More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3356 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  69.98 
 
 
483 aa  649    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  69.75 
 
 
487 aa  644    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
483 aa  961    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  70.58 
 
 
487 aa  674    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  67.15 
 
 
481 aa  632  1e-180  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.86 
 
 
478 aa  498  1e-139  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.56 
 
 
486 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4676  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.2 
 
 
500 aa  486  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.499221 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  54.55 
 
 
474 aa  488  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.7 
 
 
475 aa  467  9.999999999999999e-131  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.7 
 
 
519 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  51.37 
 
 
499 aa  448  1.0000000000000001e-124  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.7 
 
 
519 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.55 
 
 
482 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  55.77 
 
 
518 aa  445  1e-123  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.76 
 
 
475 aa  443  1e-123  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  49.27 
 
 
483 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  46.53 
 
 
471 aa  439  9.999999999999999e-123  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.28 
 
 
486 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  46.32 
 
 
471 aa  436  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  55.7 
 
 
519 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.86 
 
 
486 aa  436  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.07 
 
 
486 aa  438  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.83 
 
 
483 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.65 
 
 
497 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.65 
 
 
486 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.65 
 
 
534 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.6 
 
 
505 aa  435  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.65 
 
 
486 aa  432  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.63 
 
 
478 aa  429  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.98 
 
 
500 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  54.91 
 
 
525 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  55.88 
 
 
486 aa  420  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  45.37 
 
 
452 aa  417  9.999999999999999e-116  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  46.99 
 
 
474 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.24 
 
 
463 aa  408  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.6 
 
 
473 aa  404  1e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.74 
 
 
477 aa  400  9.999999999999999e-111  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.02 
 
 
483 aa  399  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.32 
 
 
471 aa  394  1e-108  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.61 
 
 
484 aa  391  1e-107  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.08 
 
 
476 aa  384  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.55 
 
 
476 aa  382  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  41.13 
 
 
476 aa  384  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.85 
 
 
479 aa  383  1e-105  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.25 
 
 
476 aa  379  1e-104  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.25 
 
 
476 aa  380  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.92 
 
 
476 aa  379  1e-104  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.79 
 
 
490 aa  381  1e-104  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.62 
 
 
476 aa  380  1e-104  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.19 
 
 
469 aa  381  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  40.3 
 
 
469 aa  378  1e-103  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.82 
 
 
501 aa  373  1e-102  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  46.23 
 
 
472 aa  373  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.57 
 
 
471 aa  375  1e-102  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.41 
 
 
477 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  38.41 
 
 
486 aa  365  1e-99  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  45.7 
 
 
476 aa  365  1e-99  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48 
 
 
454 aa  360  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0729  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.07 
 
 
483 aa  360  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0998  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.89 
 
 
457 aa  335  7.999999999999999e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.50142  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2143  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  43.21 
 
 
471 aa  334  2e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.39 
 
 
486 aa  333  5e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.47 
 
 
476 aa  332  9e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0817  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.74 
 
 
471 aa  326  6e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.64 
 
 
479 aa  325  8.000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0815  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.72 
 
 
470 aa  325  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.752894  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
487 aa  317  4e-85  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.16 
 
 
474 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1989  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.65 
 
 
468 aa  303  3.0000000000000004e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.382914  normal  0.885594 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.92 
 
 
491 aa  301  1e-80  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.75 
 
 
470 aa  301  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.18 
 
 
468 aa  298  1e-79  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.21 
 
 
493 aa  297  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2318  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.46 
 
 
476 aa  291  2e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.67 
 
 
488 aa  289  6e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.99 
 
 
511 aa  286  7e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.8 
 
 
488 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.53 
 
 
492 aa  281  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.45 
 
 
493 aa  279  9e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.49 
 
 
481 aa  278  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.55 
 
 
486 aa  278  2e-73  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.81 
 
 
490 aa  277  3e-73  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.65 
 
 
457 aa  277  4e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.04 
 
 
479 aa  276  8e-73  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.97 
 
 
472 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.97 
 
 
472 aa  274  3e-72  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  38.76 
 
 
473 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.49 
 
 
497 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.97 
 
 
472 aa  273  5.000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.35 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.35 
 
 
472 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.92 
 
 
470 aa  271  2e-71  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  38.73 
 
 
468 aa  270  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.78 
 
 
450 aa  270  4e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.16 
 
 
476 aa  270  4e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  34.55 
 
 
514 aa  269  7e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.74 
 
 
450 aa  269  8e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.94 
 
 
472 aa  269  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.25 
 
 
499 aa  268  2e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>