More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_2244 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2244  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
433 aa  875    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.590626 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1386  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.89 
 
 
435 aa  588  1e-167  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0285292 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3030  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.79 
 
 
451 aa  271  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.334621  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.48 
 
 
479 aa  258  1e-67  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.44 
 
 
434 aa  251  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.36 
 
 
487 aa  249  5e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.35 
 
 
481 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.89 
 
 
488 aa  246  6.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.49 
 
 
488 aa  243  7e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.33 
 
 
482 aa  242  9e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.53 
 
 
499 aa  241  1e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.72 
 
 
488 aa  241  2e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.46 
 
 
463 aa  241  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.85 
 
 
434 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.16 
 
 
442 aa  240  4e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.5 
 
 
487 aa  240  4e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0529  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.85 
 
 
421 aa  239  5e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0312273  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.47 
 
 
454 aa  239  6.999999999999999e-62  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.97 
 
 
482 aa  239  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.39 
 
 
484 aa  238  1e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.6 
 
 
484 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  33.26 
 
 
471 aa  238  2e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.3 
 
 
491 aa  238  2e-61  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.82 
 
 
478 aa  238  2e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.75 
 
 
477 aa  237  3e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.08 
 
 
487 aa  236  4e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.06 
 
 
468 aa  236  6e-61  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.7 
 
 
483 aa  236  8e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  33.19 
 
 
471 aa  235  1.0000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.86 
 
 
487 aa  235  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.64 
 
 
450 aa  234  2.0000000000000002e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.16 
 
 
490 aa  234  2.0000000000000002e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3554  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.77 
 
 
450 aa  234  3e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00327054  normal  0.728656 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.2 
 
 
445 aa  233  5e-60  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2084  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.2 
 
 
445 aa  233  5e-60  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.963187  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2021  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.2 
 
 
445 aa  233  5e-60  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.128536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.24 
 
 
475 aa  232  1e-59  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.77 
 
 
477 aa  231  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0778  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.55 
 
 
453 aa  231  2e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.41 
 
 
438 aa  231  3e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.7 
 
 
481 aa  230  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.09 
 
 
476 aa  229  6e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.98 
 
 
480 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.12 
 
 
475 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.05 
 
 
469 aa  228  1e-58  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2257  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.41 
 
 
442 aa  228  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.19 
 
 
480 aa  227  3e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.43 
 
 
497 aa  227  3e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.63 
 
 
474 aa  227  3e-58  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.77 
 
 
475 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.71 
 
 
463 aa  226  6e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.06 
 
 
470 aa  226  8e-58  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  38.46 
 
 
472 aa  226  8e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.2 
 
 
481 aa  226  8e-58  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.25 
 
 
472 aa  226  9e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.9 
 
 
473 aa  225  1e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.26 
 
 
472 aa  224  2e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.64 
 
 
481 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4086  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.85 
 
 
449 aa  224  2e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.703366  normal  0.759953 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  34.27 
 
 
468 aa  224  2e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  32.51 
 
 
434 aa  224  2e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  34.04 
 
 
473 aa  224  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.57 
 
 
434 aa  224  3e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0239  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.9 
 
 
477 aa  224  3e-57  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.52668  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.04 
 
 
472 aa  224  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  34.51 
 
 
484 aa  223  4e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.5 
 
 
492 aa  223  4e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.98 
 
 
470 aa  223  4.9999999999999996e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.78 
 
 
475 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  34.2 
 
 
514 aa  223  6e-57  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  31.63 
 
 
474 aa  223  6e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.76 
 
 
472 aa  223  8e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.76 
 
 
472 aa  223  8e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.48 
 
 
475 aa  222  9e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0213  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.73 
 
 
477 aa  222  9.999999999999999e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.615271  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.1 
 
 
476 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.44 
 
 
499 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.4 
 
 
472 aa  221  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.11 
 
 
453 aa  221  1.9999999999999999e-56  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.3 
 
 
478 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.68 
 
 
490 aa  221  3e-56  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.53 
 
 
431 aa  220  3.9999999999999997e-56  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.62 
 
 
497 aa  219  5e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.26 
 
 
511 aa  219  7e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  33.33 
 
 
433 aa  219  8.999999999999998e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.79 
 
 
493 aa  219  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.13 
 
 
499 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35 
 
 
474 aa  218  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.22 
 
 
504 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.88 
 
 
478 aa  217  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.88 
 
 
475 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.41 
 
 
452 aa  217  2.9999999999999998e-55  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.48 
 
 
472 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.4 
 
 
459 aa  216  5e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.37 
 
 
471 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  35.14 
 
 
456 aa  216  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.45 
 
 
518 aa  216  5.9999999999999996e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.04 
 
 
482 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.46 
 
 
476 aa  216  7e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  36.46 
 
 
483 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>