282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06659 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  100 
 
 
493 aa  1036    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  75.41 
 
 
493 aa  808    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  65.85 
 
 
504 aa  699    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  53.39 
 
 
495 aa  534  1e-150  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.53 
 
 
517 aa  528  1e-149  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.8 
 
 
504 aa  489  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.18 
 
 
561 aa  394  1e-108  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.47 
 
 
505 aa  383  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  44.7 
 
 
478 aa  368  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.36 
 
 
493 aa  361  2e-98  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.72 
 
 
496 aa  350  3e-95  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.02 
 
 
507 aa  350  5e-95  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  38.01 
 
 
515 aa  348  1e-94  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.73 
 
 
514 aa  336  5e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  37.02 
 
 
498 aa  330  3e-89  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  37.26 
 
 
498 aa  329  6e-89  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.57 
 
 
503 aa  326  7e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.1 
 
 
526 aa  320  3e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.43 
 
 
517 aa  316  8e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.31 
 
 
493 aa  314  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.09 
 
 
389 aa  231  3e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.82 
 
 
526 aa  193  5e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.37 
 
 
477 aa  167  5.9999999999999996e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.52 
 
 
499 aa  159  2e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.71 
 
 
490 aa  152  8.999999999999999e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.69 
 
 
470 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.77 
 
 
497 aa  151  2e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.46 
 
 
518 aa  146  7.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.82 
 
 
481 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  25.43 
 
 
469 aa  145  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.79 
 
 
511 aa  145  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.4 
 
 
470 aa  144  5e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.53 
 
 
493 aa  142  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.42 
 
 
486 aa  141  3e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.06 
 
 
479 aa  140  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.04 
 
 
518 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.91 
 
 
434 aa  140  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.9 
 
 
492 aa  140  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.85 
 
 
438 aa  139  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.42 
 
 
468 aa  138  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  25.26 
 
 
488 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.89 
 
 
481 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.19 
 
 
486 aa  137  4e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.66 
 
 
498 aa  137  6.0000000000000005e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  25.4 
 
 
488 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.53 
 
 
488 aa  137  6.0000000000000005e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.38 
 
 
487 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.39 
 
 
505 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.12 
 
 
483 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.96 
 
 
471 aa  135  1.9999999999999998e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.62 
 
 
484 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.96 
 
 
487 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.52 
 
 
486 aa  134  5e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.99 
 
 
479 aa  134  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.75 
 
 
492 aa  133  6e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.42 
 
 
431 aa  133  6e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.58 
 
 
486 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.31 
 
 
487 aa  133  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.52 
 
 
486 aa  133  9e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.52 
 
 
497 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.52 
 
 
434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.85 
 
 
472 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.92 
 
 
499 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.52 
 
 
534 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.18 
 
 
462 aa  132  1.0000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  25 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  25 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.52 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  26.96 
 
 
473 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.05 
 
 
478 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.96 
 
 
472 aa  132  2.0000000000000002e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  25.11 
 
 
434 aa  131  3e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.57 
 
 
477 aa  131  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  26.96 
 
 
456 aa  131  3e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.11 
 
 
484 aa  131  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.95 
 
 
499 aa  131  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.02 
 
 
467 aa  131  3e-29  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  24.12 
 
 
483 aa  130  4.0000000000000003e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.62 
 
 
518 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  24.69 
 
 
476 aa  130  6e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.94 
 
 
476 aa  130  7.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.94 
 
 
463 aa  130  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.25 
 
 
488 aa  129  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.65 
 
 
472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.01 
 
 
472 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.78 
 
 
475 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0439  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.97 
 
 
435 aa  128  2.0000000000000002e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  27.03 
 
 
471 aa  128  2.0000000000000002e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.44 
 
 
483 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.21 
 
 
469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0276  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.23 
 
 
431 aa  127  3e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.15 
 
 
490 aa  127  3e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  24.34 
 
 
476 aa  128  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.65 
 
 
455 aa  127  3e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  25.4 
 
 
433 aa  128  3e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  24.08 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.93 
 
 
454 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.92 
 
 
476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  23.67 
 
 
476 aa  127  5e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.79 
 
 
488 aa  127  5e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>