282 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0779 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0779  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
504 aa  1057    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0151  deoxyribodipyrimidine photolyase  49.6 
 
 
495 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.617218  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001126  deoxyribodipyrimidine photolyase/cryptochrome family protein  49.1 
 
 
493 aa  500  1e-140  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00185581  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1549  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.21 
 
 
517 aa  498  1e-140  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.701631  normal  0.426947 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1004  cryptochrome Cry2  47.98 
 
 
504 aa  496  1e-139  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06659  deoxyribodipyrimidine photolyase  48.8 
 
 
493 aa  489  1e-137  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0600  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.18 
 
 
561 aa  375  1e-102  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02013  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  41.69 
 
 
478 aa  356  3.9999999999999996e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000664179  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1651  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.51 
 
 
496 aa  355  1e-96  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0708  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.43 
 
 
493 aa  355  1e-96  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3105  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.2 
 
 
505 aa  352  8e-96  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1306  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.15 
 
 
507 aa  343  2.9999999999999997e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3951  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.59 
 
 
526 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1225  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.74 
 
 
514 aa  330  4e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.474608  normal  0.333965 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03991  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.42 
 
 
503 aa  323  4e-87  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011677  PHATRDRAFT_1947  cyclobutane pyrimidine dimer 1  35.16 
 
 
515 aa  323  5e-87  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.000588882  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1873  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.67 
 
 
517 aa  318  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0543845 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1248  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  35.64 
 
 
493 aa  314  1.9999999999999998e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00593835 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03921  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.58 
 
 
498 aa  312  9e-84  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.322027  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03931  putative deoxyribodipyrimidine photolyase  35.37 
 
 
498 aa  307  3e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2343  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  47.74 
 
 
389 aa  238  2e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3369  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.98 
 
 
526 aa  172  1e-41  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.149993  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3080  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.35 
 
 
455 aa  153  5.9999999999999996e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.153672  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4538  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.4 
 
 
498 aa  150  6e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0705059 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.29 
 
 
487 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2903  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.95 
 
 
478 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.599485  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.07 
 
 
483 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.51 
 
 
481 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0849  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.72 
 
 
454 aa  144  3e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201808  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0343  cryptochrome, DASH family  24.32 
 
 
488 aa  143  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0915  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  32.13 
 
 
477 aa  143  7e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  31.12 
 
 
474 aa  142  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.54 
 
 
481 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0813  hypothetical protein  25.81 
 
 
486 aa  142  1.9999999999999998e-32  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.182333 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.41 
 
 
462 aa  141  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1491  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.67 
 
 
499 aa  141  3e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.675954 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  25.72 
 
 
469 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.27 
 
 
477 aa  139  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2364  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.32 
 
 
487 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.513248 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.05 
 
 
479 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0377  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.64 
 
 
486 aa  138  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.215425 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.06 
 
 
463 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0700  cryptochrome, DASH family  24.17 
 
 
488 aa  138  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.11 
 
 
483 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2595  cryptochrome, DASH family  33.05 
 
 
478 aa  137  5e-31  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0775599  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.51 
 
 
431 aa  137  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0729  cryptochrome, DASH family  24.34 
 
 
488 aa  137  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.264496  normal  0.107921 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1444  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.33 
 
 
483 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.750444 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.89 
 
 
475 aa  135  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.1 
 
 
525 aa  135  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.24 
 
 
518 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.98 
 
 
481 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5849  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.85 
 
 
505 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.51 
 
 
511 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.42 
 
 
513 aa  134  5e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.36 
 
 
492 aa  134  5e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.9 
 
 
484 aa  134  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.99 
 
 
467 aa  133  7.999999999999999e-30  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3165  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.41 
 
 
476 aa  133  9e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  26.83 
 
 
471 aa  132  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.9 
 
 
486 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1880  DNA photolyase  25.36 
 
 
483 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  26.42 
 
 
471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.18 
 
 
470 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.96 
 
 
493 aa  132  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2235  cryptochrome, DASH family  23.09 
 
 
483 aa  131  3e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.14399  normal  0.570848 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.58 
 
 
477 aa  131  3e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.47 
 
 
518 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.32 
 
 
483 aa  130  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.47 
 
 
471 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2956  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.67 
 
 
476 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.13805  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  23.55 
 
 
518 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.48 
 
 
475 aa  130  8.000000000000001e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2935  deoxyribodipyrimidine photolyase  31.67 
 
 
476 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3180  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.67 
 
 
469 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.478094  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  22.48 
 
 
497 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3187  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  31.67 
 
 
476 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2075  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.41 
 
 
476 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  22.84 
 
 
519 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.84 
 
 
519 aa  129  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3193  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.96 
 
 
476 aa  128  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1623  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.28 
 
 
482 aa  128  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.528738 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.45 
 
 
488 aa  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3184  deoxyribodipyrimidine photolyase family protein  29.43 
 
 
476 aa  127  6e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.262936  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.49 
 
 
515 aa  126  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.75 
 
 
490 aa  126  9e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1815  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.53 
 
 
486 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.496869  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.11 
 
 
479 aa  126  1e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.13 
 
 
481 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.24 
 
 
471 aa  124  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.74 
 
 
499 aa  124  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.34 
 
 
490 aa  124  5e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  23.71 
 
 
481 aa  124  5e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  25.61 
 
 
468 aa  124  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1145  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  25.77 
 
 
476 aa  123  7e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.49 
 
 
482 aa  123  8e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.3 
 
 
504 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.65 
 
 
488 aa  123  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1981  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.35 
 
 
454 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  24.9 
 
 
477 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>