275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2343 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
389 aa  775    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  47.32 
 
 
493 aa  297  2e-79  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  47.92 
 
 
496 aa  295  9e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  50.87 
 
 
514 aa  288  2e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.18 
 
 
505 aa  280  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  49.52 
 
 
507 aa  278  1e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  48.06 
 
 
517 aa  273  3e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  41.8 
 
 
498 aa  270  4e-71  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.01 
 
 
493 aa  268  1e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.65 
 
 
526 aa  267  2.9999999999999995e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  45.25 
 
 
515 aa  265  7e-70  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  39.02 
 
 
498 aa  265  1e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  40.12 
 
 
503 aa  264  3e-69  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.75 
 
 
504 aa  248  2e-64  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.08 
 
 
495 aa  243  3e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  45.28 
 
 
493 aa  243  3.9999999999999997e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.21 
 
 
493 aa  239  5.999999999999999e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.07 
 
 
517 aa  237  3e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.18 
 
 
561 aa  229  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  43.05 
 
 
504 aa  224  3e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  43.33 
 
 
478 aa  202  8e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.65 
 
 
526 aa  142  8e-33  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.22 
 
 
487 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.36 
 
 
479 aa  133  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.54 
 
 
484 aa  125  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.33 
 
 
491 aa  125  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  36.39 
 
 
497 aa  125  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4270  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.32 
 
 
473 aa  122  8e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.397965  normal  0.444789 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.87 
 
 
455 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.08 
 
 
468 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.93 
 
 
470 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1262  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.71 
 
 
463 aa  117  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.103305  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.49 
 
 
470 aa  117  3.9999999999999997e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.64 
 
 
519 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.64 
 
 
519 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4658  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.89 
 
 
476 aa  117  3.9999999999999997e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0553081  normal  0.710404 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.58 
 
 
492 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.66 
 
 
486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.66 
 
 
486 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  32.86 
 
 
468 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  31 
 
 
487 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  31 
 
 
487 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  31 
 
 
487 aa  114  3e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.77 
 
 
486 aa  114  3e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.31 
 
 
454 aa  114  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.21 
 
 
472 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  31.64 
 
 
469 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1437  DNA photolyase FAD-binding  29.04 
 
 
514 aa  113  4.0000000000000004e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.21 
 
 
472 aa  114  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.66 
 
 
486 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.76 
 
 
471 aa  113  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.7 
 
 
478 aa  113  5e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.53 
 
 
493 aa  113  5e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.33 
 
 
477 aa  113  5e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.36 
 
 
486 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.36 
 
 
486 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.36 
 
 
497 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.97 
 
 
519 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.36 
 
 
534 aa  112  9e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.52 
 
 
486 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.58 
 
 
497 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.08 
 
 
487 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  34.14 
 
 
477 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.45 
 
 
487 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.47 
 
 
505 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2095  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.74 
 
 
500 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.93 
 
 
477 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.56 
 
 
472 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.08 
 
 
493 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.79 
 
 
481 aa  110  6e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4704  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.44 
 
 
459 aa  109  7.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.940834 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.21 
 
 
472 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  32.9 
 
 
518 aa  108  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2217  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.5 
 
 
525 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.511177  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  32.95 
 
 
473 aa  108  2e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.95 
 
 
472 aa  108  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.95 
 
 
472 aa  108  2e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  27.83 
 
 
488 aa  108  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0739  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.8 
 
 
480 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.21 
 
 
483 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.57 
 
 
472 aa  107  4e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  29.52 
 
 
471 aa  106  6e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  32.69 
 
 
456 aa  106  6e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1122  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.58 
 
 
457 aa  106  6e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000025981 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  29.52 
 
 
471 aa  106  7e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.35 
 
 
511 aa  106  7e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0767  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.43 
 
 
475 aa  106  9e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.32 
 
 
476 aa  105  1e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  26.3 
 
 
476 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0691  DNA photolyase domain-containing protein  36.79 
 
 
454 aa  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.97 
 
 
481 aa  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30 
 
 
475 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  32.79 
 
 
481 aa  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1302  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.65 
 
 
456 aa  105  1e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.674491  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.49 
 
 
478 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.15 
 
 
490 aa  105  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.71 
 
 
425 aa  105  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.79 
 
 
499 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10630  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  33.62 
 
 
450 aa  104  3e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0877345 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  33.46 
 
 
476 aa  104  3e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>