284 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A1004 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  65.57 
 
 
493 aa  681    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  100 
 
 
504 aa  1050    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  65.85 
 
 
493 aa  699    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  51.43 
 
 
495 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.59 
 
 
517 aa  513  1e-144  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.98 
 
 
504 aa  496  1e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.84 
 
 
561 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42 
 
 
505 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  45.45 
 
 
478 aa  367  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.99 
 
 
507 aa  336  5.999999999999999e-91  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.7 
 
 
514 aa  325  8.000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34.48 
 
 
498 aa  324  2e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.77 
 
 
496 aa  325  2e-87  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.73 
 
 
493 aa  324  2e-87  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  36.81 
 
 
503 aa  323  5e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  34.35 
 
 
498 aa  321  1.9999999999999998e-86  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.63 
 
 
526 aa  318  1e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.23 
 
 
517 aa  306  5.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  35.47 
 
 
515 aa  305  1.0000000000000001e-81  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.24 
 
 
493 aa  301  2e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.83 
 
 
389 aa  218  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.24 
 
 
526 aa  184  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.87 
 
 
499 aa  164  5.0000000000000005e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.95 
 
 
483 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.25 
 
 
487 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.1 
 
 
492 aa  150  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.15 
 
 
481 aa  150  7e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.86 
 
 
477 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.15 
 
 
490 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  25.41 
 
 
488 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.59 
 
 
484 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  25.31 
 
 
488 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.72 
 
 
498 aa  147  6e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.78 
 
 
486 aa  143  7e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  26.72 
 
 
488 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.58 
 
 
478 aa  141  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.23 
 
 
431 aa  141  3e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  26.61 
 
 
471 aa  140  4.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  26.88 
 
 
471 aa  138  2e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.47 
 
 
468 aa  139  2e-31  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.22 
 
 
493 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  25.98 
 
 
469 aa  137  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.83 
 
 
513 aa  137  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.08 
 
 
483 aa  137  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  26.28 
 
 
433 aa  137  6.0000000000000005e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.77 
 
 
434 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.35 
 
 
454 aa  136  8e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4692  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.8 
 
 
476 aa  136  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.14 
 
 
518 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.95 
 
 
497 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.39 
 
 
486 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.91 
 
 
481 aa  135  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26 
 
 
511 aa  135  1.9999999999999998e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.25 
 
 
487 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.59 
 
 
518 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.47 
 
 
470 aa  134  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
486 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.35 
 
 
518 aa  134  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
534 aa  134  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
486 aa  134  6e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.1 
 
 
486 aa  133  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  25.72 
 
 
483 aa  133  6.999999999999999e-30  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
486 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.41 
 
 
425 aa  133  6.999999999999999e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  25.16 
 
 
474 aa  133  6.999999999999999e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
497 aa  133  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
486 aa  133  9e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.62 
 
 
486 aa  133  9e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.56 
 
 
505 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.05 
 
 
479 aa  132  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.77 
 
 
434 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.73 
 
 
442 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.91 
 
 
438 aa  131  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.39 
 
 
477 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.83 
 
 
463 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.65 
 
 
490 aa  131  3e-29  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.21 
 
 
462 aa  130  7.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  22.88 
 
 
434 aa  130  7.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.43 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.7 
 
 
483 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.43 
 
 
483 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.02 
 
 
488 aa  128  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.49 
 
 
477 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1272  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.13 
 
 
434 aa  127  6e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.32 
 
 
492 aa  126  7e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.79 
 
 
519 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.48 
 
 
488 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.84 
 
 
484 aa  125  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.15 
 
 
504 aa  124  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.61 
 
 
488 aa  124  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.95 
 
 
471 aa  124  4e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.93 
 
 
480 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  23.67 
 
 
479 aa  123  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.89 
 
 
471 aa  123  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.31 
 
 
470 aa  123  8e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  24.65 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.1 
 
 
501 aa  122  9.999999999999999e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.47 
 
 
479 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.83 
 
 
476 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.91 
 
 
478 aa  122  9.999999999999999e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>