 
 
476 aa  300  3e-80  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.17 
 
 
476 aa  300  4e-80  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.95 
 
 
486 aa  300  4e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.95 
 
 
486 aa  300  5e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  35.47 
 
 
469 aa  300  5e-80  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.74 
 
 
497 aa  298  1e-79  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.74 
 
 
534 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.74 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.74 
 
 
486 aa  298  2e-79  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  34.02 
 
 
476 aa  298  2e-79  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.03 
 
 
505 aa  296  4e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.01 
 
 
490 aa  290  4e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.42 
 
 
476 aa  290  5.0000000000000004e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.14 
 
 
487 aa  286  8e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.19 
 
 
479 aa  285  2.0000000000000002e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.83 
 
 
477 aa  284  3.0000000000000004e-75  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.32 
 
 
491 aa  274  3e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.3 
 
 
470 aa  269  5.9999999999999995e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.56 
 
 
454 aa  268  2e-70  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.87 
 
 
468 aa  263  6.999999999999999e-69  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  36.94 
 
 
514 aa  262  1e-68  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.45 
 
 
486 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.67 
 
 
442 aa  260  4e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.57 
 
 
481 aa  259  7e-68  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.43 
 
 
481 aa  258  2e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03181  putative DNA photolyase  33.33 
 
 
478 aa  257  3e-67  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38 
 
 
449 aa  254  3e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.95 
 
 
438 aa  253  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.42 
 
 
431 aa  251  1e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.48 
 
 
451 aa  252  1e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.04 
 
 
484 aa  251  2e-65  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  42.17 
 
 
457 aa  251  2e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  32.42 
 
 
434 aa  251  2e-65  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.87 
 
 
474 aa  251  2e-65  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03081  putative DNA photolyase  31.53 
 
 
477 aa  248  1e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03091  putative DNA photolyase  32.14 
 
 
478 aa  247  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.45 
 
 
481 aa  247  3e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.68 
 
 
480 aa  247  4e-64  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.32 
 
 
463 aa  246  6e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0287  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.66 
 
 
478 aa  246  9e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.97 
 
 
477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.14 
 
 
475 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.17 
 
 
450 aa  244  3e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.86 
 
 
483 aa  243  3.9999999999999997e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.69 
 
 
477 aa  243  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.5 
 
 
488 aa  243  7e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.91 
 
 
434 aa  242  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.33 
 
 
475 aa  242  1e-62  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>